番組の企画段階では、「上岡龍太郎探偵局」という仮タイトルだった[7]。その後、会議でスタッフ全員で議論が行われた。

会議では、取材に応じやすいタイトルがいいということで、「ナイト」を付けることになった。また「スクープ」は当時『ザ・スクープ』（朝日放送〈当時〉でも放送されていた）など、報道番組のタイトルに「スクープ」が使われることが多かったため、「電話口で『朝日放送のナイトスクープですが…』と言えば、報道番組と勘違いして取材を受けてくれるのではないか」と考えて「ナイトスクープ」に決まった。しかし、それでは娯楽番組とわかりづらいため、「探偵」がタイトルの頭に付けられた。なお、ネット局のほとんどが夜に放送することもあり誤解されやすいが、タイトルの「ナイト」は、夜（Night）ではなく、騎士（Knight）という意味である（Knight Scoop）[8]。2004年6月18日放送のオープニングでも西田局長が詳しく明言している（その際桂小枝がセットの棚にあるサーベルを取り出し、突き刺すフリをする仕草を見せている）。

現在の番組タイトルロゴには下に小さい文字の「knight scoop」があるが、初期のタイトルロゴには「knight scoop」がなかった。(「knight scoop」の表示がなかったのは、CM前に表示されるロゴのみ)

また、現在オープニングで出てくるロゴは青色で表示されているが、初期は白色で表示されており、1994年頃からは銀色で表示されるようになった。スペシャル版の時や公式サイトなどでは金色で表示されることが多い。
テロップの使用

出演者の言葉にテロップを付けて強調する手法は現在日本のバラエティ番組で日常的に行われているが、これはこの『ナイトスクープ』が最初に行ったものとされる[注釈 5][8]。ただし、「ナイトスクープ」におけるテロップは、あくまで「ナレーションの代わり」として話題・状況の要約やツッコミを入れたり、聞き取りにくい部分を補ったりする目的で使われているものである。その基準は「入れた方が中身がわかりやすくなり、また面白くて笑いが取れる」とスタッフが判断した箇所に限られており、現在のお笑い番組のように出演者の発言を次から次へとなぞるようにテロップを挿入しているわけではない[8]。またテロップの使用は取材VTR内のみに限定されており、他の番組のようにスタジオ内でのトーク部分でテロップ類を使用することは一切行っていないことからもこのことが窺える。また、依頼者や探偵などが意味不明な行動や言動をした場合は「?」[注釈 6] のテロップが使用されることもある。

番組内でテロップに使用される書体の多くはゴシック体などの簡素なもので、他のお笑い番組にありがちな文字を派手に装飾（文字の大きさを極端に変えたり、さまざまな書体を使用するなど）することはあまりない。

2007年1月26日放送分から、画面左上に依頼内容のタイトルスーパーが小さく表示されるようになった。
番組構成
番組の流れ

朝日放送→朝日放送テレビAスタジオによる公開収録（基本的には隔週金曜日夕方より2本録り[注釈 7][9]）。最初に局長が自己紹介して秘書が自己紹介と前口上「当探偵局ではテレビをごらんの皆さんからの依頼に基づいて直ちに優秀な探偵を派遣し、真相の追求にあたります。」と唱え、そして局長が顧問を紹介する。ここから局長が探偵たちをフルネームで紹介していたが、西田局長になってからの放送においては探偵紹介を省略することが多くなり、近年は新年最初の放送、探偵及び局長が卒業、就任、復帰する回にのみ行われている。顧問紹介の後、すぐ依頼の紹介に入る。顧問が初登場の俳優や女優の場合は小トークをしてから依頼紹介となっている。1回の放送の中で、約12分程度の依頼遂行VTRを3本流し、それぞれに局長や顧問、探偵らがコメントを付けるのが基本的なフォーマットである。

秘書が視聴者からの依頼文を読み上げ、局長・顧問が短いコメントをし、その依頼を担当した探偵がVTRを流す前に解説を加えてからVTRに入る[注釈 8]。最初期はVTR中にも探偵のコメント・解説が入っていたが、現在は一切入れていない。小ネタ集やパラダイスなどでは、探偵自らが依頼文を読む場合もある。VTR終了後、出演者のコメントが入り、ジングルが流れ、CMに入る。以前は3本目の依頼の後にCMに入っていたが、現在はCMに入らずそのまま局長・顧問が、今週の総括のようなコメントをしつつ、エンドロールに入るという構成になっている[注釈 9]。2020年7月24日からは次回予告が追加された。

さらに「エンド5秒」と呼ばれる番組終了のテロップの裏に探偵のギャグが入ってその回の放送が終了する（この部分は放送される地域とされない地域がある）。元は放送終了時間まで視聴してもらい、それによる視聴率上昇を目的に始まったものであった。

ほかの番組に見られない特徴に「ジングル後CMにすぐに入らないことがある」というものがある。通常、民放では番組とCMの境にジングルを流して視聴者に知らせている（もしくは、ジングルなどなしで突然CMに入る）。ジングルが入る場合、ジングルが終わるとすぐにCMがはじまるが、この番組ではジングル（声：円広志）終了後も少しの間、探偵と局長などのトークが（長いときは1分以上も）放送され続ける場合がある。このジングルからCMまでの極端に長い時間をとるという演出は、公開収録の段階で直接ジングルを挿入するため番組進行上、ジングルの後に大事な要点や本編より盛り上がるトークがなされた場合、それも含めて編集された上で放送に乗るという作りになっている。

