現在では、出生（親と生年月日）、氏名、婚姻（配偶者）、子・養子縁組、国籍の離脱等の個人の関係（法的に「身分関係」と呼ぶが差別的な意味ではない、以下同様。）を明確にするものとなっている。婚姻・離婚の届出や日本国旅券（パスポート）の発行にかかわるほか、親族の関係を証明する唯一の手段として相続人の特定にも活用される[16]。「日本における結婚」も参照
利点と欠点

大前提として、よほど手の込んだ不正の無い限り、「出生から死亡までの履歴」が記録され、住民基本台帳制度との連携により、戸籍の附票を閲覧すれば転居の履歴が判明し、市町村名までの出生地は、移記すべき事項と定められているので本人であることの真正性が確実であり、転籍や分籍をした後の戸籍にも記載され、相続などの手続きの際に取るべき手順が明確である。

婚姻や本籍の移転により新戸籍が作られるシステムでは、婚姻や相続の際に、一つの戸籍だけでなく何重にも遡り各地の戸籍を取得しないと、婚姻歴や子の有無が分からないことがあり、一つの戸籍でその者の出生から婚姻・離婚、死亡まで網羅される個人編纂のシステムと比べると不便であると言われているが、個人番号（マイナンバー）制度の導入により、この問題は将来的に解決するとされる[注 2]。

戸籍謄本の身分事項【従前戸籍】（「前の本籍地」ではなく「前の戸籍」）は、前に記載されていた戸籍の筆頭者（婚姻または分籍により新たに戸籍を編製した場合は親、離婚により新たに戸籍を編製した場合は前配偶者。）と本籍地が記載される。転籍歴の記載は無い（戸籍事項・戸籍改製【改製事由】平成6年法務省令第51号附則第2条第1項による改製）。

現行制度では外国人（日本国外の外国籍者）と結婚しない限り夫婦別姓が不可能なため、一方の者は結婚前まで使い続けていた名字が公的証明で通用しない。そのため、選択的夫婦別姓制度の導入を望む声が近年増加している[17]。

日本の戸籍法により出生後14日以内に氏名と性別を登録する義務を親権者は負うが、性分化疾患などにより出生時の段階で性別の診断が確定しない場合は、医師の診断書を添えれば生後14日以降でも性別留保ができる。詳細は「性同一性障害者の性別の取扱いの特例に関する法律」を参照

性同一性障害当事者で、性別の移行手術をした者は、戸籍上の性別と自身の術後の身体の状態が一致せず日常生活で混乱が起きることがある。従来は性別の変更が認められてこなかったが、2003年に性同一性障害特例法が成立し、2004年に施行した。申し立てを行い、必須要件を満たし第二項の要件を踏まえて厚生労働省の定める2人以上の医師の診断書と出生から全ての戸籍謄本及び本人の申し立て書などの受理により裁判官が全ての要件等を満たしたと判断されれば、従前の戸籍は残るが除籍され新たに性別を変更できるようになった。

現在では世界的に戸籍制度のような血縁・婚姻単位の国民登録制度を持つ国は少数派であり、主要国等では日本、中華民国（台湾）のみである。第二次世界大戦後に家制度は廃止されたが、戸籍制度は残ったために、地方自治体にも国民にも、住民登録との重複業務となっている部分もある。

"夫婦別姓の解禁論"などの理由から、戸籍制度の廃止を提唱する者もいる（橋下徹[18]ら）。

戦前の戸籍謄本は手書きだったが、枠内に収めるため小さな字や略字を多用することから判読が困難であり、同じく手書きだった登記簿謄本と共に行政手続に支障があった[19]。2022年、凸版印刷は人工知能を利用し戸籍謄本や登記簿謄本の手書き文字を判別するシステムを開発した[19]。
無戸籍者問題

離婚後300日以内に生まれた子を前夫の子とみなす嫡出推定（民法772条）や、夫や元夫からの追跡や暴力を避けるために母親が出生届を出さなかったなどのために戸籍がない無戸籍者がいる。法務省が把握しているのは838人（2021年5月10日時点）、「民法772条による無戸籍児家族の会」は1万人以上と推定している。戸籍を得るためには家庭裁判所で就籍許可を得て、就籍届を市区町村に提出する。裁判・調停となるケースも年3000件程度あるが、嫡出推定などが障害となり500件程度は認められない傾向が続いている[20]。

無戸籍であっても出生証明書や住民票は取得でき、住民票に基づく権利や行政サービス（義務教育など）を受けられる。ただし、婚姻届や旅券（パスポート）取得はできない。責められるような違法行為だと思い込み、困窮しても自治体に相談せず、餓死に追い込まれた例もある。このため、無戸籍者を含む孤立・困窮世帯の把握や相談対応を強化する自治体もあるほか、法務省は再婚後に生まれた子供は再婚した夫の子とする法改正の準備を進めている[20]。

