忠久の長男である島津忠時は承久の乱にて鎌倉幕府方の有力武将として相当の武功を挙げたとみられ、薩摩国・大隅国・日向国の他、若狭国守護職や伊賀国・讃岐国・和泉国・越前国・近江国など各地の地頭職も得るなど鎌倉幕府でも巨大な御家人となる。また承久の乱の際に忠時が使用した太刀は『綱切』と号されて、源氏の白旗、家祖・忠久愛用の大鎧は共に島津宗家当主が私蔵すべき家伝三種の重宝として相伝することとなった（『西藩野史』）。乱後、忠久は越前国守護職に補せられ、計五ヶ国を有するなど鎌倉幕府内でも筆頭守護人となる。1227年（安貞元年）、忠久の死去に伴い嫡子忠時が島津氏2代当主の座を継ぎ、所職を相続したが、越前国守護職はほどなくして後藤氏に交替している。

忠久以降の島津氏は幕府の有力な御家人の常として当主は鎌倉に在住し、現地における実際の差配は一族・家人を派遣し、これに当たらせていたが、3代・島津久経が元寇を機に下向して以来一族の在地化が本格化し、4代・島津忠宗は島津氏として初めて薩摩の地で没した。
南北朝時代

やがて鎌倉幕府の力が衰えて倒幕の機運が高まると、1333年（元弘3年、正慶2年）に5代・島津貞久が後醍醐天皇の鎌倉幕府討幕運動に参加する。貞久は九州の御家人とともに鎮西探題を攻略し、鎌倉幕府滅亡後には初代・忠久以来の大隅・日向の守護職を回復した。その後、建武の新政が崩壊すると、建武政権から離反した足利尊氏が摂津国で敗れて九州へ逃れてきたため、少弐氏と共に尊氏を助け、筑前国多々良浜の戦い（福岡県福岡市）で菊池氏ら後醍醐天皇の宮方と戦うなど、九州武家方の有力大名として活躍する。しかし、南北朝時代の1342年（南朝：興国3年、北朝：康永元年）中期に南軍の征西将軍として派遣された懐良親王が南九州へ入り、菊池氏と共に勢力を強大化させたため、一時は南朝方にも属するなど苦戦を強いられた。

その後、幕府方に復帰した貞久は死の直前の1362年（南朝：正平17年、北朝：貞治元年）に幕府に対して申状を送っている[6]。その中で貞久は島津荘は薩摩・大隅・日向一帯を占める島津氏の本貫であり、3国の守護職は源頼朝から与えられたもので大隅・日向の守護職は鎮西探題（北条氏）に貸したものに過ぎないとして3か国守護であることの正当性を訴えた。前述のように島津氏は比企能員の変で処罰された結果として大隅・日向の守護職を没収されたもので、貞久の主張は史実ではない。しかし、貞久のこの信念は彼の後継者や島津氏の一族・家臣団に共有されて後世に伝えられ、今日なお「島津氏は鎌倉幕府成立以来中世を通じて薩摩・大隅・日向3か国守護職を相伝し、700年にわたって3か国を領有した」という史実とは異なる認識[7]を定着させることになる[8]。

貞久は嫡男の島津宗久を早くに失っていたため、三男の島津師久と四男の島津氏久にそれぞれ薩摩・大隅の守護職を分与し島津氏を分割継承させた。島津師久は上総介に任じられていたので、その子孫は総州家、島津氏久は陸奥守に任じられていたので、その子孫は奥州家と言われた。分割継承の後は、6代・氏久（奥州家）が水島の陣にて武家方である九州探題・今川貞世の少弐冬資謀殺（水島の変）に怒り、武家方を離反すると、同じく6代・師久（総州家）もこれに順じて武家方から離反するなど、両家は団結して島津氏に仇なす征西府と今川探題が一揆させた南九州国人一揆と戦い、やがてそれら外敵を退けることに成功した。

