現在の恵那市は、旧・恵那市と恵南の町村が合併した姿であり、市街地はそれぞれの旧市町村中心地に分散しているが、事実上の市の中心部は旧恵那市の市街地である大井町および長島町であるといえる。市役所をはじめ市の行政機関や、市の代表駅であり乗降客が最も多いJR東海恵那駅、大型ショッピングセンターや金融機関、中央自動車道恵那インターチェンジも大井町・長島町に位置している。
地域恵那市中心部周辺の空中写真。1976年撮影の2枚を合成作成。国土交通省 国土地理院 地図・空中写真閲覧サービスの空中写真を基に作成。恵那市地域図（2018年1月現在）。「恵那市の地名」も参照
旧恵那市地域（1954年の合併時に恵那市域となった地域）

大井町（おおいちょう）：中山道大井宿に由来する恵那市の中心市街地。恵那市の行政・商業・教育などあらゆる分野の中心となっている。東部・北部で中津川市と接している。

長島町（おさしまちょう）：大井町に隣接して共に恵那市の中心市街地を形成している。現在も住宅地・商業地として発展している。

東野（ひがしの）：大井町の南に位置し、旧市域の南端。後述の岩村町と中津川市に接している。比較的平坦な田園地帯だが旧岩村町、中津川市との境界は山がちで、根ノ上高原や阿木川ダムを擁している。明知鉄道の沿線。

三郷町（みさとちょう）：長島町の西、武並町の南に位置し、後述の山岡町と瑞浪市に接している。概ねなだらかな丘陵地勢で、田園が広がる。

武並町（たけなみちょう）：市の西部に位置し、瑞浪市と接している。のどかな田園地帯が広がる竹折地区と、北部で木曽川に接する山がちな藤地区からなる。中央本線武並駅や中央自動車道、国道19号線、国道418号線が通っており通過交通量が多い。

笠置町（かさぎちょう）：木曽川の北岸に位置し、笠置山の南麓に散在する「姫栗（ひめぐり）」「河合（かわい）」及び「毛呂窪（けろくぼ）」という3つの集落により形成される。中津川市に接している。

中野方町（なかのほうちょう）：木曽川北岸、恵那市最北部に位置する地区。笠置山の西北麓に位置し、中野方川に沿った東西に長い盆地内に集落を形成している。日本棚田百選の一つ坂折棚田がある。白川町、中津川市と接している。

飯地町（いいじちょう）：木曽川の北岸、市の北西部に位置する。恵那市への合併前は加茂郡に属していた。町域は中野方川に沿って西北?南東方向に走る赤河断層崖の連なりによって他地区から隔絶された山上にあり「飯地高原」とも呼ばれる。商業地はなく、目だった観光資源も地区人口も通過交通も少ないひっそりとした山里である。八百津町、白川町と接している。

恵南地域（2004年の合併時に恵那市域となった地域）

岩村町（いわむらちょう）：旧・岩村町。東野の南に位置する。鎌倉時代に築城された岩村城の城下町で、江戸時代には岩村藩が置かれ、かつては商業の中心地として賑わった。岩村町本通りの歴史ある町並みは平成10年（1998年）国の重要伝統的建造物群保存地区として選定され観光業に力を入れている。特に朝ドラ『半分、青い。』の主要ロケ地になった2018年は前年比5倍の観光客で賑わった [2]。明知鉄道の沿線。

山岡町（やまおかちょう）：旧・山岡町。岩村町の西に位置する。冬期の乾燥した気候を生かした寒天製造が盛んで、細寒天の生産量は日本一。良質の陶土を産することでも知られる。西部で瑞浪市と接し、市境に小里川ダムがある。明知鉄道の沿線。

明智町（あけちちょう）：旧・明智町。山岡町の南に位置する。中馬脇街道の宿場町で、大正時代に生糸産業の集積地として発展した名残が残る町並みを生かして「日本大正村」を名乗り、観光に力を入れている。西部で瑞浪市と接するほか、南部で愛知県豊田市と接する県境でもある。明知鉄道の終点・明智駅がある。JR瑞浪駅までバスが運行しており、瑞浪市との結びつきが強い。

串原（くしはら）：旧・串原村。明智町の南に位置し、矢作川を挟んで愛知県豊田市と接する。キノコや蜂の子（へぼ）といった山里ならではの特産物がある。矢作ダム・奥矢作湖を擁し、豊田市との結びつきが強い。

上矢作町（かみやはぎちょう）：旧・上矢作町。岩村町の東南・明智町の東に位置し、長野県下伊那郡平谷村・根羽村、愛知県豊田市（旧稲武町）と接する岐阜県最南東端の町でもある。町域の95％が山林、標高差は1400mに達し、平地が少なく林業が盛ん。