平成期の教育思想は大きく区分して2種類ある。教育思想として以下の2種類の教育思想が対立して激しい論争となる。
昭和時代の戦後期に主流だった教育思想のジェローム・ブルーナーの教育理論を支持する和田秀樹の学歴社会・受験競争・偏差値教育を第一として詰め込み教育を肯定する思想。
アメリカや大正時代に盛んだった作文や職業体験などの経験主義で個性を伸ばすジョン・デューイの教育理論がある。この自由主義的な教育思想を支持する文部省官僚の寺脇研が公立学校での詰め込み教育の排除を主導した。平成期に改革されたゆとり教育は20世紀のアメリカの新教育運動や大正時代の大正自由教育運動を模範とするものであった。ゆとり教育思想が平成期の新しい教育思想となった。
小渕内閣の教育改革国民会議による教育を変える17の提案の発表や安倍内閣の教育再生会議や福田康夫内閣の教育再生懇談会が設置された。学校教育法・地方教育行政の組織及び運営に関する法律・社会教育法の改正が実施されるなど『教育改革3法案』が成立した。新保守主義による国旗国歌法や教育基本法の改正などの愛国心を謳った教育が主張された。2001年（平成13年）に、新しい歴史教科書をつくる会が既存の社会科の教科書を左翼の自虐史観であると称して、それら左翼的自虐史観の教科書に反対する保守勢力が地理歴史科教科書・公民科教科書を執筆したが、中華人民共和国・大韓民国・朝日新聞などの左翼勢力の反対で教科用図書検定が妨害される歴史教科書問題が再び起きた。その後、日中歴史共同研究・日韓歴史共同研究なども模索された。 財界大企業では東京証券取引所上場企業の社長数1位が、昭和時代の東京大学出身者から慶應義塾大学出身者の三田閥となり、政界でも平成での出身大学別総理大臣で一番多いのは、6人を輩出した早稲田大学であるなど、東京大学の学閥は早稲田大学・慶應義塾大学の躍進で政界・財界のトップではなくなり、平成期に学歴的地位が低下した。 文部省は1996年度（平成8年度）から2000年度（平成12年度）の5年間に、研究の世界で競争的環境下に置かれる博士号取得者を一万人創出することを目指したポストドクター等一万人支援計画を策定し、多くの大学で大学院重点化が実施されるが、これは若手研究者に深刻な就職問題を引き起こした（余剰博士問題）。2008年（平成20年）の「留学生30万人計画」で中華人民共和国などアジアからの留学生が急増する。逆に日本からの海外留学生は1990年代をピークに減少した。2012年（平成24年）に文部科学省は留学促進のため世界の大学が採用する共通の大学入学資格取得に必要な教育課程の国際バカロレア資格の国内認定校の拡大のために200高校に留学支援課程を設置する計画を立案した。一部の大学では国際化の推進のため講義の英語化が実施されたほか、千葉大学などでは全学生の留学義務化がされたが、これにより学生負担が増え、低所得層の大学進学はますます難しくなった。 平成期は、大学進学率と大学院進学率が急上昇した。大学進学率が1989年（平成元年）の24.7%から2010年（平成22年）には50.2%となった。進学者は、約40万人から約60万人にまで増加した。女子を中心とした短大進学者が4年制大学にシフトして短大進学率は1994年（平成6年）の13.2%をピークに減少して2010年（平成22年）には6%となった。修士課程の大学院進学率は急上昇して17%となり、2003年（平成15年度）に、専門職大学院の制度が作られ、法科大学院などが作られた。それに伴い、教育改革として学部を置くことなく大学院を置く大学（いわゆる大学院大学）の数も増加した。特に、大学への進学率、進学者増加は、分子（大卒の就職者数）がバブル期とほとんど変わらないのにもかかわらず、分母（大学卒業者数）が増えたため大卒の就職率（就職者数/卒業者数）が大幅に下がってしまった要因の一つとなった。2012年（平成24年度）には、全国の法科大学院73校の入学生の統計で、86%に当たる63校で定員を下回るようになった。 2012年（平成24年）の野田内閣時代の大学改革では予算や設備、人員を各学部ごとに集中させて教育の質を高め、優秀な人材を育成する狙いから、一つの国立大学法人の下で複数の大学の学部を集約して、具体例として大学Aは医学部と理工学部、大学Bは法学部と経済学部、大学Cは文学部に特化することなどを想定する文部科学省は、都道府県を超えて国立大学の学部の再編を進める方針があった。新しい大学教育制度として、一つの国立大学法人が複数の国立大を運営できるようにして、各大学にある類似する教育内容の学部を再編する計画であった。 昭和時代（戦後期）に誕生した駅弁大学からさらに大衆化が進行して、平成時代（21世紀）になってコンビニ大学と呼ばれてコンビニ化した地方大学や私立大学が問題となっていたため、2012年（平成24年）に、田中真紀子文部科学大臣によって大学設置基準による大学認可問題が起きた。
社会と大学教育