1993年（平成5年）、ヘアヌード写真集を出版し話題となる。朝日放送のラジオ番組『誠のサイキック青年団』（関西ローカル）でパーソナリティの北野誠と竹内義和が山本の写真集を辛辣にこき下ろしたところ、この放送を聞いたファンからの通告で番組内の発言内容を知った山本は激怒し、名誉毀損として1億円の損害賠償を請求した。その後、山本同席の下で番組側が全面謝罪することにより示談が成立。各メディアでは、記者会見にて北野と竹内が平身低頭で謝罪する姿が全国的に大きく報じられた。

1997年（平成9年）、テレビアニメ『新・天地無用!』の主題歌「夢はどこへいった」を発売。約20年ぶりにシングルランキングでもオリコンチャートへの復帰を果たす。
2000年代

2001年（平成13年）5月3日、7歳年上の常葉大学教授稲葉光彦と結婚。山本にとってこれが初婚である。

2005年（平成17年）、アサヒ飲料の缶コーヒーのCMに起用される。

また、代表作「どうにもとまらない」の歌詞をアレンジした「どうにもとまらない?ノンストップ」が発売され（リメイクされた詞は阿久悠が「今の若い人達に夢や希望をたくさん送ってあげたい」という想いから新たに書いたもの）、テレビアニメ『レジェンズ 甦る竜王伝説』のエンディングテーマに採用された。これを記念して、同アニメには山本自身もゲストキャラとして1度だけ出演した。なお、「どうにもとまらない?ノンストップ」には英語バージョンも存在し、こちらも同じく『レジェンズ 甦る竜王伝説』の初期エンディングテーマとして流れていた。作詞はGary Perlman、歌はBrenda Vaughnがそれぞれ担当している。

2007年（平成19年）、宅配ピザチェーン、ドミノ・ピザのテレビCMソングとして、「どうにもとまらない」の替え歌「ド?ミノとまらない♪」が起用される。このCMではお笑いタレントの劇団ひとりが演じるドミノ・ピザのイメージキャラクター「ドミノ★スター」が、多くのドミノ・ピザ・ファンが取り囲むステージ上で同曲を熱唱している。
2010年代

2010年1月、9mm Parabellum Bulletによって『どうにもとまらない』がカバーされる。山本は「9mmバージョンの『どうにもとまらない』は、彼達らしいかっこいいサウンドの中のとってもさわやかなボーカルが印象的でした」とカバー曲を評した上で、同バンドに対しても「この度ほかの楽曲も聴かせていただきましたが、かっこいい。たくさんいい楽曲を作って、大きく羽ばたいてほしい思いです」とエールを送っている。

2013年（平成25年）10月14日、北九州市制50周年関連イベントとして開催された「第6回北九州ミュージックフェスタ」のフィナーレライブにゲストで呼ばれ、その席で市長北橋健治から「北九州市特命大使（文化）」を委嘱された[14]。

同年12月4日に放送された『2013 FNS歌謡祭』では、倖田來未とのコラボレーションで『どうにもとまらない』を披露した。

2016年（平成28年）の第59回オールスター競輪（松戸競輪場）では花束贈呈を担当（前年の第58回でもイベントを実施した）[15][16]。
ディスコグラフィ
シングル

1?12：ミノルフォン、13?18：ハーベスト、19?42：キャニオン・レコード、43：Sony Records、44：テイチク、
45：パイオニアLDC、46・48?：徳間ジャパン、47：ティーワイ。

#発売日A/B面タイトル作詞作曲編曲オリコン
最高順位規格品番
11966年
9月20日A面こまっちゃうナ遠藤実-KA-80
B面海と山の歌
21966年
11月25日A面夢見るわたしKA-87
B面ごめんなさいママ
31967年
3月1日A面涙がとまらないKA-112
B面初めてのキッス稲葉爽秋遠藤実
41967年
3月1日A面
[注 2]世界の国からこんにちは島田陽子中村八大只野通泰KA-118
51967年
7月10日A面ミニミニデート樋詰喜久子遠藤実KA-143
B面恋の急行列車稲葉爽秋只野通泰
61967年
10月1日A面ボーイフレンド遠藤実只野通泰KA-164
B面たそがれの渚稲葉爽秋遠藤実
71967年
10月10日A面サンタが町にやってくる神戸孝夫J.F.Coots只野通泰KA-162
B面ジングル・ベル小川道雄J.L.Pierpont
81968年
3月10日A面帰らなくちゃ三宅正蔵遠藤実KA-190
B面ワンダフル トウキョウ幸田栄ベン・ミラー
91968年
6月10日A面白鳥の湖米田信一現英生只野通泰KA-202
B面涙のおくりものイケダミヨコ越純平
101968年
6月20日A面フリ・フリ5幸田栄遠藤実KA-218
B面たそがれの渚稲葉爽秋
111968年
8月10日A面
[注 3]明るいわが家下浦常市衣笠博彦重田恒雄KA-226
121968年
10月10日A面砂に埋めた涙遠藤実KA-235
B面忘れないで稲葉爽秋遠藤実
131969年
2月10日A面チキチキバンバン岩谷時子R.Sherman東八郎YA-1
B面恋はみずいろ漣健児A.Popp石川皓也
141969年
6月1日A面恋のバンバン阿部マリベン・ミラー竹村次郎YA-5
B面はたちのシャッフル
151969年
9月1日A面ちょっとだけ中村小太郎田辺信一YA-11
B面あなたの好きなタータンチェック田辺信一小山内たけとも
161970年
3月1日A面トンボのメガネ遠藤実牧野昭一YA-22
B面愛のくさり阿部マリ遠藤実河合英郎
171970年
9月1日A面涙は紅く橋本淳筒美京平YA-31
B面バイバイ・ブルース大日方俊子
181971年
2月1日A面水に流すわ橋本淳YA-39
B面涙の花束
191971年
10月25日A面白い街に花が山上路夫三木たかしA-78
B面あしたからの私
201972年
6月5日A面どうにもとまらない阿久悠都倉俊一3位A-108
B面青い月夜は
211972年
9月5日A面狂わせたいの6位A-126
B面もっといいことないの
221972年
11月25日A面じんじんさせて10位A-146
B面白い雨が降る
231973年
2月25日A面狙いうち14位A-152
B面夢やぶれて
241973年
6月10日A面燃えつきそう15位A-168
B面行きずりの二人
251973年
8月25日A面ぎらぎら燃えて31位A-183
B面ある愛
261973年
12月10日A面きりきり舞い28位A-197
B面憎いあいつ
271974年
4月10日A面真赤な鞄66位A-213
B面恋の冒険
281974年
7月10日A面奇跡の歌-A-225
B面完全にしあわせ三木たかし
291974年
8月25日A面闇夜にドッキリ都倉俊一穂口雄右A-228
B面きっとまた都倉俊一
301975年
2月10日A面恋は熱烈岡田冨美子加瀬邦彦萩田光雄A-247
B面ちぎれた約束
311975年
6月25日A面ウブウブ伊藤裕弘A-271
B面あした消えても
321975年
10月25日A面やけどしそう馬飼野康二A-286
B面過去
331976年
2月10日A面私の恋人、たいやきくん!中山大三郎穂口雄右あかのたちお98位A-298