テレビシリーズ後半、特に最終回2話とその前の展開について、パソコン通信上で激しい議論が繰り広げられ、批判意見も多くあった、さらには「原画マンと喧嘩した」や、「途中までは考えていたが、最後は全く考えていない」など嘘が瞬く間に広がり、脚本なる物が出回る大惨事にまで発展した。この現象については、議論内容よりも「パソコン通信にハマる人たちは『現実世界に帰れ』」と苦言を呈している[13]。また、テレビ放映後から劇場版公開ごろの『エヴァブーム』当時、インターネット上のチャットや電子掲示板上での作品論争を「便所の落書き」と言い放っている[14]。

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実写映画への進出

『新世紀エヴァンゲリオン』制作終了後、実写方面への進出（『ラブ&ポップ』『式日』『キューティーハニー』）を経て、それ以降のアニメ作品では、いわゆる「実写畑の声優・つまり俳優」を起用することが多くなる。これは「職業声優の限界」を感じ、新しい可能性を模索するためだという。幾原邦彦の紹介で舞台にも非常に惹かれているが、まだ取り組めないので映画を作ることにした、とインタビューに答えている[15]。
結婚

2002年（平成14年）3月26日に、共通の知人である貞本義行による紹介が縁で知り合った漫画家の安野モヨコと結婚。4月28日に「ダブルアンノの結婚を祝う会」と称した結婚披露宴パーティーが行われ、新郎側の主賓として宮崎駿、新婦側の主賓として桜沢エリカがそれぞれスピーチを行った。庵野自身は安野の『ハッピーマニア』などを読んでおり高く評価していた。安野モヨコは本名非公開ではあるが、ペンネームの読みは「あんの」であるため「Wアンノ」と話題になった。

安野の漫画作品『監督不行届』で結婚生活が描写されている。作中での呼び名は「カントク（庵野）」「ロンパース、モヨ（安野）」。また、結婚を機に安野の食事管理によって、体脂肪率40%越えから180cm73kg体脂肪率22%までの減量に成功した。身の回りにも無頓着で、充分な収入がありながら風呂の壊れたアパートに住んでいたため、結婚前は1年間風呂に入らなかったり、洗濯もせずに服はボロボロになるまで着用し、汚れたら捨てる、という生活だったが、安野との生活で、4・5日おきに着替え、1日おきに入浴するようになった。作中では庵野がアルマーニを試着する様子も紹介されている。
『ヱヴァンゲリヲン新劇場版』シリーズへ2014年10月30日、TOHOシネマズ日本橋での「庵野秀明の世界」にて明治大学大学院国際日本学研究科客員教授氷川竜介（右）と詳細は「ヱヴァンゲリヲン新劇場版」を参照

2006年（平成18年）に、アニメ制作会社「株式会社カラー」を設立し、それまで名を連ねていたガイナックスの取締役から退いている。新スタジオでの第一作目は、2007年（平成19年）9月1日に全国主要映画館にて封切りされた『ヱヴァンゲリヲン新劇場版』四部作の1つ『ヱヴァンゲリヲン新劇場版:序』であった。2009年（平成21年）6月27日には『ヱヴァンゲリヲン新劇場版:破』、2012年（平成24年）11月17日に『ヱヴァンゲリヲン新劇場版:Q』、2021年（令和3年）3月8日に完結編の『シン・エヴァンゲリオン劇場版:||』が封切りされ、『ヱヴァンゲリヲン新劇場版』シリーズは完結した。

2011年（平成23年）に平野勝之監督の『監督失格』を実写初プロデュース作品として手掛けた。2013年（平成25年）には、宮崎駿の長編アニメーション映画『風立ちぬ』の主人公・堀越二郎役で声優デビューした。

2014年（平成26年）に第27回東京国際映画祭の企画で「庵野秀明の世界」が開催。学生時代からの映像作品がTOHOシネマズ日本橋で上映、トークセッションも開催された[16]。

2015年（平成27年）4月1日、2016年に公開予定の「ゴジラシリーズ」新作で、脚本と総監督を務めることが発表された[17]。2015年秋から撮影を開始し、2016年7月29日に『シン・ゴジラ』のタイトルで公開された。

2017年（平成29年）5月8日、NPO法人『アニメ特撮アーカイブ機構』を設立し、代表を務める[18][19]。

2021年（令和3年）、円谷プロならびに東映からそれぞれ庵野を脚本とする『シン・ウルトラマン』『シン・仮面ライダー』の製作が発表された。