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詳細は「トップをねらえ!」および「ふしぎの海のナディア」を参照

監督作品である『トップをねらえ!』および『ふしぎの海のナディア』は、前者はOVAで発売され、後者はNHK総合テレビジョンで放送された。

両作品ともアニメや特撮のパロディ・オマージュを多く取り入れており、特に爆発やエフェクトパターンは実写を忠実に再現している[9]。

『トップをねらえ!』第5話戦闘シーンの収録の際、主演の日��のり子に「自ら必殺技名を絶叫してみせる」という体当たりの演技指導を行ったという逸話がある[10]。

ナディアのグランディス一味が「タイムボカンシリーズ」における三悪の変形版になったのは自身のアイディアだという。また、ハンソンの口癖「そ、そ、そ、そ」は庵野の口癖である[注釈 1]。

主人公ナディアの性格は当時の性格の反映で、ナディアが冷たかったりわがままに描かれているのは、恋して振られた時の、自身の女性観を元にしたためとのことである。他にも「南の島編」での暴走ぶりも「周りから見た庵野監督」をモチーフにしていた。また、下記に記載している「偏食家であり、肉と魚は一切食べられない」というのもナディアの特徴であり、庵野がモチーフである[要出典]。

キングについては当初は「実は宇宙人」との設定が構想にあり、最終回ではキングの着ぐるみを脱いで正体を現す予定だったが、周囲の反対でこの構想はなくなった[11]。

『新世紀エヴァンゲリオン』シリーズ詳細は「新世紀エヴァンゲリオン」、「新世紀エヴァンゲリオン劇場版 シト新生」、および「新世紀エヴァンゲリオン劇場版 Air/まごころを、君に」を参照

1995年（平成7年）にテレビ東京の18時のアニメ枠で放送開始され、1997年（平成9年）以降は劇場版として制作されている。大ヒットを記録し[12]、「庵野監督の代表作」として真っ先に名前が挙がる作品であり、数々の受賞歴がある。

テレビシリーズ後半、特に最終回2話とその前の展開について、パソコン通信上で激しい議論が繰り広げられ、批判意見も多くあった、さらには「原画マンと喧嘩した」や、「途中までは考えていたが、最後は全く考えていない」など嘘が瞬く間に広がり、脚本なる物が出回る大惨事にまで発展した。この現象については、議論内容よりも「パソコン通信にハマる人たちは『現実世界に帰れ』」と苦言を呈している[13]。また、テレビ放映後から劇場版公開ごろの『エヴァブーム』当時、インターネット上のチャットや電子掲示板上での作品論争を「便所の落書き」と言い放っている[14]。

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実写映画への進出

『新世紀エヴァンゲリオン』制作終了後、実写方面への進出（『ラブ&ポップ』『式日』『キューティーハニー』）を経て、それ以降のアニメ作品では、いわゆる「実写畑の声優・つまり俳優」を起用することが多くなる。これは「職業声優の限界」を感じ、新しい可能性を模索するためだという。幾原邦彦の紹介で舞台にも非常に惹かれているが、まだ取り組めないので映画を作ることにした、とインタビューに答えている[15]。
結婚

2002年（平成14年）3月26日に、共通の知人である貞本義行による紹介が縁で知り合った漫画家の安野モヨコと結婚。4月28日に「ダブルアンノの結婚を祝う会」と称した結婚披露宴パーティーが行われ、新郎側の主賓として宮崎駿、新婦側の主賓として桜沢エリカがそれぞれスピーチを行った。庵野自身は安野の『ハッピーマニア』などを読んでおり高く評価していた。