80年代連載版を収録した単行本はてんとう虫コミックスとぴっかぴかコミックスを除く単行本では『新忍者ハットリくん』という書名になっている。

サンデーコミックス（秋田書店）全3巻 <1968年>※

てんとう虫コミックス（小学館）全16巻 <1982-1988年> ※

藤子不二雄ランド・新編集 忍者ハットリくん（中央公論社）全4巻 <1987年>※

藤子不二雄ランド・新忍者ハットリくん（中央公論社）全8巻 <1989-1990年>※

光文社文庫・「少年」傑作集 第5巻 忍者ハットリくんほか（光文社）<1990年>※

「少年」掲載作品の傑作選（当作品以外も掲載）。刊行された「少年」から直接版をとっており、表記や広告含め雑誌掲載時のまま。


中公文庫コミック版・忍者ハットリくん（中央公論新社）全2巻 <1996年>

中公文庫コミック版・新忍者ハットリくん（中央公論新社）全4巻 <1996年>

藤子不二雄?ランド・新編集 忍者ハットリくん（ブッキング）全4巻 <2003年>

藤子不二雄?ランド・新忍者ハットリくん（ブッキング）全8巻 <2004年>

ぴっかぴかコミックス・忍者ハットリくん（小学館）全4巻 <2005-2006年>※

単行本の描きかえ

単行本の発行時期により、収録作品の設定が部分的に変更される場合がある。一例として、「みたか! しったか! ハットリ打法」（『少年』1965年（昭和40年）3月号掲載）では、ハットリくんが野球の腕を披露し、そこで「野球は忍法に似ている」という旨のセリフの後、3人のプロ野球選手の名前を出しながら「○○、○○、○○なら忍者になれる（○○は選手の名前）」という主旨のセリフを言って、ケン一が忍者の服を着た3人を想像しているシーンがある。この○○の中に入る選手の名前とケン一が想像している選手の絵がその都度変更されている。

1968年初版のSUNDAY COMICS - 長島（長嶋茂雄）、広瀬（広瀬叔功）、吉田（吉田義男）

1982年発行のてんとう虫コミックス - 王（王貞治）、山本（山本浩二）、掛布（掛布雅之）

この当時王貞治は現役を引退していた。


1996年発行の中公文庫コミック版 - 清原（清原和博）、イチロー、松井（松井秀喜）

長編

月刊コロコロコミックの連載では、1982年から1986年にかけて5作の長編漫画が描かれた。下表のうち#1から#3は連載開始の翌年3月に劇場用アニメ映画としても公開された。#4と#5はもともと映画とは無関係な長編として連載され、映画は作られなかった[注 3]。
長編一覧

収録巻

DS - 藤子不二雄?デジタルセレクション『新忍者ハットリくん』

TC - てんとう虫コミックス『忍者ハットリくん』

#初出年月タイトル連載回数頁数舞台敵収録巻備考
11982.12ニンニンふるさと大作戦の巻472伊賀の里メカ忍軍団DS4映画公開
21983.11忍者ハットリくん+パーマン 超能力ウォーズ470ニューヨークサイコマンTC13映画公開
31984.11忍者ハットリくん+パーマン 忍者怪獣ジッポウVSミラクル卵473新宿副都心ミラクル卵TC13映画公開
41985.3.mw-parser-output ruby.large{font-size:250%}.mw-parser-output ruby.large>rt,.mw-parser-output ruby.large>rtc{font-size:.3em}.mw-parser-output ruby>rt,.mw-parser-output ruby>rtc{font-feature-settings:"ruby"1}.mw-parser-output ruby.yomigana>rt{font-feature-settings:"ruby"0}失われた世界（ロスト・ワールド）からの忍者7105恐竜島トカゲ魔人DS6
51985.12伊賀・甲賀・呪い賀忍法大作戦571甲賀?呪い賀呪い賀忍者DS7

失われた世界からの忍者ケン一がニューヨーク帰りのおじさんからもらった恐竜のウンチの化石は日本製の偽物だった。だがそれを狙うトカゲ魔人が現れケン一は誘拐されてしまう。港に呼び出されたハットリくんたちは謎の船シー・ドラゴン号に乗船。魔のトワイライト・ゾーンを抜けてやってきたのは恐竜島だった。
伊賀・甲賀・呪い賀忍法大作戦行方不明になったケムマキを探しに、甲賀の里へと旅立ったハットリくんと影千代。甲賀の忍者屋敷を散策していると、ケムマキのイトコの甲賀忍者・ウズマキウズマルが現れる。忍猫塾で影千代と同級だった3匹の忍者猫たちの手も借りて、皆のケムマキ救出作戦がはじまる。

