北原白秋と共同して数多くの国民的歌謡、校歌等を創作した。

なお、山田の管弦楽曲・室内楽曲などの作品は未出版のものが多く、しかも自筆譜のほとんどが戦災により焼失してしまったため筆写譜としてしか保存されていないなどの事情があり、出版・演奏の機会がほとんどないものが多い。楽譜の大多数は日本近代音楽館に所蔵されており、日本楽劇協会が管理している。1997年に春秋社から作品全集（既刊12巻）の第1巻として初めて管弦楽曲のスコアが出版されたがパート譜は製作されなかった。近年になって日本楽劇協会監修の下、株式会社 ⇒クラフトーンにより一部の楽譜の校訂およびレンタル譜の製作が行われている。

2015年（平成27年）12月31日、著作権の保護期間を満了。
歌曲『我が家の唄』セノオ楽譜（1926年）

からたちの花（作詞：北原白秋）

この道（作詞：北原白秋）

中国地方の子守唄（編曲）

童謡

赤とんぼ（作詞：三木露風）

砂山（作詞：北原白秋）

ペチカ（作詞：北原白秋）

待ちぼうけ（作詞：北原白秋）

あわて床屋（作詞：北原白秋）

オペラ

あやめ

黒船（初演当初は「夜明け」）

堕ちたる天女

香妃（未完。弟子の團伊玖磨が補筆完成）

交響曲・交響詩

交響曲ヘ長調『かちどきと平和』 (1912)

交響曲『明治頌歌』(1921)

長唄交響曲第3番『鶴亀』(1934)

舞踏交響曲『マグダラのマリア』(1916)

交響詩『暗い扉』(1913)

交響詩『曼陀羅の華』(1913)

その他の管弦楽曲

序曲ニ長調

『君が代』による御大典奉祝前奏曲

劇音楽『星の世界へ』（木下杢太郎の戯曲による）

劇音楽『わしも知らない』（武者小路実篤の戯曲による）

舞踊詩曲『青い焔』

舞踊詩曲『明暗』

舞踊詩曲『盲鳥』

満州国建国十周年慶祝曲

映画音楽

『黎明』

『新しき土』

『戦国群盗伝』

『国民の誓』

『牧場物語』

『川中島合戦』

室内楽曲

ピアノ五重奏曲『婚姻の響』

弦楽四重奏曲第2番ト長調

「この道」を主題とせる変奏曲（フルート、ピアノ）

ピアノ曲

『源氏楽帖』（全7曲）

ピアノのための『からたちの花』

『スクリアビンに捧ぐる曲』

合唱曲

『秋の宴』（作詞：エドゥアルト・メーリケ） - 1912年、ベルリン王立高等音楽学校の卒業制作として作曲。

カンタータ『聖戦讃歌 大陸の黎明』

軍歌・戦時歌謡

森脇佐喜子は自著で、山田耕筰が107の戦争協力の曲を作ったと批判している[16]。

燃ゆる大空

翼の凱歌

米英撃滅の歌

アッツ島決戦勇士顕彰国民歌

サイパン殉国の歌

曙に立つ

小国民決意の歌

なんだ空襲

国民歌

明けゆく空（青年の歌）

空は青雲?全国青年団民謡?

全女性進出行進曲

霊峰富士

健康歌

大学校歌明治大学で歌唱指導を行う山田耕筰（1930年） [17]

岩手医学専門学校（現：岩手医科大学）校歌（作詞：土井晩翠）

芝浦工業大学校歌（作詞：北原白秋）

東京大学（運動会歌）「大空と」（作詞：北原白秋）

日本大学校歌（作詞：相馬御風）

中央大学第二校歌（作詞：小林一郎）

明治大学校歌「白雲なびく」（作詞：児玉花外）[18][19]

東洋大学校歌「亜細亜の魂」（作詞：林古渓）