各年度の大賞作品を示す。

第1回（1997年）：もののけ姫（宮崎駿、徳間書店、スタジオジブリ、日本テレビ、電通）

第2回（1998年）：クジラの跳躍（たむらしげる）

第3回（1999年）：老人と海（ALEXANDER PETROV）

第4回（2000年）：BLOOD THE LAST VAMPIRE（北久保弘之）

第5回（2001年）：千と千尋の神隠し（宮崎駿）、千年女優（今敏）（2作品同時受賞）

第6回（2002年）：クレヨンしんちゃん 嵐を呼ぶ アッパレ!戦国大合戦（原恵一）

第7回（2003年）：連句アニメーション「冬の日」（川本喜八郎、他）

第8回（2004年）：マインド・ゲーム（湯浅政明、ロビン西）

第9回（2005年）：浮楼（榊原澄人）

第10回（2006年）：時をかける少女（細田守）

第11回（2007年）：河童のクゥと夏休み（原恵一）

第12回（2008年）：つみきのいえ（加藤久仁生）

第13回（2009年）：サマーウォーズ（細田守）

第14回（2010年）：四畳半神話大系（湯浅政明）

第15回（2011年）：魔法少女まどか☆マギカ（新房昭之）

第16回（2012年）：火要鎮（大友克洋）

第17回（2013年）：はちみつ色のユン（ユン／ローラン・ボアロー）

第18回（2014年）：The Wound（Anna BUDANOVA）

第19回（2015年）：Rhizome（Boris LABBE）

第20回（2017年）：君の名は。（新海誠）

第21回（2018年）：この世界の片隅に（片渕須直）、夜明け告げるルーのうた（湯浅政明）（2作品同時受賞）

第22回（2019年）：La Chute（Boris LABBE）

第23回（2020年）：海獣の子供（渡辺歩）

第24回（2021年）：映像研には手を出すな!（湯浅政明）

第25回（2022年）：The Fourth Wall（Mahboobeh KALAEE）

マンガ部門詳細は「文化庁メディア芸術祭マンガ部門」を参照

各年度の大賞作品を示す。

第1回（1997年）：マンガ日本の古典（22名の漫画家）

第2回（1998年）：坂本龍馬（黒鉄ヒロシ）

第3回（1999年）：アイ'ム ホーム（石坂啓）

第4回（2000年）：バガボンド（井上雄彦、吉川英治）

第5回（2001年）：F氏的日常（福山庸治）

第6回（2002年）：セクシーボイスアンドロボ（黒田硫黄）

第7回（2003年）：カジムヌガタイ?風が語る沖縄戦?（比嘉慂）

第8回（2004年）：夕凪の街 桜の国（こうの史代）

第9回（2005年）：失踪日記（吾妻ひでお）

第10回（2006年）：太陽の黙示録（かわぐちかいじ）

第11回（2007年）：モリのアサガオ（郷田マモラ）

第12回（2008年）：ピアノの森（一色まこと）

第13回（2009年）：ヴィンランド・サガ（幸村誠）