なお、整備計画区域内の朱雀門南西側には、かつて積水化学工業の奈良工場があった。工場の敷地の一部が朱雀大路跡地に掛かっている為、奈良市が約24億円を投じて移転用地を確保したものの、2000年（平成12年）1月に同社から業績の悪化を理由に移転断念の申し入れがあり、一旦は移転を断念した[20]。しかし、2012年（平成24年）に合意がまとまり[21]、工場は2014年（平成26年）中に大和郡山市へ移転[22]。跡地は交通ターミナルになっている。
特別史跡、世界遺産と規制

特別史跡としての整備事業は奈良文化財研究所（1965-2000 (昭和40-平成12) 年度）、文化庁文化財部記念物課（2001年度-）が直轄で実施し、国営公園の整備は国土交通省が行う[23]。国営公園内にある平城宮跡は世界遺産「古都奈良の文化財」の構成資産であるため、大規模な復原または新規工事等の現状変更に当たって、文化財保護法の規制に加えて世界遺産委員会から手続き等を求められる[24]。文化庁の指摘によると、特別史跡管理団体である奈良県が平城宮跡の今後の保存管理を行う上で「特別史跡平城宮跡保存管理計画」を策定することが急務とされた[25]。

2007年度までに文化庁文化財部記念物課が直轄で国有化した土地109ヘクタールは当面国有化すべき土地の約98%であって、特別史跡の指定地約131ヘクタールの約83%を含む[26]。当初、国営公園は平城宮跡南方の史跡「平城京朱雀大路跡」及びその周囲の未指定地を加えた約120ヘクタールうちおよそ70ヘクタールを国営公園事業で整備すると想定され[注釈 3]、また特別史跡指定地内にある佐紀町集落、東部の法華寺町集落等を除外している。
平城宮跡歴史公園朱雀門（復元）東院庭園大極殿南の復元門

平城宮跡の区域は2008年（平成20年）度に事業化が決まると、仮称「国営飛鳥・平城宮跡歴史公園」に含まれることとなった。開園後、公園中心部の第1次大極殿より南側の第1次朝堂院及び同南面広場を経て、南北に貫く通りに沿って朱雀門の面する二条大路と門外の朱雀大路まで整備を進めている。2018年3月24日から朱雀大路を挟んで向かい合う国営施設と県営施設の供用を開始。合わせて親しみやすいように国営公園の通常の名称「国営平城宮跡歴史公園」に代わって、「平城宮跡歴史公園」と呼んでいる[28]。平城宮のメインストリートである朱雀大路と二条大路を復元、往時の広大さがわかる空間を設けてあり、東側に配した平城宮跡展示館では、奈良時代の生活文化の紹介など学習の機会を設けてある。また平城宮の正門であり、奈良時代にも都を訪れる人たちを迎えた・朱雀門に臨むことから、西側に奈良県が公共交通機関の発着所や食事・土産物販売などのサービス機能を集約している。
中央部


第1次大極院殿 - 2010年復元完了。奈良時代の宮殿の姿あるいは建築技術、行われた儀式などを体験的に理解する[29]。


第1次朝堂院[27]


第1次朝堂院 南面広場[27]


朱雀門 - 1998年復元完了。平城宮の正門[29][27]。

二条大路[27]


朱雀大路[27]

棚田嘉十郎銅像


大極門[30]

平城宮いざない館 - 平城宮跡展示館（国営）。平城宮の往時の姿や生活文化を映像や出土品、建造物の大型模型から体験する[27]。公園管理センターを兼ねる。

朱雀門ひろば[27]

天平うまし館 - 飲食・交流施設（県営）

天平つどい館 - 団体集合施設（県営）

天平みつき館 - 観光案内・物販施設（県営）

天平みはらし館 - 休憩、宮跡展望施設（県営）


東側


北方官衙[27]

内裏[27]

第2次大極殿 - 奈良時代後半の平城宮の中心施設。基壇を復元。特別史跡平城宮跡を見渡す眺望が優れている[29]。

第2次朝堂院[27]

朝集殿院[27]

遺構展示館 - 発掘された遺跡の上に建てられており、見学できる。奈良時代の平城宮の官衙建物の遺構をそのまま公開。平城宮跡の遺構や遺構から推定される奈良時代の建築を体験[29]。

宮内省 - 建物群、築地が復元されている。遺構展示館の南西にあり、平城宮跡の遺構や遺構から推定される奈良時代建築を体験[29]。

兵部省 - 基壇・礎石が復元されている。