以下の航空会社がこの空港を本拠空港もしくはハブ空港（拠点空港）としている。
旅客


日本航空

全日本空輸

エアージャパン

ZIPAIR Tokyo

ジェットスター・ジャパン

スプリング・ジャパン

Peach Aviation

貨物


日本貨物航空

全日本空輸

日本航空

また、ユナイテッド航空は主要空港としてハブ空港ほどの規模にはならないものの、東京国際空港とともに日本における重要な空港とされている[135]。
就航路線

プロジェクト‐ノート:空港・飛行場/スタイルマニュアルに、このページに関する議論があります。（2023年9月）
議論の要約：{{空港就航地}}を用いた就航航空会社、就航先の表記フォーマットの統一


臨時便、不定期便、チャーター便のみの就航会社を除く。

太字は同空港をハブ空港にしている航空会社。

( )内の記号は、最初が航空会社コード、2つ目が航空連合（アライアンス）。

2つ目の( )がない航空会社はアライアンスに加盟していない航空会社となっている。

下記の記号は右記のとおり。（OW）：ワンワールド、（ST）：スカイチーム、（SA）：スターアライアンス

すでにアライアンスへの加盟手続きを行った航空会社については加盟予定と記述。



語末の★は、格安航空会社（LCC）。

新型コロナウイルス感染症やロシアのウクライナ侵攻の影響により、長期運休となっている路線もある。詳細は航空各社のホームページを参照。

国際線

国際線の発着便数、乗り入れ航空会社数とともに日本最大規模を誇り、近年も新規乗り入れを行う航空会社が後を絶たない。旅客ターミナルは基本的に航空連合別に分かれており、第1ターミナル北ウイングはスカイチーム加盟各社、第1ターミナル南ウイングはスターアライアンス加盟各社、第2ターミナルはワンワールド加盟各社がそれぞれ中心になって使用している。ただしスカイチーム所属では中国東方航空、チャイナエアラインが第2ターミナル、スターアライアンス所属ではエア・インディアが第2ターミナルを使用するなど例外もある。なお、第3ターミナルは格安航空会社（LCC）の専用ターミナルとなっている。
第1ターミナル
北ウイング

航空会社就航地
ZIPAIR Tokyo (ZG)★ （東アジア）ソウル/仁川
（東南アジア）マニラ、バンコク/スワンナプーム、シンガポール
（北米）ロサンゼルス、サンフランシスコ、サンノゼ、バンクーバー
（太平洋）ホノルル
Peach Aviation (MM)★ 台北/桃園
大韓航空 (KE)(ST) ソウル/仁川、釜山、済州（2024年7月19日より運航再開予定）
ジンエアー (LJ)★ ソウル/仁川、釜山
中国南方航空 (CZ) 上海/浦東、広州、大連、長春、瀋陽、ハルビン
厦門航空 (MF)(ST) 福州、厦門
四川航空 (3U) 成都/天府
香港航空 (HX) 香港
アエロ・モンゴリア (M0) ウランバートル
ロイヤルブルネイ航空 (BI) バンダルスリブガワン
ベトナム航空 (VN)(ST) ハノイ、ホーチミンシティ、ダナン
タイ・ライオン・エア (SL)★ 台北/桃園、バンコク/ドンムアン（台北/桃園経由）
ビーマン・バングラデシュ航空 (BG) ダッカ
ガルーダ・インドネシア航空 (GA)(ST) デンパサール（マナド経由便あり）、マナド