その中でも笞打・石抱・海老責は「牢問」、釣責は「（狭義の）拷問」というように区別して呼ばれ、釣責は重い罪状に限って適用された[4]。「牢問」は牢屋敷内の穿鑿所において痛めつける拷問で、まず後ろ手に縛って肩を打つ笞打が行われ、これで自白しない場合には裸で正座させて重い石を置いていく石抱きが行われる。これでも自白しない場合には縄で首と両足首を絞め寄せて体を海老のように曲げる海老責めが行われる。これら「牢問」3つを経ても自白しない場合は狭義の拷問たる釣責が行われる。これは牢屋敷内の拷問蔵において行われ、両手を後ろに縛り、体を宙に釣り上げる物である[3]。

笞打と石抱はかなり頻繁に行われていたが、海老責や釣責まで行くのは稀だったという[3]。釣責めまで行って自白を引き出すことはできなかった場合には幕府の威光に関わるためだったといわれ、その前の笞打と石抱の段階までで自白を引き出すことができるかが役人の手腕とされていたという[3][4]。
キリシタン弾圧の拷問

島原の乱の原因となった松倉勝家が領する島原藩におけるキリシタンに対して行われたとされる拷問は、蓑で巻いた信者に火を付けもがき苦しませた蓑踊りをはじめ、硫黄を混ぜた熱湯を信者に少量注ぐ、信者を水牢に入れて数日間放置、干満のある干潟の中に立てた十字架に被害者を逆磔（さかさはりつけ）にするなどさまざまだった。これはキリスト教の棄教を迫るもので、キリシタンが拷問中に転向する旨を表明した場合、そこで拷問から解放された。拷問の結果棄教したキリシタンが数多く存在しているが、逆に棄教しない場合は死ぬまで拷問が続けられた。
江戸時代の拷問批判

江戸時代の裁判は原則として自白裁判であり、特に死罪以上の重罪の場合、証拠や証人があっても本人が犯行を自供しない限り断罪できなかった。そのため、口を割らない者には拷問をかけて自白を強要することとなり、恐怖と苦痛で虚偽の自白をした者は多いと考えられる[5]。

幕末に処刑された刑死者の埋葬を受け入れてきた回向院の院主である川口厳孝は当時の冤罪について次のように述べている。犯罪死に至るまで甚しからず、あるひは無辜冤罪にして刑戮にかかりし者亦決して少なからずとす彼の幕末の末年に牢死せしとて此原中に埋められし者等には実に聞くに忍びざる憐むべき者、甚だ多かりしなり[6]

冤罪の問題を憂慮し、本居宣長、新宮凉庭が拷問制度の不合理を主張している[7]。

また幕末においては、慶応2年（1866年）の津田真道『泰西国法論』や慶応4年5月4日の神田孝平「西洋諸国公事裁判の事」（中外新聞33号）において既に拷問が廃止された欧州の刑事裁判制度が紹介され、同4年の鈴木唯一訳『英政如何』でも1772年のイギリスにおける拷問制度の改革に言及されている。これらは一部の識者の共感を得たとみられるが、拷問制度改革には至らなかった[8]。
近代

明治初期にも拷問制度が残置され、1870年（明治3年）の新律綱領に杖による拷問が規定され、1873年（明治6年）の改定律例は断罪には自白が必要と定められた[4]。

これに対し、1871年（明治4年）に司法省お雇外国人ボアソナードが同省構内における拷問を目撃したことからその後大木喬任司法卿に拷問廃止の建白書を提出、さらに1874年（明治7年）に前述の津田真道が本格的な拷問廃止論を展開、両者ともに無実者を出す弊害を指摘し、またその廃止が不平等条約改正の必要条件と主張。津田の『拷問論』はその2ヵ月後に司法省布達による拷問の届出制を採用させる程度の影響に終わった一方、ボアソナードは当時司法への影響力が高かったことから重視され、最終的に拷問禁止に結びついている[9]。

1876年（明治9年）の太政官布告では断罪は証拠によることと定められた[4][3]。そして1879年（明治12年）の太政官布告によって日本史上初めて拷問制度は公式に廃止された[4][3]。さらに刑法によって警察官による拷問は職権乱用罪の一類型として処罰対象になった（刑法195条）[4]。

しかし警察署内の現場では、取り調べ警察官による拷問事件が断続的に発生した[4]。有名な拷問被害者として社会運動家の岩田義道、作家の小林多喜二がいる。第二次世界大戦中の1942年に起きた横浜事件では、雑誌編集者らに対し拷問を与え3名が獄死した。ちなみに、こちらの事件で拷問を行った警察官は有罪となった[注釈 3]。また、1944年に発生した首なし事件では、警察官が拷問で採炭業者の男性を死亡させたが、正木ひろしが告発を行い、戦後になって拷問を行った巡査部長に有罪判決が下っている。
現代

日本敗戦後のGHQ統治下でも、警察が拷問による自白を多数強要していたが、サンフランシスコ講和条約後の1952年（昭和27年）に、それまで行われた逮捕者をもう一度調べ、拷問による自白の者については再審判が行われた。