設置当初の組織は、監軍部と同様に本部のほか騎兵監部・野戦砲兵監部・要塞砲兵監部・工兵監部・輜重兵監部を置いた。1900年（明治33年）3月から本部部長を参謀長と改称。1907年（明治40年）10月9日要塞砲兵監部を重砲兵監部と改称する。1908年（明治41年）12月参謀長を本部長と改称。本部に庶務・第1・第2の3課を置く。1919年（大正8年）4月から野砲兵監部と重砲兵監部は統合され砲兵監部となる。1938年（昭和13年）7月、本部に部制を採用し、第1部・第2部を置く。1941年（昭和16年）4月から化兵監部と通信兵監部が新設。騎兵監部を改組し機甲本部とし、陸軍省の外局となる。第1部は総務部と改称し、第2部は廃止された。1945年（昭和20年）3月から高射兵監部が新設される。

教育総監

本部部長 → 参謀長（1900.3.）→ 本部長（1908.12.）

第1部（1938.7.）→ 総務部（1941.4.）

第1部長（1938.7.）→ 総務部長（1941.4.）

庶務課（1908.12.）

第1課（1908.12.）

第2課（1908.12.）

第3課（1938.7.）


第2部（1938.7.）→ 廃止（1941.4.）

第2部長（1938.7.）→ 廃止（1941.4.）

第4課（1938.7.）→ 機甲本部（1941.4.）

第5課（1938.7.）→（化兵監部、1941.4.）

第6課（1938.7.）→（通信兵監部、1941.4.）



騎兵監 → 機甲本部（1941.4.）

野戦砲兵監 → （砲兵監、1919.4.）

要塞砲兵監 → 重砲兵監（1907.10.）→ （砲兵監、1919.4.）

砲兵監（1919.4.）

工兵監

輜重兵監

化兵監（1941.4.）

通信兵監（1941.4.）

高射兵監（1945.3.）


本部長
本部部長


大谷喜久蔵 歩兵大佐：1898年3月3日 - 1900年4月25日

参謀長


大久保春野 中将：1900年4月25日 - 1902年5月5日

上田有沢 中将：1902年5月5日 - 1904年3月17日

（兼）高木作蔵 少将：1904年3月23日 - 1904年12月27日

原口兼済 少将：1904年12月27日 - 1906年2月5日

中村覚 少将：1906年2月5日 - 1907年1月28日

大谷喜久蔵 少将：1907年1月28日 - 1908年12月19日

本部長


大谷喜久蔵 少将：1908年12月19日 - 1909年9月3日

本郷房太郎 少将：1909年9月3日 - 1913年5月7日

斎藤力三郎 少将：1913年5月14日 - 1914年11月26日

栗田直八郎 少将：1914年11月26日 - 1916年1月21日

山梨半造 少将：1916年1月21日 -

菊池慎之助 中将：1918年10月10日 -

尾野実信 中将：1919年11月25日 - 1921年6月11日

児島惣次郎 中将：1921年6月15日 -

宇垣一成 中将：1922年5月13日 -

津野一輔 中将：1923年10月10日 - 1924年1月7日

渡辺寿 中将：1924年1月9日 -

岸本鹿太郎 中将：1926年7月28日 -

林銑十郎 中将：1928年8月10日 -

林仙之 中将：1929年8月1日 -

荒木貞夫 中将：1931年8月1日 - 12月13日

川島義之 中将：1932年1月9日 -

香椎浩平 中将：1932年5月26日 - 1934年3月5日[3]

林桂 中将：1934年3月5日 -

中村孝太郎 中将：1935年12月2日 - 1937年2月2日

香月清司 中将：1937年3月1日 - 7月11日

安藤利吉 中将：1937年8月2日 - 1938年5月25日

山脇正隆 中将：1938年7月15日 - 12月10日