井戸前知事時代から全国で最大規模となっている朝鮮学校への県の補助金については、斎藤は「子供に罪はない」として、今後も支出を続ける意向を明らかにした。2022年度は約3,600万円を支出しており、2023年度の当初予算にも盛り込まれた[19]。
新型コロナウイルス対策

2021年末から2022年初めにかけて新型コロナウイルスの感染者が急拡大した際、斎藤は当初、重症者数が少ないことや経済活動縮小への懸念から、政府への蔓延防止等重点措置の要請に消極姿勢を示した[20]。一方、大阪府の吉村洋文知事は1月14日に病床使用率35%で重点措置を要請する意向を表明[21]。1月19日に兵庫と大阪、京都の3府県知事がオンライン会議を開き、この時点で兵庫の病床使用率は37.8%と3府県で最も悪く[22]、斎藤は「なぜ大阪は35%にこだわるのか。兵庫はもうもたない」と周囲に漏らし、両府知事にも非公式に窮状を伝えたが、この日の重点措置の要請は見送り、要請の決定は翌20日にずれ込んだ[13]。そのため県幹部からは「判断を先延ばしにし、大阪に合わせたと見られても仕方ない。大阪の追随を嫌った井戸知事なら違ったはず」との見方が広がった[13]。また、斎藤はオミクロン株に合った対処方針を示すよう国に求めたが、どう変えてほしいのかを記者に問われると、「県からこう改めてというより、国が大きなガイドラインを示してほしい」と述べるなどし、産経新聞は斎藤について「国任せの姿勢も目立つ」と評した[20]。兵庫県は3月15日に新型コロナウイルスの対策本部会議を開き、まん延防止等重点措置を3月21日の期限で解除するよう政府に要請した。病床使用率が下降傾向にあることなど政府が示した考え方に基づいて判断した。ただし同日に、後述の斎藤の新型コロナウイルへの感染が判明したため、電話でやり取りをして了承を得た[23]。
新型コロナウイルス感染とその影響

2022年3月14日深夜に斎藤と同居する家族が発熱。斎藤も3月15日朝、発熱やせきの症状が出たため、医療機関を受診した結果、抗原定量検査で陽性が判明した。兵庫県は15日に「斎藤元彦知事が新型コロナウイルスに感染した」と発表し、職員などに濃厚接触者はいないという。斎藤は10日間の自宅療養となり、復帰するまでは副知事が代理で業務を行う[24]。都道府県知事で初のコロナ感染者となった。全面復帰は26日以降になる予定。　斎藤は15日昼、ツイッターを更新して「今朝から発熱し、先ほど新型コロナ感染が確認されました。皆様にご心配、ご迷惑おかけしております」と感染を公表した。「症状は、発熱と咳で比較的軽症です、公務もリモートなどで対応してまいります」と記し、「皆様もお気をつけください」と注意を呼びかけた[25]。そのため兵庫県議会は3月16日、臨時の議会運営委員会を開き、3月24日までとしていた定例会の会期を30日まで延長する方針を確認した。すでに2022年度当初予算案を審議する予算特別委員会は、斎藤が出席予定だった16日の総括審査を延期。議会運営委員会では、藤本百男議長が「知事出席の下で議会日程を進めるのが望ましい」と提案し、委員から異論は出なかった。新たに取り決めた定例会の日程は、斎藤の復帰が見込まれる28日、29日に予算特別委員会を再開し、30日を最終日として予算案や追加議案、請願などを採決する。議会事務局によると、兵庫県議会本会議の会期延長は1978年（昭和53年）以来で４４年ぶりのことである[26]。新型コロナウイルス感染で療養中の斎藤は、16日のツイッターで「昨日は発熱が３８度台と倦怠感で苦しい感じでしたが、今朝からは、解熱剤効果もあり、少し下がっています。頭痛や咳は続いています」と説明。また「昨日はゼリーやバナナくらいでしたが、少し食欲回復してきました。解熱剤（ロキソニン系）、ゼリーやポカリは発症直後には欠かせないもので一定ストックが必要と思います」と病状を記した[27]。3月19日にツイッターを更新して「今日で４日目。３日目まで症状が強いと聞いてましたが、私も、昨日まで、発熱や倦怠感で解熱剤服用が続きました。花粉や低気圧もあるのか、鼻づまりと頭痛も強くしんどかったですが、今日から少し和らいできました。咳は残ってます」と病状を伝えた[28]。
知事公用車の変更

初登庁時、選挙前からの公約であった知事公用車のセンチュリーには乗車せず、県庁が所有する公用車であるトヨタ・ヴェルファイアに乗車したが[29]、あくまでも職員向けの公用車のため、当面は前述の車両を代用するが、新たな知事公用車については協議中としていた[12]。