であり、シロナガスクジラやセミクジラは絶滅の危険性が高い。また、クロミンククジラについては増加に度々引き合いに出される76万頭という生息数は下方修正されており、増加の停止が確認されている（後述）。なお種としての生息数が豊富であっても、世界中に生息する種類では生息域によっては系群単位で危機にある場合もあり、そういった事実を鑑みた上で資源管理は地域ごとにおこなわなければならない[70]。

捕鯨に対して、数をコントロールしやすい「家畜」と違い鯨類の捕獲はその減少をコントロールできなくなるという懸念もグリーンピースが主張している[71]。

2024年に日本政府がナガスクジラの商業捕鯨の再開を宣言したが、台湾の自然保護団体やシーシェパードの元船長であったポール・ワトソンも含めた各国からの懸念が寄せられ[72][73]、さらに日本国内の識者も懸念を示しており[74]、絶滅危惧種を捕獲対象とすることのリスクだけでなく需要の低下と商業性の脆弱さも指摘されており[75]、2001年にミンククジラを「海のゴキブリ」と評して「鯨害獣論（鯨食害論）」の拡散と捕鯨論争の拡大に関与した小松正之も[76]、捕鯨推進派としての経歴を持ちながらも今回のナガスクジラの捕獲対象種への追加の科学的正当性への疑念を呈している[73][75]。
海洋資源の過剰搾取

国連食糧農業機関の2008年報告によれば、海洋水産資源の利用は19%が過剰漁獲、8%が枯渇、1%が枯渇から回復しつつあるとされ、52%が満限利用の状態にあり、20%が適度な利用又は低・未利用の状態とされている[77]。FAO水産委員会の「漁獲能力に関する国際行動計画」に即し水産資源を持続的に利用していくためには、各国による水産資源管理の一層の強化が求められている[77]。

自然保護の観点からは、「人間による捕鯨を含む漁業によって海洋生態系が撹乱されている」という海洋資源の過剰搾取問題がある。捕鯨は、海洋生態系ピラミッドの頂点に立っていた鯨類をバイオマス換算で半分以下まで減らし、その結果海洋生態系はダメージを受けている可能性がある（鯨類の餌としての水産資源消費も鯨類のバイオマス総量に比例して激減していると推測され、鯨類の死体を経由しての生態系ループもまた激減している）。これまでの人類による海洋の過剰搾取を見直す必要がある。この問題は鯨類だけではなく、マグロ（ミナミマグロやタイセイヨウマグロを含む）など特定魚種の集中的漁獲について同様の問題を抱えている。[要出典]

また、化学物質汚染などにより海洋生態系の状況の悪化も指摘されており、海洋の利用は抑制に転じるべきであると言う主張がある[要出典]。
人道的捕殺

日本が電気銛からライフルを中心に切り替える旨を表明し、これを評価する国が多かったため、イギリスなども提案を撤回した[78]。

致死時間の長さの一因について日本鯨類研究所は「年齢測定のために耳垢栓を無傷で入手する必要があり、致命傷を与えうる部位のうち頭部を避けて捕鯨砲を打ち込んでいたため」と説明。その後独自に開発した効率の高い爆発銛の使用により陸上野生動物のケースに劣らない即死率と平均致死時間を達成している、と反論している[79]。 日本鯨類研究所によれば、2005-2006年の調査捕鯨において平均致死時間（銛命中から致死判定まで）は104秒、即死率は57.8%である（抗議団体の妨害を受けていない場合）[80]。ノルウェーが発表した2000年のデータでは、平均致死時間が136秒、即死率が78%である[81]。

日本の沿岸でのイルカ漁についても致死時間が長いとの批判がされたため、フェロー諸島で使用されている技術の導入が図られている。この方法によれば、脳への血流を即時に停止させ、即死に導くことができる。ただし、スジイルカなど一部の種については、水際で激しく動くために適用が困難で、さらなる改善研究が行われている[82]。

最新の食肉用家畜の屠殺においては、専用の道具（主に屠殺銃）および炭酸ガス麻酔法を用いた安楽死が多いのに対し、鯨は専用施設内での殺処理が行えず、致命傷でなければ死ぬまで時間がかかり、動物福祉の観点[31]から非人道的であるとされる。乗組員の安全性（「大背美流れ」など）や人道的視点などからの致死時間短縮は比較的古くからの課題であり、鯨を感電死させる電気銛などの研究が戦前からあった。日本でも1950年代に電気銛の試験が行われ、鯨の即死が確認されたものの、有効射程の短さなど運用上の困難から主力にはならなかった。
食の安全からみた鯨肉

元々食性の生物段階が低いヒゲクジラ類では汚染の程度は低く、南極海産のヒゲクジラについては汚染はほとんどないことも判明している。南極海のミンククジラにも汚染物質がほとんどないことが南極海鯨類捕獲調査で判明している[30]。特に南極海のクロミンククジラの脂皮や筋肉中に蓄積されたPCBやDDTなど人工有機塩素化合物や水銀はごく微量で、北半球の個体と比べると10分の1以下の値である[30]。