スピンオフ
ワシ獅子丸!!
月刊コロコロコミックでの連載漫画は、1984年5月号から『ワシ獅子丸!!』というタイトルになり（「忍者ハットリくん」の文字は小さく表示）、獅子丸が主役となった。同年12月号から映画原作『忍者ハットリくん+パーマン 忍者怪獣ジッポウVSミラクル卵』の連載に切り替わり、その後は長編『忍者ハットリくん 失われた世界（ロスト・ワールド）からの忍者』を経て通常の短編『忍者ハットリくん』に戻ったため、獅子丸が主役の回は7回のみとなった。獅子丸が主役の回はてんとう虫コミックス（TC）の11巻と12巻に収録されている（藤子不二雄?デジタルセレクション（DS）には下表の#1、#3、#4のみ『新忍者ハットリくん』の7巻に収録）。

#サブタイトル初出年月TCDS
1獅子丸修業中の巻1984.04117
2ワシをさらってほしいワンの巻1984.0511-
3獅子丸対カラス忍群の巻1984.06117
4ムササビ忍者モモンベエの巻1984.07117
5ワシはスターだワン!の巻1984.0811-
6忍法「ギョタクづくり」の巻1984.0912-
7忍法「目だたず」!!の巻1984.1012-

登場人物

声は1981年版 / 2012年版。1人のみで特筆の無い場合は両方で担当。
主要人物
ハットリくん
声 - 堀絢子本作品の主人公であり、フルネームは「ハットリ カンゾウ」。漢字では「服部 貫蔵」。5月5日生まれ。伊賀流の少年忍者で、服部半蔵の子孫らしい。年10歳。身長134cm、体重40kg[2]。どんぐりまなこと「へ」の字口、頬の渦巻きがトレードマーク。顔は基本は「忍者は表情を悟られてはならない」という修行で身につけた無表情であるが、アニメでは表情豊かである。原作では顔面筋肉体操をしていたり、作者のコメントでは「常にポーカーフェイスで滅多に心を顔に出さない」と言われている。一人称は「拙者」。まだ少年ながらあらゆる忍術に長け、特に「変わり身の術（変装）」や、風呂敷（伊賀織りの特別製）を使って空を飛ぶ「忍法ムササビ」が得意。修行のために東京の三葉家へと、押し掛け同然にやって来た。性格は冷静沈着だが、実はお人好しでお節介で詰めが甘いところがある。好物はタケノコの煮物とジャガイモ料理（ポテトグラタン、ポテトコロッケ）、ハンバーガー、クレープといったファーストフード。特にハンバーガーは1日に何度もハンバーガーショップに出入りするほど。しかも同じ姿で何度も行くと格好悪いと思ったのか、変装してでも食べようとしているほどの好物である。カエルが苦手で一目見ると平常心を失ってしまい（特にトノサマガエルが苦手。「武士である忍者は殿様に弱いから」であると本人は語っている）、ガマの油を塗られたときはカエルアレルギーで塗られた場所に蕁麻疹が出たほど。そのことで、普段忍者として実力が下であるケムマキから馬鹿にされることもある。2012年版アニメではパソコンや複写機など情報機器の扱いや、電車やバスなどの近代文化の乗り物に乗るのが苦手とされる。ケン一を助けるあまりに、それがあだで忍法でかなり派手な大失敗もしばしばやらかす。ハットリくんが大失敗をしでかしたときに一同が「ズコ!」（「ズッコケ」が由来）といいずっこける場面はハットリくんから定着していき、他キャラもさかんにやるようになった。本人もまだまだ修業中の身であり、忍法に関しては未熟なことは大失敗を通して認めている。いかなる場所でも常に忍び装束姿（色は60年代連載版では黒、80年代連載版とアニメでは青）、頭には常に頭巾をかぶり、赤色の褌を締めている。風呂に入る時も常に非常時に備えて畳んだ装束を頭に巻きつけていて、頭巾を取ったところは弟のシンゾウですら見たことがないらしい（作者曰くケムマキのような髪型ではないかとのこと）。周囲の人間に対しては、語尾の「-でござる」、「ニンニン[注 4]」など、独特の口調でしゃべるが、60年代連載版ではシンゾウとの会話では普通の口調で一人称も「おれ（たち）」になる。