主人公たちの内面を描いたテレビシリーズ第弐拾伍話と最終話の2話は、テレビシリーズ第弐拾四話までの伏線や謎の回収を完全に放棄しており、一般的な作劇の方法から見れば物語の完結と言えるものではなかった。本作品のパンフレットなどによれば、製作者もそのことは承知していたようである。そのため、テレビシリーズ放映終了1か月後の1996年4月に、最終2話は当初の脚本に沿った形でリメイクし、すでに順次発売されていたVHSとLDでソフトとして発売すること、次いで最終2話のリメイクとは別の完全新作の劇場版の製作・公開が発表された[3]。その後、この2つの企画は連動し、1996年11月1日に東京都内において記者会見が開かれ、そこで1997年春にテレビシリーズの総集編とリメイク版第25話・第26話をセットにした完結編『新世紀エヴァンゲリオン劇場版 シト新生』が、同年夏には完全新作の劇場版が公開されることが発表された。

岡田茂東映および、東急レクリエーション会長は「劇場版エヴァンゲリオンは、角川書店の方から持ち込まれ、ぜひ東映で配給して欲しいということで始めたものです。最初は20?30の劇場で上映を始めたんです。それが、だんだん上映する映画館が増え、150館を超えるようになった。それで、あっという間に配給収入が11億円にまでいってしまった。支援団体から『けしからん、まだ完結してないじゃないか。監督は何をやっている、完結編を早く作れ』ということになって、急遽完結編を作ることになった」[4]、「『失楽園』と『エヴァンゲリオン』は東映で作ってもよくて5億か6億円と普通の数字しか達成できないと判断し、非常に情熱があった角川書店の映画部に全部任せたんです」と述べている[4]。

前売券発売開始日の1996年11月23日には、早朝からオリジナルテレホンカード付きの前売券を購入するファンが行列を作り、一般メディアでも報道された。映画公開前には20万枚以上も売れ、当時の前売券の日本記録を更新したとされる[5]。

しかし、『REBIRTH』編の完成は当初の公開時期に設定されていた1997年春には間に合わないことが事前に判明したため、劇場公開1か月前の1997年2月14日に緊急記者会見が開かれた。その席上で総監督の庵野秀明が謝罪を行い、春の映画では『DEATH』編と制作途中の『REBIRTH』編が公開され、夏に完全版『REBIRTH』編となる『新世紀エヴァンゲリオン劇場版 Air/まごころを、君に』が公開されることが発表された。すでに販売されていた春の映画の前売券は、未使用の券に限り夏の映画でも有効との措置が採られた。

上記のような制作上の遅延もあり、『エヴァンゲリオン』は「まごころを、君に」をもって完結とされ、当初予定されていた「完全新作の劇場版」は制作されずに終わった。後に、2014年の第27回東京国際映画祭のインタビューで庵野秀明自身から「完全新作の劇場版」についての当初のプロットを明かしており、本人曰く「『進撃の巨人』とそっくり」な内容だったという[6]。また、第27回東京国際映画祭の企画である「庵野秀明の世界」において『新世紀エヴァンゲリオン劇場版 DEATH (TRUE)2 / Air / まごころを、君に』がTOHOシネマズ日本橋で上映された[注 2]。
『DEATH』編

タツノコプロとGAINAXにより、テレビシリーズ（第壱話 - 第弐拾四話）を再構成・一部修正して新作シーンが追加された総集編である。しかし、物語の時系列を無視してまとめたものであるため、テレビシリーズを視聴していないと物語の理解は難しい。第2新東京市にある中学校の体育館に、碇シンジ、惣流・アスカ・ラングレー、綾波レイ、渚カヲルを思わせる4人の中学生が集まり、弦楽四重奏曲の練習に向けて準備を進めていく合間に、テレビシリーズの断片が挿入されていく構成となっている。

『DEATH』編は、後に修正版『DEATH (TRUE)』（WOWOWオンエア版）と再修正版『DEATH (TRUE)2』（1998年公開『REVIVAL OF EVANGELION』版）が公開され、VHS・LD化の際にも再修正版『DEATH (TRUE)2』が収録された。劇場公開された『DEATH』編で制作された新作シーンの多くは後の修正版でカットされ、VHS版やLD版で増補された第弐拾壱話 - 第弐拾四話に転用されている[注 3]。