庵野・大月は「これを見て今の人格が出来上がった」「難解な作品だったけど、将来に活きてくる」と評するほどの『ウルトラQ』『ウルトラセブン』を敬愛しているため、そのような作品を子供に見せるように作ることを心がけた。その際、同時にメインターゲットを小学生中学年?高学年に絞った[13]。

庵野は「一見構造はシンプルだけど、設定が複雑で込み入った物語」と評した「ドラゴンクエストシリーズ」に対して、「だったら俺は、キャラクターが魂の叫び・哲学・思想・生き様を訴える様な構造のドラマを作る」と対抗心を持った[13]。

このほか、庵野は永井豪作品からの影響も認めている[25]。劇場版制作の際に「エヴァのラストはデビルマンになるしかないんです」と発言している。また、EVAの本来の力が拘束具で抑えられているという設定は、『バイオレンスジャック』のスラムキングを意識してのものである[注釈 20]。

ネルフとゼーレの設定は『謎の円盤UFO』の地球防衛組織SHADOと宇宙局委員会から来ている[27]。この他にも、海外SF作品からテレビシリーズ各話のタイトルがとられた。

また、庵野は本作品の制作前に村上龍の作品を読んでおり、トウジやケンスケの名前は村上龍の小説『愛と幻想のファシズム』の登場人物からとられている[28]。後に庵野はエヴァ後の監督第1作目として、村上龍の小説『ラブ&ポップ』を監督した。

なお、庵野によれば未制作に終わった「完全新作版」は後年の『進撃の巨人』と類似して使徒による人間の捕食を顕著に描写する予定だったが、庵野はガメラの著名な敵であるギャオスや『フランケンシュタインの怪獣 サンダ対ガイラ』のガイラの様な人食い怪獣のイメージに影響を受けているとしている[29]。なお、庵野は1999年に『ガメラ3 邪神覚醒』の制作事情をフィーチャーした『GAMERA1999』というドキュメンタリーを製作している。
製作委員会

本作品の著作権者表記は、テレビシリーズ版では「GAINAX/Project Eva.・テレビ東京」、劇場版では「GAINAX/EVA制作委員会」となっていたが、2006年に庵野秀明が自身の製作会社カラーを創設してからは「GAINAX・カラー」もしくは「GAINAX・カラー/Project Eva.」に変更。その後、テレビ放映20周年を迎える2014年末ごろからは「カラー」もしくは「カラー/Project Eva.」に変更された[30]。2020年の再放送からアニメーション制作がタツノコプロ単独に変更されている。

製作委員会方式で作られたテレビシリーズにはガイナックスは出資しておらず、映像作品からのリターンは庵野監督の脚本印税と監督印税のみとのこと[31]。

当初はテレビシリーズ版からプロダクション・アイジーとの共同制作の予定であり、石川光久も企画書の内容を面白がっていたが、スケジュールが「GHOST IN THE SHELL / 攻殻機動隊」の制作・ジーベックの立ち上げと被ってしまったため、3千5百万円の出資・グロス請けに留まった。しかし、その後出資額の何十倍のリターンを受け取った際には石川は「『プラマイゼロでもいい』と思っていたのに、ノーリスクで投資して儲けさせてもらったようなもの。こういうのは最初で最後かもしれない」と振り返っている[32]。