以下実在の人物の詳細は全て、名前部分のリンク先も参照。
平将門（たいら の まさかど）
帝都東京を守護する亡霊。ストーリーの根幹をなす最も重要な人物。平安期関東最大の英雄。中央集権に刃向かい、関東を独立国家化したため討伐されたが、その一生は関東ユートピア設立のためにささげられた。現在もなお大手町のビルの一角に残る将門首塚は、すでに千年間、東京の中心を鎮護しつづけている。
佐藤信淵 (さとう のぶひろ)
江戸末期の経世家、鉱山技術家、兵法家。ユートピアをめざし、将門ゆかりの印旛沼をはじめ内洋すべてを干拓した生産性の向上をもとめた人物。彼の『宇内混同秘策』は神道家平田篤胤等の奇怪な日本中心主義を借りて、全世界を征服するための青写真を描いた一大奇書であり、この中に「東京」という名称が初めて用いられたとされる。
渋沢栄一（しぶさわ えいいち）
帝都東京を物理的、霊的に守護された都市にしようと秘密会議を開く。明治末期東京を代表する実業家で、自由競争経済建設の指導者。パリ万博におもむいた幕府使節団の一人で、第一国立銀行の設立の頭取をつとめるなど金融体制の設立にも力があった。儒教理論の持ち主らしく、怪異・神秘に対しては「怪力乱神を語らず」の姿勢を通した。
幸田露伴（こうだ ろはん）
膨大な魔術知識を駆使して魔人加藤と戦い、追い詰める。本名は幸田成行。明治最大の東洋神秘研究家の一人。その著『魔法修行者』『頭脳論』などと並び因縁めいた評伝『平将門』などは、『帝都物語』の読者には必携必読であろう。『八犬伝』の熱烈な支持者でもあった。また彼には『一国の首都』と題した長大な東京改造計画論があり、後年には寺田寅彦と親交を結び、渋沢栄一の伝記も著している。
寺田寅彦（てらだ とらひこ）
渋沢の秘密会議に出席、その場で加藤と出会い、露伴とは別に加藤と戦う。日本を代表する超博物学者、夏目漱石の一番弟子。江戸末期にふとした事件から実弟を手にかけて死なせた父のやるせない思いを無意識に受け継ぐ一方、物理学者でありながら超自然や怪異への限りない興味をいだきつづけた。迫りくる東京滅亡必死で喰いとめようとする少壮の学士。
カール・ハウスホーファー
ミュンヘンに生まれ、一八八七年陸軍の将官としてインド、東アジア、シベリアを旅行し、一九〇九年から約二年日本にも滞在した。日本においては「緑竜」なる結社に入会したとされる。地政学（ゲオポリティーク）を戦争の化学に高め、初代ナチズムの神秘的な教養を形成する影の参謀となった。また後年ミュンヘン大学の教授・学長を歴任、敗戦ののち割腹自殺を遂げた。
織田信之（おだ ひろゆき）
平将門の名誉回復に尽力した。三河の国の豪農の家に生まれ勤王派に加わり、桂小五郎や高杉晋作らと交友したが、維新後は明治政府の農業・干拓事業を担当、とりわけ印旛沼の治水事業に力を入れた。二十五年に引退し碑文協会を設立、以来、二宮尊徳・佐藤信淵の思想の体系的紹介に尽力した。
森田正馬（もりた まさたけ）
精神科神経科医であり、クラウスと共に辰宮母子の治療にあたる。日本近代の精神医学者、治療家。寺田寅彦が幼少期を過ごした高地に生まれ、犬神憑などの霊現象を研究した。のち「森田療法」と知られている独創的な精神病治療法を確立した。
西村真琴（にしむら まこと）
地下鉄工事現場に巣食う鬼を人造人間「學天則」で退治する。映画版で演じた俳優の西村晃は、西村真琴の実子である。
中島莞爾（なかじま かんじ）
陸軍少尉。雪子と恋仲となるも、北一輝に傾倒し、二・二六事件に参加する。事件後、怨霊となって三島にとり憑く。
北一輝（きた いっき）
『日本改造法案大綱』を掲げ、革命を目論む人物。シャーマンであり、革命を阻害する将門を倒す為、暗躍する。
石原莞爾（いしわら かんじ）
『世界最終戦論』を掲げ、北一輝と同じ法華経オカルティストでありながら、二・二六事件にて立場の違いから対立する。
大谷光瑞（おおたに こうずい）
加持祈祷による米英ソの戦争指導者の呪殺を画策する。
甘粕正彦（あまかす まさひこ）
加藤やトマーゾと関わりを持ち、満州国で暗躍する。東条英機の子飼いであり、満洲警察庁長官。
愛新覚羅溥儀（あいしんかくら ふぎ）
清王朝の血を引く満州国の皇帝（ラストエンペラー）。関東軍の監視の目に疲れ、オカルティズムに傾倒するようになる。
大川周明（おおかわ しゅうめい）
帝都の奥津城に眠る怨霊の正体を探るという命を加藤より受けるが、それを阻止せんとする地霊に精神を狂わされた。
三島由紀夫（みしま ゆきお）
中島の霊に憑かれていた大蔵省官吏。後に小説家に転向する。自衛隊に体験入隊し、加藤から訓練を受ける。その後、大川同様に帝都の奥津城に眠る怨霊の正体を探る為、市ヶ谷駐屯地で割腹する。
角川源義（かどかわ げんよし）
帝都の怨霊鎮魂のため、人骨を砕いた灰を撒き続けた。
角川春樹（かどかわ はるき）
源義の子。角川書店社長となるも、突如出奔し、奈須香宇宙大神宮の大宮司として東京の破滅を見届ける。
辻政信（つじ まさのぶ）
陸軍将校。戦後東南アジアに潜入し、ドルジェフと闘う。
セルゲイ・ドルジェフ
民族解放運動の中心者。邪視を用いる超能力者。学生運動のリーダーに呼ばれて来日し、恵子や加藤と戦う。
フサコ・イトー
ドルジェフの側近。
藤森照信（ふじもり てるのぶ）