2002年までは文化庁メディア芸術祭マンガ部門と同一審査員にて審査されていたが、それ以後はアニメーション専門の審査員が置かれ、独自に審査されている。

2015年度のアニメーション部門応募総数は、世界各国より計823作品[2]。
大賞・優秀賞

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回年度作品名（監督名）分類
11997
もののけ姫（宮崎駿）劇場アニメーション
プチプチアニメ?ニャッキ?（伊藤有壱）テレビアニメーション
どんぐりの家（安濃高志）劇場アニメーション
THE BUGS（又吉浩）短編アニメーション
新世紀エヴァンゲリオン（庵野秀明）テレビアニメーション
21998
クジラの跳躍（たむらしげる）短編アニメーション
ドラえもん のび太の南海大冒険（芝山努）劇場アニメーション
快動力 REAL（保田克史）短編アニメーション
serial experiments lain（中村隆太郎）テレビアニメーション
believe in it（米正万也）短編アニメーション
31999
老人と海（アレクサンドル・ペトロフ）短編アニメーション
ホーホケキョとなりの山田くん（高畑勲）劇場アニメーション
上京物語（古川タク）短編アニメーション
おじゃる丸２（大地丙太郎）テレビアニメーション
月の夜の話（堀剛史）短編アニメーション
42000
BLOOD THE LAST VAMPIRE（北久保弘之）劇場アニメーション
陽だまりの樹（杉井ギサブロー）テレビアニメーション
s.o.s（ALLARD Xavier/HA Guillaume）短編アニメーション
たれぱんだ オリジナル・ビデオ・アニメーション（宇井孝司）オリジナルビデオアニメーション
Luz（Jose Javier MARTINEZ）短編アニメーション
52001
千と千尋の神隠し（宮崎駿）劇場アニメーション
千年女優（今敏）劇場アニメーション
ねこぢる草（佐藤竜雄）オリジナルビデオアニメーション
睡蓮の人（村田朋泰）短編アニメーション
62002
クレヨンしんちゃん 嵐を呼ぶ アッパレ!戦国大合戦（原恵一）劇場アニメーション
アベノ橋魔法☆商店街（山賀博之）テレビアニメーション
猫の恩返し（森田宏幸）劇場アニメーション
攻殻機動隊 STAND ALONE COMPLEX（神山健治）テレビアニメーション
頭山（山村浩二）短編アニメーション
72003
連句アニメーション「冬の日」（川本喜八郎）劇場アニメーション
東京ゴッドファーザーズ（今敏）劇場アニメーション
こまねこ（合田経郎）短編アニメーション
ガラクタ通りのステイン（増田龍治）テレビアニメーション＆OVA
FRANK（布山タルト）短編アニメーション
82004
マインド・ゲーム（湯浅政明）劇場アニメーション
ハウルの動く城（宮崎駿）劇場アニメーション
ACIDMAN short film「彩-SAI-(前編) / 廻る、巡る、その核へ」（西郡勲）短編アニメーション
まかせてイルか!（大地丙太郎）オリジナルビデオアニメーション
BIRTHDAY BOY（Sejong PARK）短編アニメーション
92005
浮楼（榊原澄人）短編アニメーション
死者の書（川本喜八郎）劇場アニメーション
flowery（橋本大佑）短編アニメーション
かみちゅ!（舛成孝二）テレビアニメーション
年をとった鰐（山村浩二）短編アニメーション
102006
時をかける少女（細田守）劇場アニメーション