1670年代、ジュンガル部のガルダン・ハーン（?爾丹）がオイラトの覇権を握り、さらにモンゴルのハルハ部の内紛に介入、ハルハ諸部を制圧した。康熙32年（1693年）、ハルハの諸侯は康熙帝に保護を求め、康熙帝はこれに応えてガルダンと対決（清・ジュンガル戦争）、みずから軍勢を率いての戦闘を経て、康熙35年（1696年）に致命的打撃をガルダンに与えることに成功（ジョーン・モドの戦い（英語版））、ガルダンは敗走中に死去した。従来、ハルハ諸侯は清朝に朝貢を行い、冊封を受けるのみで、他の朝貢国と同様に内政自主権を行使していたが、これ以後は清の盟旗制に組み込まれることとなる。40歳の康熙帝

18世紀初め、ダライ・ラマ6世を巡って生じたチベットの内紛で、青海のグシ・ハン王家の傍系王族の一部とジュンガルのツェワンラブタンが同盟を結び、康熙56年（1717年）にジュンガル軍がチベットへ侵攻し、ラサを制圧、チベットのラサン・ハン（英語版、中国語版）を殺害した。康熙帝はラサンの救援要請に応じ、康熙57年（1718年）にチベットへ出兵したが、この第一次派遣軍はジュンガル軍によって壊滅させられた（サルウィン川の戦い（英語版））。これに対し康熙帝は、グシ・ハン一族の主だった者たちを、当初ジュンガルと同盟した者たちを含めて北京に招き、爵位で釣って清朝側につけることに成功した。康熙59年（1720年）の第二次派遣軍は、「グシ・ハンの打ち立てた法の道」を回復することを旗印に、グシ・ハン一族の軍勢とともに進軍した。ガリーのガルトク（フランス語版）の知事カンチェンネー（中国語版、ドイツ語版）とラサンハン軍にいたツァンのポラネー（中国語版、ドイツ語版）らゲリラ勢力の蜂起に苦しめられていたジュンガル軍はこれを見て、戦わずして中央チベットから撤退していった。

康熙帝は「グシ・ハンの立てた法の道（ダライラマを擁するチベットのハン）」をチベットの正統の政体と認め、この政体の回復をチベット介入の旗印にしていた。康熙60年（1721年）には、グシ・ハン一族にハン位継承候補者を選出するよう求めたが、グシ・ハン一族は18世紀初頭以来、内紛の極みに達しており、一族とチベットの有力者が一致して支持しうる候補者を選出することができなかった。康熙帝はラサンを継ぐハンを冊封しないまま没し、チベットの戦後統治処理は次代の雍正帝の手に委ねられることになる。

康熙60年（1721年）、朱一貴（中国語版）が台湾の阿里港（現在の里港郷）で反乱を起こしたが、総兵藍廷珍（中国語版）とその族弟藍鼎元（中国語版）を派遣し、翌康熙61年（1722年）に平定した。この年の正月、在位61年の宴会で機嫌よくした康熙帝は大臣たちを私室に招き、機嫌よく思い出話をした。「私が10年在位した時は20年在位するとは思わなかったし、20年在位した時は20、30、40年と在位するとは思わなかった。50の時も60年も在位するとは思いもかけなかった。今はもう61年である。歴史によれば、70歳に達した帝王は3人しかいない。なんと私は恵まれているのだろう。私はいつも臣下に寛大にふるまい、大臣たちの身の保全には特に気をつけた。だからお前たちもみな、年を経て幸福に暮らし、名誉をともなっていられるのだ。こうやって向かい合っている君臣が髪も髭も白くなっているとは楽しいことではないか。」

また、得意の戦争や6回の南方巡航を回顧した[8]。

康熙61年11月8日、康熙帝は冷風に当たり高熱を出し、その6日後の11月14日に崩御した。順治帝は清を中華王朝としたが、実質的に清を全国王朝としたのは康熙帝である。清東陵に陵墓がある。

1691年に国内でキリスト教を邪教として扱い宣教師を追放した動きがあったが、この際康熙帝は寛容な態度をとり、「西洋人は我が国の暦法を助け、軍事面においても大砲を造った。これらの誠心を認め、布教事業の禁止はしない」と1692年に命令を下した。しかし、1704年にローマ法王が中国に圧力をかけようと派遣した鐸羅との謁見で中国に対する『禁約文』を出されて態度が変わった。ローマ法王のこのような行為は中国への内政干渉であると立腹し、中国の法律に違反した宣教師らを国外に追放、さらに鐸羅をマカオに追放するなどとした[9]。
北方民族の王者

康熙22年（1683年）からほとんど毎年、康熙帝は夏にはムラン・イ・アバ（muran i aba、木蘭囲場。現在の承徳市囲場満族モンゴル族自治県）に赴き、モンゴル王侯とともに狩猟を行った。こうした狩場で十数日の間、モンゴル風のテント生活を送ったのである。康熙帝は弓の達人で、自ら虎や熊を倒したといわれる。また康熙42年（1703年）には熱河に離宮避暑山荘を造り、毎年夏から秋にかけて北京を離れて熱河で過ごし、モンゴル諸王や外国朝貢使節を引見した。こうした北方民族の王者としての行動様式は、家法として雍正帝や乾隆帝にも受け継がれていく。
国内政策

康熙帝は内政にも熱心であり、自ら倹約に努め、明代に1日で使った費用を1年間の宮廷費用としたといわれる。