厳密な話をすると、被曝とは、単に身体が電離放射線にさらされたという現象を指す術語である[12]。従って、それに引き続く、何らかの生物学的影響があったとしても、これは被曝とは別個の概念として認識する必要がある。そのため、中立的な概念である被曝により、白内障、唾液分泌低下、粘膜炎、二次発がんなどの患者にとって不利益と考えられる影響や、甲状腺眼症の治療やがんの治癒などの有益と考えられる影響といった相反する事象が併存しても整合性が保たれる。さらに、同じ被曝という事実とそれに引き続く生物学的影響が同じでも、利益・不利益が相対的な場合もある。例えば、被曝すると創傷治癒の遅延や治癒能の低下が生じる。これは一見不利益な影響にも思えるが、これを応用して難治性のケロイドの治療が可能となっている[13]。また全身におおよそ4-10Gy被曝すると骨髄機能が荒廃して致死的となるとされており、この被曝は、患者の著しい不利益につながるとも考えられそうだが、白血病などの血液疾患では、これを応用して骨髄移植前に白血病細胞を死滅させるための前処置として採用されている[14]。

上記のとおり、本来は、言葉の概念上の問題から、生物学的影響の善悪を論じた後、その影響を及ぼす被曝量にさかのぼった上で、被曝の是非を議論されるべきだが、放射線治療分野を除いた、画像診断領域における被曝の生物学的影響は実質的に身体への侵襲と見なして差し支えないことから、通例に従って、以下では両者を特に区別しない。[15]。
医療被曝の線量限度

放射線防護のため、1990年の国際放射線防護委員会(International Comission on Radiation Protection: ICRP)の勧告に準拠し、日本でも被曝線量限度が法令により定められているが、医療の目的で電離放射線を患者に曝射する場合に限っては、線量限度の法的な定めはない。これは、被曝する本人がその被曝する行為によって診断や治療といった直接の利益を受けるからである[1]。言い換えると、患者が医学的利益を享受する場合には、被曝線量にかかわらず医療被曝が正当化されるということである。これは医療被曝の線量限度を法令で定めてしまうと、国民が適切な医療を受ける機会を失うことと同値である。こうした特殊性から、その他の被曝（職業被曝・公衆被曝）と同列に比較されるべきではない。[15]。（放射線を人体に対して照射する判断は医師および歯科医師のみ可能であり、診療放射線技師は医師又は歯科医師の指示がなければ放射線を人体に対して照射することが許されない。）しかしながら結果論ではあるが、放射線診断で健康と診断された場合は被曝という害と健康であるという安心のみが残される事になる。二次予防を目的とした検診における放射線診断では、被曝によるリスクを考慮したガイドラインが設定されている。

ただし、医療被曝の「正当化」および「最適化」がなされた上で、被曝が必要最小限となるように行われる必要がある[15]。

放射線医療による、病気の診断・治療を「主作用」としたとき、医療被曝による生物学的影響のうち好ましくないものを、医療用薬剤になぞらえて「副作用」とも見なしうる。放射線医療は治療によって患者が得る利益と害(リスク)を考慮して、医師・歯科医師が有益と判断して施される。（例えば、95%以上の確率で治療が奏功し、回復困難な有害事象を生じる確率が5%以下である、など。）
医療被曝の現状

放射線診断、放射線治療の進歩と普及に伴い日本を含む一部の医療先進国では医療被曝の実効線量が自然放射線からの被曝より大きくなっている[16]。原子放射線の影響に関する国連科学委員会(UNSCEAR)の2008年の報告によると、全世界での放射線診断は1988年には13.8億回、一人あたりの平均線量は0.35mSvであったが、2008年には31億回、平均線量は0.62mSvとなった。医療先進国の平均は1.92mSvとなっているが日本では2.3mSv[17]、米国は3.0mSv[18]と推定されている。放射線治療に関しては1991~1996年の間は年間470万回であったが、1997~2007年の間では510万回に増加している。直線加速器による治療も増えてきている。医療先進国では放射線治療は1千人あたり年間2.4回(世界平均は0.8回)となっており、頻度は増え続けている。

