2013年（平成25年）9月30日、外務副大臣に就任。

2014年12月14日投開票の第47回衆議院議員総選挙で再選。

2016年（平成28年）1月4日、衆議院外務委員長に就任[14]。

2016年（平成28年）8月5日、再び外務副大臣に就任[15]。

2017年（平成29年）10月22日投開票の第48回衆議院議員総選挙で3選。

2018年（平成30年）10月、衆議院安全保障委員長に就任[16]。

2019年（令和元年）9月26日、衆議院議院運営委員会筆頭理事に就任。

2020年（令和2年）9月16日、菅義偉内閣で初入閣。防衛大臣に就任。

2021年（令和3年）夏ごろから杖を使い始め、同年9月には体調不良のため閣議を欠席。検査の結果、尿路感染症との診断を受けた。その後、2022年（令和4年）からは車椅子を使い始めた[17]。

2021年（令和3年）10月31日投開票の第49回衆議院議員総選挙で4選。
安倍晋三銃撃事件以後

2022年（令和4年）7月8日、実兄の安倍晋三が奈良市で参院選の遊説中、市内在住の男に背後から犯人自作の銃で射殺される（安倍晋三銃撃事件）[18]。

同年7月21日、晋三の妻の安倍昭恵は自民党本部で開かれた清和政策研究会（安倍派）の総会に出席し、晋三の死去に伴う山口4区の補選について「立候補する考えはない」と話した[19][20]。安倍家では、岸の長男の岸信千世（元フジテレビ社会部記者で、岸の大臣秘書官）[21]か次男から後継を出す案も検討されたが、本人らは同案を拒否した[22]。

同年8月10日、内閣総理大臣補佐官（国家安全保障に関する重要政策及び核軍縮・不拡散問題担当）に就任。同年11月18日、衆議院の小選挙区の数を「10増10減」する改正公職選挙法が参議院で可決[23]。山口県の小選挙区は「4」から「3」に削減され、山口2区は1区との調整により、周南市の全域が含まれることとなった。

同年12月11日、岩国市で行われた後援会の会合で「このあたりで（長男の）信千世に譲りたい」と発言。体調不良を理由に次期衆議院選挙には立候補しない考えを表明した。長男の岸信千世も会合に同席しており、「地域のために頑張りたい」と述べ、立候補する意欲を示した。公表にはまだ早いと考えていた関係者は「ここだけの話にしておいてください」と参加者へ口止めしていたが、岸の発言は会場の外に丸聞こえだったため、待機していた報道各社の記者の知るところとなった。会合後、報道陣は岸を取り囲んで発言内容を確認。岸が事実と認め、同日中に一斉に報じられた[24][25]。周南市に居所を構える山口1区の高村正大[26][27]との調整問題が浮上し、またSNSでは「選挙区はあんたの領地じゃない」「なぜ当たり前に世襲なのか」など批判の声が上がった[17]。12月15日、岸の後援会連合会長を務める柏原伸二は、朝日新聞の取材に対し、岸の体調悪化を受け止め「早期に議員を辞職し、補欠選挙が実施される可能性もある」との見通しを示した[28]。2023年1月14日、中国新聞など主要メディアは、岸が2月上旬にも議員辞職願を提出する意向を固めたと報じた[29][30]。2月2日に安倍派の会合にて近く議員辞職することを正式に表明[31]。翌3日に衆議院議長公邸に赴き議員辞職願を提出した。内閣総理大臣補佐官も同日辞職した[32][33][34]。同月7日の衆議院本会議で議員辞職が許可された[35]。
議員辞職後

議員辞職をした2023年2月7日、長男の岸信千世は岩国市内で記者会見し、4月23日に投開票される衆院山口2区補選（兄の晋三の死去に伴う山口4区補選も同日実施予定）に後継として立候補する意向を表明。自民党県連の候補者公募に応募すると述べた[36]。信千世はこの補選に自由民主党公認で立候補し当選を果たした[37]。
ギャラリー

参議院本会議での内閣総理大臣菅直人への代表質問にて（2010年10月8日）