後述する項目において、インターネットで検索するなり、専門家に問い合わせればすぐに解決できる依頼内容であっても、依頼者や第三者を巻き込んで探偵が直接足を使って調査するといった過程に重点が置かれている。しかし、困難と思われた依頼が予想より簡単に解決したり、逆にすぐに解決できるような依頼が調査途中で迷走したり、調査途中や後になって別な疑問が派生したり、調査結果によっては新たな問題定義が浮き彫りになって大規模調査に発展することもある。時に依頼内容の如何によっては探偵は地道で煩雑な調査に長時間を強いられる場合もあり、決められたVTRの時間内に調査をまとめなければならないがロケの途中で落とし所があいまいになったり、いたずらに時間を費やしてしまう、対象が一般人なので当然取材側の思ったように動かない等の収録上の困難も抱えている。また、番組制作上時間もコストもかけられないために期日内に依頼（取材）を遂行する必要があるため、事故などの危険性の無い限りひたすら撮影し続け照明が切れてもハンドライトで、ハンドマイクが壊れてもガンマイクで、カメラマンが転倒しても撮り直しもカットもせず、物理的に撮影が不可能になるまで収録を続ける、など過酷なものとなる場合が多々あるが、それらも演出や番組制作上、構成や演出の一つとして組み入れられている。

ロケ収録において現場での大まかな進行はあるもののロケ台本は存在せず、番組収録におけるスタジオ構成台本も「OP、局長あいさつ、秘書あいさつ、探偵紹介、取材VTR、以下盛り上がる」といった細かい台詞もト書きも無い大雑把なものとなっている。探偵局発足当初は、取材ロケ撮影の定石通りスタッフがカメラに映り込む、探偵が言い間違える等の度に撮り直していたが、探偵らがその煩雑さに辟易しロケスタッフと交渉、ロケ取材のライブ感を出そうと（他局の）通常ロケならNGである所を許せる範囲内でそのまま取材、一発収録を続行させて取材時間の短縮と探偵、加えて依頼内容と取材対象の即興を活かすことに重点を置いており、他のバラエティロケ番組ではまず見られない機材スタッフが反射面（鏡等）に映り込んだまま撮影取材を続行、通常放送でもスタッフがカメラ映像に直接入り込んでもそのまま放送されている。
オープニング

オープニングでは、テーマ曲とともに、番組の趣旨が記された以下の文章（局の企画書に書かれていた「番組概要」をベースにしたもの - 「アホの遺伝子」より）が流れる。この番組は、視聴者から寄せられ
た依頼にもとづいて、探偵局長が
部下の探偵たちを野に放ち、世の
ため、人のため、公序良俗・安寧
秩序を守るべく、この世のあらゆ
る事どもを徹底的に調査追求する
娯楽番組である。[注釈 10]

上記の文章が白いテロップでスクロール式に下から上に流れ（「娯楽番組である。」の部分はこの番組があくまでもバラエティ番組であることを強調させるためにわざと改行されてある[注釈 12]）、CG調の番組タイトルのロゴが出る（初期はテロップで描かれており、上記の趣旨文に続き、下から上がってくるパターンであった）。その後、局長、秘書、その週の出演メンバーの探偵局員を紹介。その時、調査を担当した局員には映像の下にその週に依頼された内容のサブタイトルが流れる。なお、「探偵局長」のくだりは、上岡局長時代には「上岡局長」、松本局長時代には「松本人志探偵局長」とテロップされていた（西田局長時代と松本の芸能活動休止後は「探偵局長」と表記）。

出演局員を紹介した後は、公開収録のスタジオからの拍手に包まれながら出演者が登場して提供ベース[注釈 13]（スポンサーは地域によって異なる、朝日放送テレビなどではスポンサーの表示がない。新型コロナウイルス感染対策による非公開放送時は提供ベースなし）後にCM→本編開始、というのが現在の基本である。以前は、オープニングから1本目の依頼終了後まで、CMに入ることなく続いていた[注釈 9]。

本編に入ると再度テーマ曲をBGMに、前述の通り、局長・秘書の自己紹介、顧問（ゲスト）紹介、探偵の紹介が続く。
プレゼント

依頼が番組に採用された視聴者にはもれなく番組特製の探偵手帳[注釈 14]、会場への観覧者には番組ロゴが描かれた白色と黒色のステッカーがプレゼントされる（それぞれ視聴者に見えるようにして見せている）。桂小枝、長原成樹、松村邦洋の降板直後から松尾依里佳降板までの約4年間はナイトスクープ特製「クリアファイル」がプレゼントされていた。過去の会場プレゼントには「アホ・バカ分布図」や、ノックすると探偵局員達の名前が出てくる「ボールペン」、ナイトスクープ特製「うちわ」「トランプ」「便利5点セット」などをプレゼントしていた時期があった。
放送時間の変遷

以下の放送時間は大阪・朝日放送テレビを基準としている。

期間放送時間（長さ）