しかし、共通の外敵を持つ間は固い団結を誇った島津両家も、その外敵が消え去った後は、互いが最も脅威となる存在となった。
室町時代前期・中期

南北朝の内乱を分割継承という形で乗り切った両島津氏であったが、打倒すべき共通の敵を失うと、互いを脅威とみなし対立を深めた。やがて7代・島津伊久（総州家）とその嫡子・島津守久が不和となり、総州家内部で内紛が勃発すると、7代・島津元久（奥州家）がこれを調停し、恩義を感じた伊久より薩摩守護職と島津氏重代の家宝を譲られ、表面上は両島津氏は再統一された。後に室町幕府にも相続が安堵された[注釈 4]。しかし、総州家が滅亡したわけではなく、両家の対立は残ったままであった。なお、この元久の頃より守護所が鹿児島の清水城へ移り、本格的に鹿児島の街が開府した。

守護職が奥州家の元に統合された島津氏だったが、元久が嗣子無く没すると、島津一族の筆頭であった伊集院頼久が自身の子息を本家当主に据えようと画策する。これを察知した元久の弟・島津久豊は元久の位牌を奪って8代当主となった。これにより伊集院氏との対立が深まり、また伊集院氏に総州家が助勢したため、またも領国内に内紛（伊集院頼久の乱）が起こったが、最終的に久豊は伊集院氏を降し、また総州家を滅ぼすことに成功。島津氏の守護領国制を完成させた。

9代・島津忠国の代になると、島津氏は守護大名として確立し、比較的安寧な時期が続いたが、大小の内紛は散発していた。特に忠国の弟である島津用久（好久・持久・薩州家）が声望を増したため、兄弟間の対立が起こった（なお、内紛の鎮圧に失敗した忠国が家督を一旦用久に譲ったものの、その後忠国が当主への復帰を図ったとする説もある[9]）。この争いは中央で6代将軍・足利義教との権力闘争に敗れた大覚寺義昭を討った忠国に幕府が味方したため、好久が降伏し、忠国の勝利に終わった。この際に忠国は好久に薩州家を立てさせ、ある程度の譲歩をしている。忠国と好久の対立は解決されたものの、家中の掌握には失敗して家臣の反抗を招き、事実上の引退に追い込まれた[10]。

10代・島津立久の時代には応仁の乱が勃発し、島津氏は東軍に属した（但し派兵せず）。11代の島津忠昌は桂庵玄樹を招聘して薩南学派を起こすなど学問を好んだが、領国内の一族・国人が立て続けに挙兵したため、世を儚んだ忠昌はついに自害して果てた。その後も12代・島津忠治、13代・島津忠隆が継承したが、いずれも早世したため、国内の島津氏一族・国人、大隅の肝付氏、日向の伊東氏を押さえることは叶わず、守護家の島津氏は全く弱体化してしまっていた。
室町時代後期

室町時代後期に入ると、領域内各地の国人や他の島津一族による闘争が加速化され、さらに薩摩大隅日向守護家は衰退する。

そして島津氏一族の中から相州家の島津貴久と薩州家の島津実久が台頭して他家を上回った。

貴久は一時期薩摩大隅日向守護家の14代・忠兼（後の勝久、12代・忠治、13代・忠隆の弟）の養子として迎えられる。しかし勝久は実久に誑かされ、守護復帰を目論んで貴久との養子縁組を解消した。ただし、近年の研究では傍流から当主になった勝久と重臣達の確執の存在や勝久に反発する重臣たちの中には貴久や実久を擁立する動きがあったこと、実久が一時期守護家当主および薩摩大隅日向守護として迎えられて国内をほぼ掌握していた時期が存在したことが明らかになっている[11]。

その後、勝久は実久により薩摩を逐われて、母方の実家である大友氏を後ろ盾として頼み豊後国へと亡命する。

貴久は実久と守護職を争い、遂にはこれを武力で退け、薩摩・大隅を制圧した。前述の研究では、この際に実久が重臣たちの擁立によって勝久に代わって守護に就任した事実は消されて、反逆行為として書き直されたと考えられている。
戦国時代から安土桃山時代

15代・貴久（相州家出身）は内城を築き、修理大夫に任ぜられた。