人類補完計画が発動したことが文字情報のみで示され、その中で絶望し苦悩するシンジの精神世界が描写される。これまでの主要登場人物（カヲルを除く）が次々と現れてシンジに語りかけ、その問答の果てに、シンジは今までとは全く違う世界を見ることになる。何の変哲もない学生生活を送るシンジと登場人物たち。母親（ユイ）も亡くなってはおらず、使徒もEVAも存在しない世界。その世界を見たシンジは「世界は自分次第であらゆる可能性がある」こと、そして「僕はここに居ても良いんだ」と気付く。そして登場人物たちから一同に「おめでとう」と祝福され、シンジは「ありがとう」と言って微笑んだ。
結末（旧劇場版）詳細は「新世紀エヴァンゲリオン劇場版 Air/まごころを、君に#ストーリー」を参照
全ての使徒を倒したNERVに対し、ゼーレは戦略自衛隊（戦自）を使った武力占拠を開始する。施設が次々と破壊・占拠されていく中、生きる意思を失くしていたシンジは無抵抗のまま戦自隊員に殺されようとしていた。その寸前、ミサトによってシンジは救出され、2人は初号機のケージへと向かう。しかし、ケージへの移動中、ミサトは戦自隊員の銃撃に遭って負傷し、シンジにEVAで戦うよう言い残して留まり、区画爆破に巻き込まれ命を落とす。一方、廃人状態であったアスカは目を覚ましEVA弐号機で戦自の部隊を壊滅させるものの、ゼーレが送り込んだEVA量産機9体に倒されてしまう。シンジを乗せ、翼を現したEVA初号機がアスカの元へと飛ぶ。そこでシンジが見たのは、アスカの乗った弐号機が解体され捕食された惨状であった。シンジは絶叫し、精神を崩壊させる。
EVA初号機を依り代としてサードインパクトが始まり、全人類の肉体は液化し、その魂は「黒き月」に集められた。初号機はレイやカヲルの姿をとる巨人（第2使徒リリス）に取り込まれ、そこでシンジはレイやカヲルに再会するが、シンジは人類が単体の生命となることを望まず、それぞれが個人として存在する従来の世界を望んだ。リリスは首から血を噴き出して倒れる。気がつくとシンジは赤い海に囲まれた白い砂浜にアスカと2人だけで横たわっていた。
テレビシリーズ版弐拾伍話「終わる世界」に対し「Air」、テレビシリーズ版最終話「世界の中心でアイを叫んだけもの」に対し「まごころを君に」のタイトルをもつ。
登場人物詳細は「新世紀エヴァンゲリオンの登場人物」を参照
ここでは一部の人物を簡易的に記載する。他の人物については上記の記事を参照。 ●第3新東京市仙石原芦ノ湖小田原
碇シンジ（いかり シンジ）
本作品の主人公[1]。14歳の少年。EVA初号機の操縦者。サード・チルドレン。
綾波レイ（あやなみ レイ）
14歳の少女。EVA零号機の操縦者。ファースト・チルドレン。
惣流・アスカ・ラングレー（そうりゅう アスカ ラングレー）[注釈 10]
14歳の少女。EVA弐号機の操縦者。セカンド・チルドレン。
葛城ミサト（かつらぎ ミサト）
NERV戦闘指揮官である29歳の女性。シンジたちの保護者役でもある。
碇ゲンドウ（いかり ゲンドウ）
NERV最高司令官である48歳の男性。シンジの実の父。
渚カヲル（なぎさ カヲル）
ゼーレから派遣された15歳の少年。フィフス・チルドレン。
用語
箱根山地の地形図
詳細は「新世紀エヴァンゲリオンの用語一覧」を参照
第3新東京市 - 芦ノ湖北岸付近に位置する架空の都市。本作品の舞台である。
特務機関NERV（ネルフ） - 使徒殲滅を主要任務とする組織。EVAを保有。本部は第3新東京市の地下空間（ジオフロント）に位置する。
MAGI（マギ） - NERV本部などに置かれているスーパーコンピュータ。NERV本部には「カスパー（CASPER）」「メルキオール（MELCHIOR）」「バルタザール（BALTHASAR）」の3つから構成されるオリジナルが設置されている。この三つのスーパーコンピュータの名前はイエス・キリストが誕生した時に東方からきた三賢者の名前である。
ゼーレ（SEELE） - NERVの上部組織とされる秘密結社。
裏死海文書 - ゼーレが所持する預言書。
ロンギヌスの槍 - 白き月の中にアダム、裏死海文書とともに入っていたもの。武器としての基本となる性能は、アンチATフィールドを発生・増幅することで対象の展開しているATフィールドを無効化し、破壊することもできる。
セカンドインパクト - 2000年9月13日に起きた大災害。公的には大質量隕石の落下が原因だとされている。セカンドインパクトの影響で地軸が捻じ曲がり、日本には四季がなくなり、1年中夏の状態になっている。