母親が匿名で出産し子供に名前を伝えない「内密出産」の場合、出生届は母親の欄が空欄として提出されるが、法務省では、「一般論として出生届の母親の欄が空欄だとしても、日本国籍だと認められれば戸籍に記載する」との見解を表明している[21]。
内容戸籍謄本
戸籍簿を電算化していない自治体のもの戸籍全部事項証明書
戸籍記録を電算化している自治体のもの

戸籍簿は、日本国籍を有する者のほとんどについて男女の性別、氏名や生年月日などの基本情報と、婚姻などの事跡が記載されており、行政事務で極めて重要な役割を持っている。戸籍は日本国籍を有する者の身分関係を証明する唯一無二の公的証書である。戸籍は和紙に印刷してあるが、以前は枠以外は手書きで書くか、和文タイプライターにより記入されていた。

戸籍簿は、一人もしくは2世代を最大とする複数人の生年月日・死亡年月日、性別、氏名、続柄（血縁関係）、婚姻歴・離婚歴、養子縁組歴などの情報が記載されており、戸籍の附票は現住所と転居履歴が記載されている。

この戸籍簿と同一の記録事項を、一定条件のもとで請求があれば、戸籍簿を管理している自治体（本籍地を所轄する自治体）が公的証明書類として発行する。戸籍簿の電算化が行われる以前は戸籍簿のコピー（コピー機の導入以前は手書きによる写し）に自治体の長の公印が押印されたものが発行される、そしてこれを「戸籍謄本」という。電算化が行われて以後は、戸籍簿と同一の記録事項を出力印字して自治体の長の公印が押印された書類が発行される、そしてこれを「全部事項証明書」という。戸籍謄本および全部事項証明書は戸籍簿に登録されている全員の記録事項が記載されるが、特定の一人のみ抽出して記載した書類をそれぞれ「戸籍抄本」「個人事項証明書」という。

日本の戸籍は日本国籍を有する人物のみが記載され、外国籍の者は、日本国籍を有する者の配偶者や父母としてのみの記載がされる。住民基本台帳は記載されているが戸籍は記載されていない人物（住民票及び個人番号がある無戸籍者）も存在し得る。

なお、皇室を構成する天皇・上皇・皇族[注 3]は一般国民のような戸籍を持たず、天皇・上皇・皇族の身分に関する事項は「皇統譜」（こうとうふ）に登録される[22]。皇室典範の規定により皇族の身分を離れた者については、皇統譜にその旨が記載され、法律の規定に基づき新たな戸籍が編製されるか既存の戸籍に編入される。一方で、婚姻により非皇族から皇族になった者は戸籍から除かれる[23]。

天皇・上皇・皇族には戸籍法が適用されないため、住民基本台帳法も適用されない[24]。つまり、天皇・上皇・皇族には戸籍も住民票もない[注 4]。
戸籍の届出の種類

本人の本籍地または届出人所在地でしなければならない。（第25条）


書面または口頭ですることができる。（第27条）※実務では、口頭届け出を受け付けることはまず無く、書面を要求される。口頭の場合は、調書を役人が作らねばならず、面倒だからである。

出生届（戸籍法第49条の届）
子が出生したときに14日以内に提出する届出である。医師等による出生証明書を添付する（一般的にA3判の用紙の右半分に欄が設けられている）。
婚姻届（戸籍法第74条の届）
婚姻（結婚）をする場合に必要な届出である。証人２名の署名押印が必要。
離婚届（戸籍法第76条の届）
離婚をする場合に届ける。筆頭者でない側（配偶者）が、戸籍を抜けることになる。協議離婚と裁判離婚（調停、審判、訴訟）との2種類がある。
死亡届（戸籍法第86条の届）
死亡を知ってから7日以内に届ける。死亡診断書または死体検案書の添付が必要である（一般的にA3判の用紙の右半分に欄が設けられている）。身元不明で引取者がいない場合（いわゆる行き倒れ）は行旅死亡人といわれ、引取り人を探すために市区町村長名での公告が官報に掲載される。
認知届（戸籍法第60条の届）
（主に男性が）生物学的な自分の非嫡出子を法的な自分の実子とするための届出である。子の母が別の男性と結婚している場合、子はその夫婦の嫡出子となる（離婚後300日以内の出産の場合を除く）ので、嫡出否認もしくは親子関係不存在の訴えが認められるまで認知できない。
養子縁組届（戸籍法第66条の届）