クラミジアではマクロライド系のアジスロマイシンやニューキノロン系やテトラサイクリン系が用いられる[49]。咽喉のクラミジアでは性器への感染に準じる[46]。非クラミジア性非淋菌性でも同様である[50]。マイコプラズマ・ジェニタリウムは、薬剤耐性があり、テトラサイクリン系よりも、アジスロマイシンやクラリスロマイシンやなどマクロライド系が強い殺菌効果を持つが、それでも2000年前後にはほぼ100%であった有効率は低下してきており、2012年のオーストラリアの報告ではアジスロマイシン1グラムでは69%であり、日本ではそこまで失敗が頻発していないため1グラムか2グラムを第一選択とする[51]。ウレアプラズマでは、アジスロマイシン1グラム、あるいはレボフロキサシン500mgを7日間、あるいはシタフロキサシン200mgを1日2回7日間で100%であったため、これらのマクロライド系やニューキノロン系が推奨される[51]。

トリコモナスではメトロニダゾールによる治療が一般的である[52]。

梅毒ではペニシリンが第一選択である[37]。
疫学
日本

国立感染症研究所の調査では、2008年のデータでは性感染症の罹患率は年々減少、もしくは横ばいとなっていた[53]が、2010年以降は梅毒では増加傾向にあり[54]、特に2014年以降急増している[55]。後天性免疫不全症候群（AIDS）は2010年以降増加[56]にあったが、新規報告件数の約80％を占める日本国籍男性は、2013年（1,401件）をピークとし2017年（1,150件）まで4年連続で緩やかな減少が認められ、代わりに外国国籍報告例数は2013年には約150件、 2017年は196件に達し再増加が認められる[57][58]。
紛らわしい症状

フォアダイス、および真珠様陰茎小丘疹は、発生部位や様態からいかにも尖圭コンジローマなどの性感染症のようにみえるが、性感染症ではない。他人に感染させることはなく、治療の必要もない。
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