また、2009年のIWC会合で日本の政府代表団が日本の科学者が漁業資源の減少の要因がクジラであると結論づけた事がないとの発言を指摘し、仮説に過ぎないものを大々的にアピールするのは日本の科学の信頼性を損ねる」[63]とし、高成田亨は「生物学の権威が疑問を呈している点は真剣に考えるべき所である」[64]としている。
バーモント大学のジョー・ローマン（英語版）は「我々が新たに検証した複数の研究では、クジラのような大型捕食動物が存在するほうが、生態系における魚類の個体数が多くなることが明らかになっている」と2014年に指摘した[65][66]。
また、大型鯨類の糞に含まれる大量の窒素やリンや鉄は植物プランクトンの発生を促し、海洋生態系全体への恩恵があるだけでなく、二酸化炭素の抑制にも効果があるとされている。さらに、大型鯨類の死骸による炭素の吸収も指摘されている[67]。
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2009年6月にマデイラ諸島で開催された国際捕鯨委員会の年次会合において、森下丈二（水産庁参事官）は、日本政府代表代理としての立場から、鯨類の増加による漁業資源への被害を実質的に撤回したが、その後も国内世論を是正するという動きは見られなかった[68]。
絶滅の可能性
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国際捕鯨委員会科学委員会の推定資源量では、
ミンククジラは南半球761,000頭、北大西洋174,000頭、西グリーンランド10,800頭、北西太平洋及びオホーツク海25,000頭[30]。
シロナガスクジラは南半球2,300頭[30]。（世界的に10000?25000頭（IUCNレッドリスト[69]））
ナガスクジラは33200頭[30]。
コククジラは26421頭[30]。
ホッキョククジラは11730頭[30]。
ザトウクジラは北西大西洋で11,600、南半球42,000、北太平洋で少なくとも10,000頭[30]。
セミクジラは約7800頭[30]。
ゴンドウクジラは78万頭[30]。
であり、シロナガスクジラやセミクジラは絶滅の危険性が高い。また、クロミンククジラについては増加に度々引き合いに出される76万頭という生息数は下方修正されており、増加の停止が確認されている（後述）。なお種としての生息数が豊富であっても、世界中に生息する種類では生息域によっては系群単位で危機にある場合もあり、そういった事実を鑑みた上で資源管理は地域ごとにおこなわなければならない[70]。
捕鯨に対して、数をコントロールしやすい「家畜」と違い鯨類の捕獲はその減少をコントロールできなくなるという懸念もグリーンピースが主張している[71]。 国連食糧農業機関の2008年報告によれば、海洋水産資源の利用は19%が過剰漁獲、8%が枯渇、1%が枯渇から回復しつつあるとされ、52%が満限利用の状態にあり、20%が適度な利用又は低・未利用の状態とされている[72]。FAO水産委員会の「漁獲能力に関する国際行動計画」に即し水産資源を持続的に利用していくためには、各国による水産資源管理の一層の強化が求められている[72]。 自然保護の観点からは、「人間による捕鯨を含む漁業によって海洋生態系が撹乱されている」という海洋資源の過剰搾取問題がある。捕鯨は、海洋生態系ピラミッドの頂点に立っていた鯨類をバイオマス換算で半分以下まで減らし、その結果海洋生態系はダメージを受けている可能性がある（鯨類の餌としての水産資源消費も鯨類のバイオマス総量に比例して激減していると推測され、鯨類の死体を経由しての生態系ループもまた激減している）。これまでの人類による海洋の過剰搾取を見直す必要がある。この問題は鯨類だけではなく、マグロ（ミナミマグロやタイセイヨウマグロを含む）など特定魚種の集中的漁獲について同様の問題を抱えている。[要出典] また、化学物質汚染などにより海洋生態系の状況の悪化も指摘されており、海洋の利用は抑制に転じるべきであると言う主張がある[要出典]。 日本が電気銛からライフルを中心に切り替える旨を表明し、これを評価する国が多かったため、イギリスなども提案を撤回した[73]。 致死時間の長さの一因について日本鯨類研究所は「年齢測定のために耳垢栓を無傷で入手する必要があり、致命傷を与えうる部位のうち頭部を避けて捕鯨砲を打ち込んでいたため」と説明。
海洋資源の過剰搾取
人道的捕殺