一方、武家政権においては室町幕府および江戸幕府が一門または臣下のうち、御所号に匹敵する格式を有する家にこれを許した。室町時代、主に足利将軍家の当主および連枝、鎌倉公方家の一門、あるいは鎮守府将軍として南朝方の有力公家大名であった北畠氏とその一門が御所号を称した。15代将軍・足利義昭については、武家御所と称され、またかつての庇護者である織田信長と対立してよりは「悪しき御所」とも称された。江戸時代には鎌倉公方家の末裔である足利国朝が江戸幕府に帰参する折、御所号を許され、国朝に始まる喜連川氏が御所号を免許された。この御所号に次ぐ敬称が屋形号である。
摂家の御所号

中村御所 - 摂家の支流、一条房家の屋形、または一条房家をはじめとした土佐一条氏歴代当主の尊号

大津御所 - 一条兼定の嫡男一条内政の尊号

久礼田御所 - 土佐一条家最後の当主一条政親の尊号

源氏の御所号

吉見御所 - 源範頼の子孫　吉見氏の尊号

和賀御所 - 源頼朝の落胤を称した、和賀氏の尊号。ただし僭称の可能性が高い。

足利氏の御所号

鞍谷御所 - 足利将軍家の義満の子義嗣の子孫である鞍谷氏の尊号

入間川御所 - 鎌倉公方・足利基氏の尊号

篠川御所 - 鎌倉公方・足利満直の尊号

稲村御所 - 鎌倉公方・足利満貞の尊号

古河御所 - 足利成氏およびその子孫である古河公方の尊号

小弓御所 - 足利義明およびその子孫である小弓公方の尊号

喜連川御所 - 小弓公方家の末裔である足利国朝およびその子孫である喜連川氏の尊号

阿波御所 - 足利義稙および足利義冬の尊号。

足利氏一門の御所号

大崎御所 - 奥州探題大崎氏の尊号[20]

山形御所 - 出羽国斯波最上氏の尊号[21]

斯波御所 - 高水寺斯波氏の当主斯波詮真の尊号

雫石御所 - 高水寺斯波氏の庶子雫石詮貞の尊号

猪去御所 - 高水寺斯波氏の庶子猪去詮義の尊号

世田谷御所（吉良御所） - 武蔵吉良氏の尊号

勝見御所 - 武蔵吉良氏の庶子勝見氏の尊号

北畠氏の御所号

船越御所 - 南北朝時代の公卿、北畠顕家の尊号、子孫一門は袰綿御所と称された。

浪岡御所 - 北畠顕家の後裔である浪岡北畠氏の尊号、子孫一門は川原御所と称された。

多芸御所（霧山御所） - 南北朝時代の公卿、北畠顕家およびその子孫である伊勢の公家大名、北畠氏の尊号[22]

滴石御所 - 北畠顕成の子北畠顕忠の尊号（御所ダムの由来）

北畠氏一門の御所号

木造御所（戸木御所） - 伊勢北畠氏の一族の木造氏の尊号

田丸御所 - 伊勢北畠氏の一族の田丸氏の尊号、北畠三御所のひとつ[23]

大河内御所 - 伊勢北畠氏の一族の大河内氏の尊号、北畠三御所のひとつ

坂内御所 - 伊勢北畠氏の一族の坂内氏の尊号、北畠三御所のひとつ

波瀬御所 - 伊勢北畠氏の一族の波瀬氏の尊号

藤方御所 - 伊勢北畠氏の一族の藤方氏の尊号[24]

岩内御所 - 伊勢北畠氏の一族の岩内氏の尊号[25]

脚注[脚注の使い方]^ 国史大辞典編集委員会編『国史大辞典　6』（吉川弘文館、1994年）780頁参照。
^ “皇居”. 宮内庁. 2023年12月2日閲覧。
^ “皇室関連施設”. 宮内庁. 2023年12月2日閲覧。
^ “建築家名鑑 内井昭蔵”. 日経クロステック. 2023年12月2日閲覧。
^ 「 ⇒内井昭蔵氏が死去／吹上新御所などを設計」四国新聞2002年8月3日
^ 「新天皇、皇后のお住まいは赤坂御所に 皇居お引っ越しまでの間 宮内庁」産経新聞2019年4月22日