戦国時代、結城氏のように領内で、夜間の作戦に普段からプロの悪党や忍びが集団で雇われているところもあれば、合戦前に忍びを募集するところもあった。例えば武蔵松山城主の上田憲定の合戦前の兵募集制札には「夜走、夜盗はいくらでも欲しい」「侠気のある剛健なもの」「前科者、借財ある者みな帳消しにする」とあり、『陰徳太平記』では「足軽など山賊盗賊でも嫌わず召し集める」とある[6]。後に出世した大名の中で彼らの助力を受けていないものは一人もいないだろう[7]。

『萬川集海』によると「忍芸はほぼ盗賊の術に近し」とあり、忍術には「陰忍」と「陽忍」があるとされる。陰忍とは、姿を隠して敵地に忍び込み内情を探ったり破壊工作をする方法であり、一般的に想像される忍者とはこの時の姿である。対して陽忍とは、姿を公にさらしつつ計略によって目的を遂げる方法である。いわゆる諜報活動や謀略、離間工作などがこれに当たる。近年の研究では、身体能力に優れ、厳しい規律に律された諜報集団という面の他に、優れた動植物の知識や化学の知識を持つ技術者集団としての一面も持つことが判っている[要出典]。
呼称

第二次世界大戦前は「忍術使い」[8]といった呼称が一般的だったが、戦後は村山知義、白土三平、司馬遼太郎らの作品を通して「忍者」「忍びの者」[8]「忍び」という呼称が一般化した。江戸時代までは統一名称は無く地方により呼び方が異なり、「乱破（らっぱ）」「素破（すっぱ、“スッパ抜き”という報道における俗語の語源）」「水破（すっぱ）」「出抜（すっぱ）」）「透破（すっぱ、とっぱ）」「突破（とっぱ）」「伺見（うかがみ）」「奪口（だっこう）」「竊盗（しのび）」「草（くさ）」「軒猿」「郷導（きょうどう）」「郷談（きょうだん）」「物見」「間士（かんし）」「聞者役（ききものやく）」「歩き巫女」「屈（かまり）」「早道の者」「細作（さいさく）」などがある[要出典]。なお、1600年代にイエズス会が編纂した『日葡辞書』では、「Xinobi（忍び）」と表記されている。忍者の組織を上層部の許可なく抜けた忍者を「抜け忍」と呼ぶ。
くノ一について

女中や小間使いとして潜入して諜報活動を行っていた女性の忍者も存在した。忍装束を着て映像作品や漫画作品などで活躍するような通俗的な姿は、近代の創作とされる。史実として武田信玄に仕えた歩き巫女の集団が有名。「くのいちの術」と言って女性を使った忍術は存在するがこれとは異なる[要出典]。名称については「くノ一（くのいち）」といい、“女”という文字を「く」「ノ」「一」と三文字に解体し呼称するようになった隠語表現を語源とする説明が一般的である。その他陰陽道における房術である「九一ノ道」からきたとする説など、いくつかの説がある。
忍者の歴史

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発祥と変遷

間諜の歴史は、人類の歴史とともに古く遡ることができる。その発祥については日本発祥説の他に、インド発祥説、中国発祥説などもある。『孫子』用間篇を始め、古来、間および諜を説く兵書は多い。飛鳥時代には、聖徳太子が、大伴細人（おおとものほそひと）を「志能備（しのび）」として用いたと伝えられる地域もあるようだが、『日本書紀』等にそのような記載はない。

伊賀・甲賀・雑賀、さらには柳生・根来等の紀伊半島は、天武天皇が壬申の乱の直前に住んでいた場所であり、後醍醐天皇の南朝が置かれるなど、特殊な霊地が多い。

『太平記』で、高師直が石清水八幡宮焼き討ちに「忍び」を使ったと記されるのが文献上の初見である[1]。

天正13年、羽柴秀吉によって甲賀の侍衆は改易処分となり甲賀は秀吉の家臣中村一氏の支配となる。これにより甲賀の元侍衆たちは浪人となり没落していく。これを「甲賀ゆれ」と言う[9]。

大久保忠教の三河物語の記述

徳川家康が桶狭間の戦い後に今川氏から独立し、三河国奪還戦争のさなか、現在の愛知県蒲郡市にある鵜殿長持の西之郡城（上ノ郷城）を忍で取る、と記載されている。寛文7年（1667年）の近江国甲賀武士が奉行に差し出した書状には、甲賀21家が援軍として駆け付け、夜襲・焼き討ちにより、鵜殿藤太郎の首を討ち取った武功について記載。
服部氏伝説伊賀国

昭和37年（1962年）、伊賀上野の旧家より『上嶋家文書』（江戸時代末期の写本）が発見された。これによると、伊賀国の服部氏族・上嶋元成の三男が申楽（能）役者・観阿弥で、母は楠木正成の姉妹だったという。