南極海洋生物資源保存条約 ⇒[5]第6条において、同条約のいかなる規定も、国際捕鯨取締条約に基づき有する権利を害し及びこれらの条約に基づき負う義務を免れさせるものではない旨を規定している。
ワシントン条約

絶滅のおそれのある野生動植物の種の国際取引に関する条約（ワシントン条約） ⇒[6]では、付属書�Tにシロナガスクジラ、ザトウクジラ、ミンククジラなどの鯨類を掲載し、これらについては商業目的での貿易並びに海からの持込を禁じている。「海からの持込」規定は、ワシントン条約の適用範囲を、公海での漁獲・捕獲活動に広げる意義を有している。条約案が検討された当初の構想ではクジラ類に対するIWCでの規制が不十分であるとの自国の環境保護団体からの強い突き上げを受け、米国政府が「海からの持込」規定を条約草案に挿入、1973年に開催されたワシントン条約採択会議で強く同条項の盛り込みを求め、この結果挿入された経緯がある[37]。

日本は鯨類に関してミンククジラ、イワシクジラ（北太平洋のものを除く）、ニタリクジラ、ナガスクジラ、イラワジイルカ、マッコウクジラ、アカボウクジラにつき留保を付し、上記鯨種については同条約の適用を免れた[38]。但し留保を付していないザトウクジラと北太平洋に生息するイワシクジラについては、公海上での標本捕獲・持込について、当該持込がされる国の科学当局（日本では水産庁）が、標本[注釈 8]の持込が当該標本に係る種の存続を脅かすこととならないこと、標本が主として商業目的のために使用されるものではないと認める必要がある[注釈 9]。なお、経済的な利益獲得のための活動のみならず、非商業的側面が際立っていると明らかにはいえない利用方法についても「商業目的」と解釈するものとされている[39]。以上から鑑み、日本によるザトウクジラと太平洋イワシクジラ捕獲はワシントン条約の諸規定を侵害する違法行為にあたるとの見解が元ワシントン条約事務局長で国際法学者のピーター・サンド教授により提起されている[40][41][42]。これに対して日本鯨類研究所は、商業目的であるか否かについての判断は締約国に委ねられていると主張している[43]。なおワシントン条約違反行為等に関しては、締約国会議の下に常設委員会が設けられており、同委員会は締約国会合において採択された諸決議に即し、条約違反国に対する貿易制裁を締約国へ勧告する権限を有している[44]。

また、日本では突きん棒などを使用する他の漁業による違法捕鯨（密猟）や定置網などへの「混獲」という状況を利用した意図的な捕獲（疑似的な捕鯨）が行われて絶滅危惧種が狙われる可能性も指摘されており[45]。実際に、セミクジラ[46]・コククジラ[47][48][49]・シロナガスクジラ[50]などの所持販売も禁止されている種類[51]が密猟された可能性のある事例や、肉が市場から発見されたこともある。そして、日本では絶滅危惧種の管轄も環境庁ではなく農林水産省が担っており、鯨類の保護そのものが海外の思想の受け売りとみなされるなど他の自然保護の内容と比べて軽視されてきた[52]。
ボン条約

国家間の領域を跨いだ移動や回遊や渡りを行う生物の保護を目的とする移動性野生動物種の保全に関する条約（ボン条約）では、ミンククジラをはじめとする日本が捕獲対象として見ている種類もすべて保護の対象に指定されている[53]。しかし、2024年現在も日本は未加盟である。
争点

捕鯨を巡る争点を以下、概説する。

一般的に捕鯨と反捕鯨の対立とされる場合も多いが、中立的な立場や、捕鯨自体には賛成するもののその方向性において様々な立場があり、捕鯨と反捕鯨の対立という短絡的な解釈には問題があり[54]、現実の構図はこの一般的理解よりもはるかに複雑であり、問題を単純化、一般化するのは必ずしも容易ではない。
鯨害獣論

1999年の漁業白書によれば、鯨類の餌消費量は2.8 - 5億トンと日本鯨類研究所が推定した[55][56]。大隅清治は1999年の著書で、増えすぎたミンククジラなどの鯨を間引くことは正に一石二鳥の効果をもたらす、としている[57]。

元沿岸小型捕鯨担当の水産庁調査員の関口雄祐によれば、この効果を実現する為には「海洋全体のコントロール」が絶対条件であるものの、80種の鯨類の管理は単一種の生物を管理する牧場や畑とは段違いに難しく、気象や温暖化も完全に予測できない現在の人類には不可能であるとしている[58]。また、大泉宏は確かに鯨類は沢山の餌を食べているが、鯨類の餌生物は必ずしも人類が利用する生物ばかりではない（一例、ナンキョクオキアミは現在では然程大きい漁業ではない）。