アフィリエイトにおいて報酬が発生する原因、成果地点は主にクリック報酬とアクション報酬の2つに大別される。「アドネットワーク」も参照
クリック報酬

クリック報酬型広告とは、その名の通りバナーやテキストリンク等のアフィリエイトタグのクリックされた回数によって報酬が決まる。

クリック報酬型広告は基本、単純にクリックされた回数が増えるほど、報酬が増えるが、これはミスクリックや誤タップでもよい。そのため、全画面がクリック対象となるような「悪質なクリック誘導」を伴う侵入型広告ないしオーバーレイ広告が採用されることも少なくない。

クリック報酬型広告を掲載するウェブページは、しばしば広告をクリックさせることが主目的となり、そのページの内容自体は、いわばクリックさせるためのエサに過ぎない場合もある。この場合、ページの内容を邪魔したり、そもそもページの内容が乏しかったりする。

こうして、広告の掲載者がクリック回数を増やすために、広告の閲覧者にとって煩わしく感じるような広告の掲載方法をとる場合、その不快な広告手法によって逆ハロー効果を引き起こし、負の宣伝効果が表れることも少なくない。しかし、そもそも逆の宣伝効果により傷つくブランドがない場合、あるいは「とにかく、良くも悪くも話題に上がりさえすればよい」場合ば、時に炎上商法となることも前提に、インターネット上の様々なページにその名前が表示されることを狙ってこの手法がとられることもある。「クリック報酬型広告」および「バナー#広告としてのバナー」も参照
アクション報酬

アクション報酬型広告とは、広告出稿者が任意に設定した成果地点によって報酬が決まる。

アクション報酬型広告は、うまく成果地点を設定することにより、広告の掲載者が過剰に広告を掲載する意味をなくすことができる。その結果として、逆ハロー効果を引き起こす執拗な広告の表示方法を減少させることが期待できる。
オプトインアフィリエイト

オプトインアフィリエイト（英: Opt-in affiliate）とは、その名の通り「オプトインを主体としたアフィリエイト手法」の事を指す。この場合の「オプトイン」とは、メールマガジンを送信する前に、事前に受診者に対して許可を得る事、またはその手続きを意味する[8]。主に有料の商品の販促を目的とする「アフェリエイト」に対し、一般的に無料のメールマガジンのサブスクリプション勧誘を目的とする点が特徴的な手段である。

報酬を決定するオプトインのために、SNSにおいて、詐欺、あるいはウソ情報による誘導を目的とした、いわゆる「お金配り一般人」アカウントが少なくない。特に新型コロナ騒動以降、現金給付に似せて、Twitterなど「余命が短いため現金を配る」、あるいは単に「お金余ってるので配ります」などの文言で誘導し、送金のためにメールアドレスを要求したりすることで、メールマガジンを大量に送信するケースがある[9]。
問題点

アフィリエイトは商品情報を伝達する優れたシステムである一方で、いくつかの問題を抱えている。アフィリエイターが表示物を作成掲載して報酬を得る仕組みのため、広告主による直接の管理が行き届きにくい、虚偽誇大広告が行われるインセンティブが働きやすい、消費者にアフィリエイト広告であるか否かが外見上判別できない場合があるといった点である[10]。
検索サイト関連

販売収益の一定割合がアフィリエイト側の収益となることが、大げさまたは不正確な表現を用いて購買を促す誘因となりうることも問題をはらんでいる。現実にアフィリエイトを行うサイトが無数に存在することや、その媒体がブログなど入れ替わりが早いものが中心であることから、明らかな詐欺や医薬品医療機器等法違反などがあった場合にもその取締りは困難である。このような問題点に対し、業界団体である日本アフィリエイト・サービス協会はガイドラインを出し[11]、適切なアフィリエイトプログラムの運用を呼びかけている。

検索エンジンサイト各社では、コンピュータプログラムにより作成された、内容に意味の無い文章だけのアフィリエイト広告を表示するためだけのウェブサイトや、プログラムを利用した単語の繰り返し、アフィリエイト広告だけが載っているようなウェブページを検索エンジン最適化により、意図的に弾く仕組みを構築している。

コンピュータプログラムにより作られた、内容に意味のない文章だけのブログもあり、それらは「スパムブログ」、または「スプログ」などと呼ばれている。このスプログは、ウェブ制作を簡易にするツールが販売されており、1ユーザで幾重ものスプログが作られるようになり、物量で収入を稼ぐ悪質なケースに陥っている。

検索エンジンのGoogleでは、アフィリエイトを行っているからといって、サイトをGoogle検索エンジンのインデックス（登録）から弾くことはないが、内容のないスパムブログ等は検索エンジンにインデックスしないと公式に表明している[12]。
詐欺的サイトへの誘導関連