2014年、『殉愛』によって名誉毀損やプライバシー侵害をされたとして、やしきたかじんの長女が、出版元の幻冬舎に、出版差し止めと1100万円の損害賠償などを求める訴えを東京地裁に起こした[29]。

2015年、作者の百田のツイッターにおける発言が「人権侵害にあたる」として、やしきたかじんの長女が東京弁護士会に人権救済を申し立てた。申し立てによると、発言は、やしきたかじんの闘病生活を書いた百田の著作「殉愛」の発行差し止めなどを、長女が発行元の幻冬舎に求めた訴訟をめぐるもの。申し立てで長女側は、「発言は自分に対する脅迫であり、提訴に報復するとの宣言だ」としている[30]。

2016年7月、東京地方裁判所は、「百田氏のノートにはあいまいなメモしかない」と指摘し、長女に関する記述は「真実と認められない」として名誉毀損を認めた[31][32]。その上で、計6カ所の記述が名誉毀損やプライバシーの侵害にあたるとして、幻冬舎にやしきたかじんの長女へ330万円の支払いを命じた[31][32][33][34][35]。また、2017年2月1日に東京高等裁判所で行われた控訴審判決では、更に1か所について名誉毀損にあたる部分があるとして、一審より賠償額を増やし、幻冬舎に対して長女への365万円の支払いを命じた[36]。
批判作家の文庫が出版中止騒動

『日本国紀』に見られるウィキペディア日本語版などからの「コピペ」についてTwitter上で繰り返し批判していた作家、津原泰水が[37]幻冬舎から2019年4月に刊行予定だった文庫本が取り止めになる騒動が起きた[38]。

津原は、2019年1月初めに幻冬舎の担当者から「『日本国紀』販売のモチベーションを下げている者の著作に営業部は協力できない」などと伝えられ、その後出版中止が告げられたという[39]。その証拠として自身のTwitterで幻冬舎の担当者とのメール文面の一部を公開した[40]。それに対して幻冬舎は、津原に対して『日本国紀』批判を抑えるよう伝えたが、出版中止は一方的に幻冬舎側から出たものではなく津原からの申し出だったとコメントして否定している[41]。

また、津原による一連の告発を受けて、幻冬舎社長の見城徹が自身のTwitterで「文庫化中止は津原さんからの申し出」とした上で、「僕は出版を躊躇っていたが担当者の熱い想いに負けてOKを出した。担当者の心意気に賭けて文庫化も決断した」と説明したが、この際に本来非公表である津原の著書の実売部数を明らかにしたことで、作家や編集関係者が猛反発し、「完全に一線越えてる」「作家に対する敬意はゼロなのか」「編集者のモラルにもとる」と批判を受けた[要出典]。見城はこの批判を受けて当該発言を削除し謝罪、さらにAbemaTVの自身の冠番組『徹の部屋』でも改めて謝罪するとともに、発言の責任を取りTwitterとトークアプリの755の更新を終了、同番組も相談の上で終了させることを発表した[42]。
セクハラ疑惑

2020年5月16日、『文春オンライン』で箕輪厚介による女性ライターに対するセクハラ行為が報じられた[43]。19日にラジオ番組「アフター6ジャンクション」（TBSラジオ）で取り上げられた[44]のを契機にマスメディアが後追い報道を続けているが[45][46]、本人は本件について言及していない。
脚注[脚注の使い方]
注釈^ TKホールディングスは、2010年12月29日の公式発表で、多くの既存株主からのTOB応募がありTOBは成功したことを発表した。しかし、株主総会で重要案件を否決可能な議決権ベースで3分の1以上の株式を取得しているイザベルリミテッドがTOB参加に拒否しているため、MBOの成立は不透明な状況が依然として続いている。

出典^ 塩澤実信『出版社大全』、838頁。
^ “ ⇒弊社設立経緯に関するウィキペディア記述に関して”. 株式会社 幻冬舎. 幻冬舎 (2015年8月5日). 2015年8月5日閲覧。
^ 第28回　株式会社幻冬舎　見城 徹 。起業事例 。起業・開業・独立・会社設立ならドリームゲート - ベンチャー・起業家支援サイト
^ 塩澤実信『出版社大全』、840頁。
^ “ ⇒企業情報（沿革）”. 株式会社 幻冬舎. 幻冬舎. 2015年12月30日閲覧。
^ “ ⇒相場概況”. ゴールデンチャート社 (2003年10月3日). 2011年7月21日閲覧。
^ “ ⇒幻冬社〔ママ〕、日本スポーツビジョンを子会社化”. ウェブリーグ. エスエスケイ (2003年10月23日). 2011年7月21日閲覧。
^ “ ⇒日本スポーツビジョンが民事再生法適用を申請”. ウェブリーグ. エスエスケイ (2004年4月5日). 2011年7月21日閲覧。
^ “アメーバブックスと幻冬舎の業務提携”. 山川健一. 2018年6月4日閲覧。
^ 『 ⇒主要株主及び主要株主である筆頭株主の異動に関するお知らせ』（PDF）（プレスリリース）幻冬舎、2010年12月7日。