旧虫プロの倒産以後は、手塚プロダクションは独自に手塚漫画作品を原作とするアニメ作品を制作するようになった。後に人材リソースを活用するため日本国内他社が制作する作品のグロス請けを受注するなど、一般的なアニメ制作プロダクションとしての事業も行うようになった。2007年以降からは旧虫プロの出身者が多く居て人的な係わり合いのあるマッドハウス作品制作への協力も行っている。

漫画制作のために設立された経緯から漫画部が存在していたが、手塚の没後、元アシスタントの伴俊男による伝記漫画『手塚治虫物語』（『アサヒグラフ』1989年8月25日号から1991年7月26日号まで連載、1992年刊）の制作を経て、1992年5月に漫画部は解散した[5]。
主な作品
テレビアニメ

開始年放送期間タイトル監督アニメーション
プロデューサー備考
1971年10月 - 1972年3月ふしぎなメルモ永樹凡人
正延宏三N/A
1980年10月 - 1981年12月鉄腕アトム（第2作）石黒昇
1989年4月 - 1990年3月青いブリンク手塚治虫（総）
原征太郎松谷孝征
由井正俊
10月 - 1990年10月ジャングル大帝（リメイク版）宇井孝司勝田稔男
1990年10月 - 1991年9月三つ目がとおるうえだひでひとN/A
1991年7月 - 1992年5月おにいさまへ…出崎統永山邦明
1997年4月 - 5月手塚治虫の旧約聖書物語N/A
4月 - 1999年5月白鯨伝説第19話以降
2003年4月 - 2004年3月ASTRO BOY 鉄腕アトム小中和哉
2004年4月 - 6月火の鳥高橋良輔
10月 - 2006年7月ブラック・ジャック手塚眞大石光明
大澤宏志
2006年4月 - 9月ブラック・ジャック21
2007年10月 - 2008年3月もっけ西田正義宇田川純男
橋本信太郎共同制作：マッドハウス
2009年1月 - 3月源氏物語千年紀 Genji出崎統橋本信太郎共同制作：トムス・エンタテインメント
2012年4月 - 6月坂道のアポロン渡辺信一郎宇田川純男共同制作：MAPPA
2014年3月 - 4月ろぼっとアトム手塚眞（総）
西田正義N/A共同制作：チャンネルズTV
2015年1月 - 3月戦国無双於地紘仁橋本信太郎共同制作：TYOアニメーションズ
10月 - 12月ヤングブラック・ジャック加瀬充子N/A
2018年1月 - 3月だがしかし2桑原智宇田川純男
大澤宏志設定協力：feel.[注 1]
2019年1月 - 6月どろろ古橋一浩松永理人[注 2]共同制作：MAPPA
1月 - 3月五等分の花嫁桑原智宇田川純男
大澤宏志
臨死!!江古田ちゃん高橋良輔別府洋一[注 3]第6話担当
2020年10月 - 12月安達としまむら桑原智宇田川純男
2021年4月 - 6月異世界魔王と召喚少女の奴隷魔術Ω大澤宏志共同制作：オクルトノボル
7月 - 9月カノジョも彼女
10月 - 12月MUTEKING THE Dancing HERO高橋良輔（総）
サトウユーゾー武藤貴彦共同制作：タツノコプロ
2022年4月 - 7月魔法使い黎明期桑原智大澤宏志
10月 - 2023年9月まめきちまめこニートの日常
2023年1月 - 3月ツンデレ悪役令嬢リーゼロッテと実況の遠藤くんと解説の小林さん吉村文宏大石光明
4月 - 6月マイホームヒーロー亀井隆宇田川純男
神山翔太郎
女神のカフェテラス桑原智大澤宏志