日本においてはCT機器の普及率が他国より突出しており[19]、人口百万人あたり92.6台(2002年)、2位がオーストラリアで45.3台(2004年)、3位アメリカ32.3台(2004年)であった。この普及率の高さにより、容易に悪く言えば安易に検査を受けることが可能である。CTを1回受けるだけで6.9mSv、胃のX線検査では0.6?2.7mSvの医療被曝がある[20]。

放射線診療における代表的なX線検査での被曝量は、胸部 0.04mSv、腹部1.2mSv、上部消化管 8.7mSv、胸部CT 7.8mSv、腹部CT 7.6mSvである[21][22]。なお、骨髄移植のために行われる全身照射の一回の照射量は2,000mSv(2Gy)で、1日2回の照射を3日間行い、総量で12,000mSv(12Gy)を照射する[23][24]。肺がんに対する定位放射線治療では１回10,000mSv(10Gy)以上の大線量を4回から5回照射して1週間程度で終了させているプロトコルが主流である[25]。
不必要な画像診断「無駄な医療」も参照

CTのような高額な装置の場合、検査が過剰に行われる懸念が指摘されている[26]。ただ、現時点では、諸外国と比較したときCTとMRIの装置台数は際だって多いが、装置の活用度はほとんど最下位であり、検査数としてはそれほど多いという状況でではない[27]。

実際、低線量の放射線被ばくによる影響には不明な点が多いが、低線量の被ばくも発がんを生じるという仮説（LNT仮説）にも基づき15ヵ国で放射線検査の頻度にともなう発癌リスクを調べた結果によれば、日本の医療被曝による発癌リスクは3.2%（年7587件の発癌数に相当）と最も高く[28]、これは欧米諸国に比べても3倍程高い数字であり、特徴としてCT検査による被曝が大きな比重を占めており、他国に比べてCT装置の設置台数が多い事などが背景にあるのではと指摘されている[29]。

アメリカ食品医薬品局では画像診断法における不要な放射線照射を減ずる方針が提示されている[30]。一方、被曝を抑えるために装置の改良も行われており、低線量ヘリカルCTなどが開発され、検診対象者をヘビースモーカーといった高リスク群に絞って成果を挙げているが、偽陽性などの問題も指摘されている[31]。
自然被曝

一方、自然放射線による被曝量は、概ね年間1.0~13mSvの間で世界平均は約2.4mSvである。UNSCEARでは10mSv以上の被曝のある地域を特筆している。　イラン、ブラジル、インドでは、30mSvを超えるようなホットスポットもあり[21][22][32]、インドのケーララ州で家系内遺伝調査をしたところ、高線量地域では統計的に有意に生殖細胞由来の点突然変異が高い傾向にあることが報告されている[33][34]。ブラジルのガラパリでは内部被曝によるものと思われる末梢血リンパ球の染色体異常[35]や、対照地域に比べて癌の死亡率の高さが報告されている[36]が、癌死亡率の報告については他の因子を考慮しておらず、予備的研究の結論とみなすべきだと研究者自身が記述している。
しきい線量と影響の事例

しきい線量 (threshold dose) とは、放射線をある一定レベル以上の被曝を受けると、確定的放射線影響が起きるしきい値となる線量のことであるが[37]、しきい線量のある確定的影響と、しきい線量はないと仮定されている確率的影響とがある[21]。

確定的影響の例には、胎児への影響、器官形成期の被曝による奇形の発生があり、そのしきい線量は100mGy（ミリグレイ）とされている[21]。しかしながら、放射線診断での胎児の平均被曝量は、腹部撮影 1.4mGy、注腸造影検査 6.8mGy、腹部CT 8.0mGy、骨盤CT　25.0mGyなどとなっており、このしきい線量100mGyより小さい被曝であり、顕著な影響があるとは考えられないとされている。

確率的影響の例には、複数回のX検査による被曝で白血病またはがんになる可能性がある。米国では、CTスキャンによる検査が年間7000万件以上行われており、そのうちの2万9000件が将来的にCTに関連した癌の発症を引き起こすと推定されている[38]。