設定にある第3新東京市とは、実際の日本地図に当てはめると、神奈川県足柄下郡箱根町仙石原付近の芦ノ湖北岸にあたりになる。

1997年には、テレビシリーズ版の結末（第弐拾伍話、最終話）とは別の結末を描いた劇場版『Air/まごころを、君に』（第25話、第26話）が公開された。

テレビアニメと漫画のメディアミックス作品であり、テレビ放送に先立つ1994年12月（1995年2月号）より角川書店の『少年エース』で貞本義行によるコミカライズ版『新世紀エヴァンゲリオン』が連載開始され、18年後の2013年6月（2013年7月号）に連載終了。連載開始から19年後の2014年11月20日に最後の単行本（第14巻）が発売されて完結した。

2006年には、本作品を新たな設定・ストーリーで「リビルド（再構築）」した『ヱヴァンゲリヲン新劇場版』シリーズ全4作の制作が発表され、2007年に第1作『序』、2009年に第2作『破』、2012年に第3作『Q』、2021年に第4作『シン・エヴァンゲリオン劇場版』が公開された。

なお、テレビアニメ版、旧劇場版[注釈 6]、漫画版、新劇場版はそれぞれ物語後半からストーリーに差異が見られる。
あらすじOPに出てくる生命の樹

物語の舞台は西暦2000年9月13日に起きた大災害セカンドインパクトによって世界人口の半数が失われた世界。その15年後の西暦2015年、主人公である14歳の少年碇シンジは、別居していた父、国連直属の非公開組織・特務機関NERV（ネルフ）の総司令である碇ゲンドウから突然第3新東京市に呼び出され、巨大な汎用人型決戦兵器エヴァンゲリオン（EVA）初号機のパイロットとなって第3新東京市に襲来する謎の敵「使徒」と戦うことを命じられる[注釈 7]。

当初はゲンドウの命令で、そしてEVA零号機のパイロットである少女綾波レイの負傷を目の当たりにしたため仕方なくEVAに乗っていたシンジであるが、使徒との戦い、そして戦闘指揮官であり保護者役となった葛城ミサト、同級生鈴原トウジ・相田ケンスケらとの交流によって次第に自らの意思でEVAで戦うようになる。第3、第4使徒を倒し、戦線復帰したレイとともに第5使徒を倒したシンジに、新たにドイツから来日したEVA弐号機のパイロットの少女惣流・アスカ・ラングレーが仲間に加わり、彼らは次々と襲来する使徒を迎撃し、たびたび窮地に追い込まれるも辛うじて勝利を重ねていく。

しかし、米国からNERV本部へと移管された新型機・EVA3号機の起動実験の際、3号機に寄生していた第13使徒が3号機を操り暴走をはじめたため、ゲンドウは3号機を使徒（敵）として処理することを決定。レイの零号機とアスカの弐号機が倒されるが、それでもシンジが人間の乗っているEVAを相手に戦うことを躊躇したため、ゲンドウはEVAの自律型操縦システム「ダミーシステム」を起動させる。シンジの意思とは無関係に初号機は3号機を破壊し、コックピット（エントリープラグ）を握り潰す。そしてシンジは、そこに自分の友人、鈴原トウジが乗っていたことを知る。

自らが乗ったEVAの手で友人が足を切断する大怪我を負ったことで、シンジはEVAのパイロットを辞めるが、そこに強大な力をもつ第14使徒が現れる。迎撃したアスカの弐号機とレイの零号機も敵わず倒される。その窮地を目にしたシンジは再び自分の意思でEVAに乗ることを決め、使徒と戦い、そして最後はEVA初号機の暴走によって使徒を倒すことに成功する。

しかし第15使徒との戦いにおいてアスカが精神攻撃を受け廃人となり、レイも第16使徒との戦いでEVA零号機とともに自爆し命を落とす。相次いで仲間を失ったシンジの前に新たなパイロット渚カヲルが現れる。シンジはカヲルに対して心を開いていくが、彼こそが最後の（第17の）使徒であった。しかし、アダムと出会うという目的を果たせなかったことでカヲルは自分か人類のいずれか片方しか生き残れないとシンジに説き、シンジの乗るEVA初号機の手で殺されることを願う。シンジは困惑し逡巡するが、カヲルを初号機の手で握殺する。

※ここから先の物語の描写はテレビシリーズ版と旧劇場版[注釈 8]で異なる[注釈 9]。
結末（テレビシリーズ版）

人類補完計画が発動したことが文字情報のみで示され、その中で絶望し苦悩するシンジの精神世界が描写される。これまでの主要登場人物（カヲルを除く）が次々と現れてシンジに語りかけ、その問答の果てに、シンジは今までとは全く違う世界を見ることになる。何の変哲もない学生生活を送るシンジと登場人物たち。母親（ユイ）も亡くなってはおらず、使徒もEVAも存在しない世界。その世界を見たシンジは「世界は自分次第であらゆる可能性がある」こと、そして「僕はここに居ても良いんだ」と気付く。そして登場人物たちから一同に「おめでとう」と祝福され、シンジは「ありがとう」と言って微笑んだ。
結末（旧劇場版）詳細は「新世紀エヴァンゲリオン劇場版 Air/まごころを、君に#ストーリー」を参照

全ての使徒を倒したNERVに対し、ゼーレは戦略自衛隊（戦自）を使った武力占拠を開始する。施設が次々と破壊・占拠されていく中、生きる意思を失くしていたシンジは無抵抗のまま戦自隊員に殺されようとしていた。