康熙12年（1673年）、三藩の乱が起こった。明の臣であった呉三桂は順治帝に山海関を明け渡して清に投降し、その後は南に逃れた南明の永暦帝を殺したことで功績大と認められ、皇族やモンゴル王侯ではないにもかかわらず旗王と同格の親王の爵位を授けられていた。この呉三桂を筆頭とした尚可喜・耿精忠の3人の藩王は、それぞれ雲南・広東・福建を領地としており、領内の官吏任命権と徴税権も持っていたので独立小国家の体をなしていた。
康熙帝はこの三藩を廃止することを決めた。廃止しようとすれば呉三桂たちは反乱を起こすと群臣の多くは反対だったが、3人だけ「このまま藩を存続させればますます増長し、手に負えなくなり、結局反乱することと同じである。どうせ同じなら今廃止したらどうか」という意見を出し、康熙帝はこれを採用した。
予想通り、呉三桂たちは清に対して反旗を翻した。三藩軍は清の軍隊を各地で破り、呉三桂は清から分離して周を建国し、鄭氏台湾の鄭経もこれに呼応した。そのため清は、一時期長江以南を全て奪われるなど、崩壊の危機を迎える。群臣は康熙帝に故地満州に避難することを勧めたが、康熙帝は断固として三藩討伐の意思を変えなかった。そして、毎日数百も及ぶ報告に対して適切に対応した。呉三桂たちは「満州人を追い出して漢人の天下を取り戻そう」というスローガンを民衆に訴えたが、そもそも漢人の王朝である明を滅ぼしたのは他ならぬ呉三桂であったので、民衆は支持しなかった。康熙帝が漢人の周培公らを起用したことで、清軍は徐々に優勢になっていき、康熙20年（1681年）に周を滅ぼして三藩の乱は鎮圧された。その2年後には李光地
（中国語版）の意見を採用し、鄭氏政権からの降将施琅を登用して台湾を制圧、反清勢力を完全に滅ぼした。台湾を収併した1683年[7]、ピョートル1世（摂政：ソフィア・アレクセーエヴナ、顧問：ヴァシーリー・ゴリツィン）時代のロシア帝国が、満州人の故地である黒竜江付近のアルバジンに南下してきたので、この地域の軍事力を強化し（清露国境紛争）、康熙28年（1689年）にソンゴトゥを派遣してネルチンスク条約を締結した。19世紀に受け入れさせられた一連の不平等条約と異なり、この条約は両国が対等の立場として結ばれたものである。中華思想によれば中国は唯一の国家であり、対等な国家の存在を認めず、国境など存在しないという建前だったが、この原則を揺るがす内容であった。これには側近のイエズス会宣教師フェルディナント・フェルビースト（南懐仁）の助言があったといわれ、条約締結の際にもイエズス会士が交渉を助けた。ただし、その後の対ロシア関係は理藩院によって処理されており、清の国内では朝貢国と同様の扱いを受けていた。そのため、この条約締結をもってして清朝が主権国家体制の枠組みに包含されたとまではいえない。
1670年代、ジュンガル部のガルダン・ハーン（?爾丹）がオイラトの覇権を握り、さらにモンゴルのハルハ部の内紛に介入、ハルハ諸部を制圧した。康熙32年（1693年）、ハルハの諸侯は康熙帝に保護を求め、康熙帝はこれに応えてガルダンと対決（清・ジュンガル戦争）、みずから軍勢を率いての戦闘を経て、康熙35年（1696年）に致命的打撃をガルダンに与えることに成功（ジョーン・モドの戦い（英語版））、ガルダンは敗走中に死去した。従来、ハルハ諸侯は清朝に朝貢を行い、冊封を受けるのみで、他の朝貢国と同様に内政自主権を行使していたが、これ以後は清の盟旗制に組み込まれることとなる。40歳の康熙帝
18世紀初め、ダライ・ラマ6世を巡って生じたチベットの内紛で、青海のグシ・ハン王家の傍系王族の一部とジュンガルのツェワンラブタンが同盟を結び、康熙56年（1717年）にジュンガル軍がチベットへ侵攻し、ラサを制圧、チベットのラサン・ハン（英語版、中国語版）を殺害した。康熙帝はラサンの救援要請に応じ、康熙57年（1718年）にチベットへ出兵したが、この第一次派遣軍はジュンガル軍によって壊滅させられた（サルウィン川の戦い（英語版））。これに対し康熙帝は、グシ・ハン一族の主だった者たちを、当初ジュンガルと同盟した者たちを含めて北京に招き、爵位で釣って清朝側につけることに成功した。康熙59年（1720年）の第二次派遣軍は、「グシ・ハンの打ち立てた法の道」を回復することを旗印に、グシ・ハン一族の軍勢とともに進軍した。ガリーのガルトク（フランス語版）の知事カンチェンネー（中国語版、ドイツ語版）とラサンハン軍にいたツァンのポラネー（中国語版、ドイツ語版）らゲリラ勢力の蜂起に苦しめられていたジュンガル軍はこれを見て、戦わずして中央チベットから撤退していった。
康熙帝は「グシ・ハンの立てた法の道（ダライラマを擁するチベットのハン）」をチベットの正統の政体と認め、この政体の回復をチベット介入の旗印にしていた。
