三代将軍徳川家光の乳母である春日局、大奥の奥女中であった音羽が土地を拝領した事から「春日」「音羽」など現在でも地名として使われる。

白山御殿は、五代将軍徳川綱吉の将軍就任以前、館林候時代の屋敷で、もと白山神社の跡であったので「白山御殿」と言われた。綱吉の将軍職就任後は、御殿跡を幕府の薬草園とした。享保7年（1722年）、園内に、映画『赤ひげ』で知られるようになった小石川養生所が設けられた。また、享保20年（1735年）には青木昆陽が甘藷（サツマイモ）を試験栽培した。明治になってからは東京大学の付属植物園となった。

大政奉還後は十五代将軍徳川慶喜が旧小日向（現在の春日地区）に居住した。

江戸時代中期には区域の多くが市街化し、後期には中山道の街道筋に商店が建ち並ぶなど商業が活発化した。明治時代に入り広大な跡地は、大学及び軍用地や商業地などに転用された。

区内には、幕府の官学の府ともいうべき湯島聖堂、昌平坂学問所があった。
近・現代

安田財閥の創始者安田善次郎の娘婿善四郎が購入し、昭和12年（1937年）に長男楠雄が相続した「旧安田楠雄邸」が千駄木5丁目にある。歴史的建造物として修復管理し、公開されている。

昌平坂学問所跡に師範学校、女子師範学校が設立され、東京大学が現在地に移転を完了し、文教地区文京の特色が鮮明になった。一方、水戸徳川家の上屋敷内の庭園が現在の小石川後楽園となり、五代将軍徳川綱吉の大老柳沢吉保の六義園が返還され、国の名勝になるなど、都心の貴重な緑地を今に残している。

1878年（明治11年）、郡区町村編制法により小石川区と本郷区が成立。広大な加賀前田家の屋敷跡に帝国大学（現：東京大学）が設置された。帝大周辺に出版社が集まり、それに伴って多くの文人達も移り住み、坪内逍遥、森?外、夏目漱石、樋口一葉などが居を構えた。その後は都市化が進んだが、本郷通りなどの大通りから一歩住宅街へ入ると江戸や明治の名残ある場所が多数残されている。

1937年（昭和12年）、東京砲兵工廠の跡地に後楽園スタヂアム（現在の東京ドーム）が誕生し、戦後のプロ野球復活と共に娯楽地として発展する。

1947年（昭和22年）、市街地編成として小石川区と本郷区が合併し文京区が誕生（1947年（昭和22年）3月5日公布、同年3月15日施行）。

1951年（昭和26年）3月1日、文京区歌を制定。

1965年（昭和40年）ごろ、東京都内の住居表示（町名）変更に伴い、区内の町名が大規模に変更された。これに伴い1965年9月15日には、区内を走っていた東京都電車や東京都バスの39箇所の停留所名も変更されている[2]。

1969年（昭和44年）ごろ、学生運動が活発化し、過激化の傾向の頂点を見せる。1969年1月18日には東大安田講堂事件が発生したほか、同年9月30日には本富士警察署および文京区立第四中学校（後に第二中学校と統合）に、それぞれ6本の火炎瓶が投げ込まれて炎上する事件が起きた[3]。

1999年（平成11年）、都心回帰の傾向を反映して35年ぶりに人口増加へ転じている。このころからマンション建設が盛んに行われている。

戦後復興や高度成長による東京都心部の過密解消を目的とした工場等制限法は大学も対象とされ、大学の郊外移転（多摩地域や埼玉県など）が進んだ。現在では工場等制限法が廃止され、拓殖大学のように文京区を含む都心へキャンパスを回帰させる大学が目立つ[4]。
区名の由来

文京区は典型的な瑞祥地名である。区の名称は「文京」の名が簡潔で書きやすく、“文教の府”という区のイメージと一致しているとして、両区の区議会で採用された。その他の区名案には「京北区」「春日区」「湯島区」 「富士見区」「音羽区」「山手区」「白山区」「駒込区」「弥生区」「八千代区」「後楽区」「大和区」「曙区」「城北区」「常盤区」などがあった。
町名

文京区では、全域で住居表示に関する法律に基づく住居表示が実施されている。
文京区役所管内

文京区役所管内（68町丁）町名町区新設年月日住居表示実施年月日住居表示実施直前町名備考
.mw-parser-output ruby.large{font-size:250%}.mw-parser-output ruby.large>rt,.mw-parser-output ruby.large>rtc{font-size:.3em}.mw-parser-output ruby>rt,.mw-parser-output ruby>rtc{font-feature-settings:"ruby"1}.mw-parser-output ruby.yomigana>rt{font-feature-settings:"ruby"0}大塚（おおつか）一丁目1966年4月1日1966年4月1日大塚町、大塚仲町、大塚上町、大塚辻町、大塚坂下町（以上全）、東青柳町、氷川下町、大塚窪町
大塚二丁目1966年4月1日1966年4月1日大塚町、大塚仲町、大塚上町、大塚辻町、大塚坂下町（以上全）、東青柳町、氷川下町、大塚窪町
大塚三丁目1966年4月1日1966年4月1日大塚町、大塚仲町、大塚上町、大塚辻町、大塚坂下町（以上全）、東青柳町、氷川下町、大塚窪町
大塚四丁目1966年4月1日1966年4月1日大塚町、大塚仲町、大塚上町、大塚辻町、大塚坂下町（以上全）、東青柳町、氷川下町、大塚窪町
大塚五丁目1966年4月1日1966年4月1日大塚町、大塚仲町、大塚上町、大塚辻町、大塚坂下町（以上全）、東青柳町、氷川下町、大塚窪町
大塚六丁目1966年4月1日1966年4月1日大塚町、大塚仲町、大塚上町、大塚辻町、大塚坂下町（以上全）、東青柳町、氷川下町、大塚窪町
音羽（おとわ）一丁目1967年1月1日1967年1月1日音羽町1?3・6?9（全）、音羽町4・5、桜木町、関口町、関口台町、小日向台町3、東青柳町、西青柳町、雑司ヶ谷町