選考委員：荒俣宏、石上三登志、いしかわじゅん、印口崇、呉智英、里中満智子、J・ベルント、関川夏央、竹内オサム、藤本由香里、[細萱敦、水野英子、村上知彦、夢枕獏、米澤嘉博
第5回（2001年）
マンガ大賞：岡野玲子、原作：夢枕獏 『陰陽師』
マンガ優秀賞：しりあがり寿 『弥次喜多 in DEEP』
特別賞：丸山昭（トキワ荘に集った多くの作家を育てた功績に対して）
最終選考結果（得点）：岡野玲子、原作/夢枕獏『陰陽師』（64点）、しりあがり寿『弥次喜多 in DEEP』（61点）、井上雄彦、原作/吉川英治『バガボンド』（56点）、三浦建太郎『ベルセルク』（43点）、大島弓子『グーグーだって猫である』（39点）、尾田栄一郎『ONE PIECE』（28点）
備考：1次選考で最多得票を得ていた花輪和一（『刑務所の中』）がノミネートを辞退している。
選考委員：荒俣宏、石上三登志、いしかわじゅん、大月隆寛、岡田斗司夫、印口崇、唐沢俊一、呉智英、小松左京、斉藤由貴、里中満智子、三代目魚武濱田成夫、鈴木光司、関川夏央、高橋源一郎、タケカワユキヒデ、鶴見済、長谷邦夫、荷宮和子、古川益蔵、フレデリック・ショット、村上知彦、夢枕獏、養老孟司、米澤嘉博
第6回（2002年）
マンガ大賞：井上雄彦 『バガボンド』
マンガ優秀賞：三浦建太郎 『ベルセルク』
特別賞：なし
最終選考結果（得点）：井上雄彦、原作/吉川英治『バガボンド』（63点）、三浦建太郎『ベルセルク」（57点）、小畑健、原作/ほったゆみ『ヒカルの碁』（53点）、新井英樹『ザ・ワールド・イズ・マイン』（47点）、清水玲子『秘密-トップシークレット-』（45点）、尾田栄一郎『ONE PIECE』（40点）
選考委員：荒俣宏、石上三登志、いしかわじゅん、印口崇、呉智英、里中満智子、関川夏央、ジャクリーヌ・ベルント、竹内オサム、細萱敦、藤本由香里、水野英子、村上知彦、夢枕獏、米澤嘉博
第7回（2003年）
マンガ大賞：高野文子 『黄色い本 ジャック・チボーという名の友人』
新生賞：小畑健、原作：ほったゆみ 『ヒカルの碁』
短編賞：いしいひさいち （『現代思想の遭難者たち』『ののちゃん』など一連の作品に対して）
特別賞：水木しげる（独創的な画業と長年の活躍に対して）
一次選考結果（得点）：高野文子『黄色い本』（26点）、佐藤秀峰『ブラックジャックによろしく』（15点）、小畑健、原作/ほったゆみ『ヒカルの碁』（14点）、今市子『百鬼夜行抄』（7点）、みなもと太郎『風雲児たち 幕末編』（7点）、大島弓子『グーグーだって猫である』（6点）、いしいひさいち『現代思想の遭難者たち』（5点）、たなか亜希夫、原作/橋本以蔵『軍鶏』（5点）
備考：この回より最終選考が合議制となる。また優秀賞が廃止され短編賞と新生賞が新たに設けられた。
選考委員：荒俣宏、いしかわじゅん、香山リカ、呉智英、清水勲、関川夏央、マット・ソーン、萩尾望都
第8回（2004年）
マンガ大賞：岡崎京子 『ヘルタースケルター』
新生賞：もりもと崇 『難波鉦異本（なにわどらいほん）』
短編賞：秋月りす 『OL進化論』など一連の作品
特別賞：みなもと太郎 （歴史マンガの新境地開拓とマンガ文化への貢献に対して）
一次選考結果（得点）：佐藤秀峰『ブラックジャックによろしく』（22点）、岡崎京子『ヘルタースケルター』（13点）、矢沢あい『NANA』（10点）、みなもと太郎『風雲児たち 幕末編』（8点）、福島聡『少年少女』（5点）、荒川弘『鋼の錬金術師』（5点）、羽海野チカ『ハチミツとクローバー』（5点）、山岸凉子『舞姫 テレプシコーラ』（5点）、すずき大和『まんが紀行 奥の細道』（5点）
備考：一次選考で最多得票を得ていた佐藤秀峰（『ブラックジャックによろしく』）がノミネートを辞退している。また大賞受賞作『ヘルタースケルター』は作品の発表（雑誌掲載）自体は10年ほど前である。
選考委員：荒俣宏、いしかわじゅん、香山リカ、呉智英、清水勲、関川夏央、マット・ソーン、萩尾望都
第9回（2005年）川崎市市民ミュージアム（2005年度特別賞）
マンガ大賞：浦沢直樹、原作/手塚治虫 『PLUTO（プルートウ）』
新生賞：こうの史代 『夕凪の街 桜の国』
短編賞：西原理恵子 『毎日かあさん』『上京ものがたり』
特別賞：川崎市市民ミュージアム （江戸から現代までのマンガ作品・資料の収集および企画展示などに対して）
一次選考結果（得点）：浦沢直樹、原作/手塚治虫『PLUTO』（24点）、岩明均『ヒストリエ』（15点）、近藤ようこ『水鏡綺譚』（11点）、二ノ宮知子『のだめカンタービレ』（7点）、山岸凉子『舞姫 テレプシコーラ』（7点）、こうの史代『夕凪の町 桜の国』（6点）、小田扉『団地ともお』（5点）、今市子『百鬼夜行抄』（5点）、井上雄彦『リアル』（5点）
