単式ホーム1面1線と島式ホーム2面4線、計3面5線のホームを有する地上駅。4番線はホームの無い通過線（3・5番線の間にある）となっている。駅構内には複数の留置線を持ち、夜間などを中心に車両が留置される他、保線用施設もある。

成田線はCTC線区であるが、当駅は運転取扱駅であり信号制御は信号扱所にて行っている。1 - 3番線は千葉方がカーブしているため、1番線は上下7両以上、2番線は下り9両以上、3番線は下り13両以上の列車は駅員による乗降終了合図が行われる。駅員はITVにて乗降状況を確認し、上り列車は手旗または合図灯にて、下り列車は閉扉時機合図器にて合図を出す。

コンコースは橋上となっており、成田山新勝寺側の東口と成田ニュータウン側の西口を連絡する自由通路がある。

直営駅であり、管理駅として本線久住駅・滑河駅・下総神崎駅、我孫子支線安食駅・下総松崎駅を管理している。また、当駅駅長は成田統括センターの所長も兼務している。駅舎内には、自動改札機、話せる指定席券売機、指定席券売機（初電 - 23時55分）が設置されている。

東口側の駅舎は1979年4月に完成したもので、デザインは成田山新勝寺に象徴される信仰の町と国際色豊かな新空港を踏まえて、社寺建築風の表現にモダンさを取り入れている。具体的には神社風の趣を出すために軒桁高を高く、屋根庇を大きく張出し緩やかなアールを持たせ、柱はエビ茶、壁には鉄砲狭間を思わせる縦長スリットを入れ白色とし、色調にコントラストを持たせたものとしている。当初建設時は、正月波動の著しさに合わせ波動用券売機、精算窓口、臨時集札口設備が設けられていた。

西口は、成田ニュータウンの造成や西口土地区画整理事業に合わせ自由通路設置の要望があり、1979年に出来た自由通路及び階段により出入り出来るようになった。自由通路工事までは取付道路も無い湿原地であったため、成田市が道路を先行して施工し、工事用道路として使用して工期内に施工が完了した[9]。西口1・2階部分は成田市営「JR成田駅西口駐輪場」（有料）となっており、1986年4月に完成した。西口へ繋がる自由通路の橋梁部分からは成田市が管理している。

2008年から2009年春にかけて駅構内の大規模リニューアルを行い、団体専用改札や自動券売機が数台撤去された一方で改札内外に冷暖房完備の待合室が設置された他、指定席券売機の設置やみどりの窓口・びゅうプラザの移設・一体化が実施された。なお、現在みどりの窓口・びゅうプラザは既に営業を終了している。

改札口から各ホームへは、階段、エスカレーター、エレベーターで連絡している。東口には階段は無いが、西口の場合階段があるため、エレベーターが設置されている。供用時間は6 - 22時であり、自転車・オートバイは不可。改札口は幅広の通路が1ヶ所あり、構内及び東口には多機能トイレも設置されている。なお、5・6番線ホーム南側のトイレは職員用である。

その他、改札外連絡通路にビューアルッテ（ATM）のほか、JR東日本クロスステーションが運営するNewDays（コンビニエンスストア）・いろり庵きらくそば（そば・うどん店）・TOKYO豚骨BASE MADE by 一風堂（ラーメン店）が、東口に成田駅前観光案内所、コインロッカー、公衆トイレが設置されている。

なお、Suica専用グリーン券券売機はホーム上には無く、改札内脇の自動精算機横に設置されている。
のりば

番線路線通称方向行先備考
1・2■ 成田線本線上り千葉・東京方面[10]一部は3・5番線
3空港支線 成田空港方面[10]一部は1・5番線
5■成田線本線下り銚子・鹿島神宮方面[10]一部は2・3番線
6我孫子支線我孫子・上野・品川方面[10]


成田空港駅から直通する快速は1番線、千葉方面普通列車は2番線を使用することが多い。

毎年1月には「成田臨」と呼ばれる当駅発着の初詣臨時列車や団体専用列車が多数発着する他、正月3が日には「成田エクスプレス」の一部が臨時停車する。

大晦日から元日にかけて2番線に待合室用電車が停車する。2007年から2013年3月までは211系電車5両編成が停車し、半自動ドア機能が使用されていた。

運転番線営業番線ホーム我孫子方面着発佐原方面着発成田空港方面着発千葉方面着発電留線着発備考
1115両分不可到着・出発可到着・出発可到着・出発可不可
2211両分不可到着・出発可到着・出発可到着・出発可一部入出区可上り主本線
3315両分到着・出発可到着・出発可到着・出発可到着・出発可一部入出区可
4ホームなし到着・出発可到着・出発可到着・出発可到着・出発可一部入出区可下り主本線
5510両分到着・出発可到着・出発可到着・出発可到着・出発可入出区可
6610両分到着・出発可不可不可到着・出発可入出区可
7ホームなし到着・出発可不可不可不可不可主に保守用車で使用


主本線を発着する場合は通過が可能（我孫子方面は不可）[11]。

当駅から成田線（佐原方面）と空港支線の分岐点（成田空港高速鉄道線起点）付近までの約2 kmの区間は、複線のように使用され、ここで行き違いすることがある。当駅から分岐点に向かって、左側の線路は上り・下り共用、右側は1・2番線に到着する上り専用。単線並列#双単線も参照。

電留線とホーム番線とは、入出区可能な番線が限られる（例：2・3番線は南入換線のみ可能。電留1番 - 電留6番線は不可）[11]。

夜間には、1・3・6番線や、酒々井寄りにある留置線（電留1番 - 電留6番、南入換線）に総武快速線用車両や我孫子支線用車両、普通列車が留置される[11]。


改札口（2021年5月）

1番線ホーム（2021年5月）

2・3番線ホーム（2021年5月）

5・6番線ホーム（2021年5月）

発車メロディ

以前は東洋メディアリンクス製で統一されていたが、現在では1 - 3・5番線がスイッチ製、6番線が制作会社不明のものに変更されている。

2014年7月1日からの発車メロディ1スイッチ製うなりくん なう![6]
2窓の花飾り
3スイートコール
5フラワーショップ
6制作会社不明旅立ちB

駅弁

かつては地元の「桑原」が製造した駅弁が販売されていたが、2003年3月31日限りで構内営業から撤退した。店舗は3番線ホーム久住駅寄りにあった。

その後、土曜・休日や正月などに千葉駅で駅弁を販売している万葉軒が出張販売していたこともあったが、現在では駅弁販売は無い。

主な販売品目

とんかつ弁当

五色弁当

鶏御飯弁当


利用状況