岐阜県の河川は以下の6つの水系から構成される。
太平洋へ注ぐ水系・河川
木曽川水系：西濃、岐阜、中濃地域のほとんど、東濃地域北部および飛騨地方南部
木曽川
主な支流：付知川、阿木川、飛騨川、可児川
長良川
主な支流：吉田川、板取川、武儀川、津保川、伊自良川、境川
揖斐川
主な支流：坂内川、粕川、根尾川、牧田川
庄内川水系：東濃地域南部
庄内川（岐阜県内では土岐川と呼ばれている）
矢作川水系：東濃地域南部
矢作川
主な支流：上村川、明智川
日本海へ注ぐ水系・河川
神通川水系：飛騨地方北部
神通川（岐阜県内では宮川と呼ばれている）
主な支流：高原川
庄川水系：飛騨地方西部
庄川
九頭竜川水系：旧越前国である郡上市白鳥町石徹白地区
石徹白川
平地
主な平地
濃尾平野、高山盆地、古川国府盆地、東濃盆地など
その他の地形
主要な活断層
根尾谷断層、阿寺断層、跡津川断層、養老断層など
標高最高地点は奥穂高岳（飛騨地方）で3,190m。標高最低地点は海津市（美濃地方）の0m以下となっている。
自然公園
国立公園
中部山岳国立公園、白山国立公園
国定公園
飛騨木曽川国定公園、揖斐関ヶ原養老国定公園
県立自然公園
千本松原県立自然公園、揖斐県立自然公園、奥飛騨数河流葉県立自然公園、宇津江四十八滝県立自然公園、恵那峡県立自然公園
飛騨地方の大部分と美濃地方の一部は日本海側気候、美濃地方の大部分は太平洋側気候、飛騨地方・美濃地方の各一部は中央高地式気候となっており、標高差も大きいため同じ県内であっても気候差が大きい。県内全域で内陸性気候をあわせ持ち、一部地域は豪雪地帯・特別豪雪地帯でたびたび大雪に見舞われる。標高の高い地帯の西側に当たる為に雨雲が発達しやすく、年平均降水量は1700mm?2500mm程度と比較的多い。
冬は乾燥した晴天の日が多く、岐阜県西部では、伊吹おろしという乾燥した冷たい風が吹く。