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商船三井オーシャンエキスパート（前身企業の1つの松岡汽船は松岡修造 (実業家)が創業。その玄孫かつ阪急電鉄創業者小林一三の曾孫が元テニスプレーヤーでスポーツコメンテーターの松岡修造）

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不祥事・事故商船三井の多くの船が便宜置籍船

2006年7月24日に、商船三井が運航していた自動車運搬船「COUGAR ACE」が、日本から北米向けにマツダ及びいすゞ製の車両を5000台弱を輸送していた途中、アリューシャン列島南方沖にて大きく転覆。乗員は全員アメリカ沿岸警備隊およびアメリカ空軍のヘリコプターで救助され、船もその後シアトルまで曳航されたものの、搭載していた全車両はマツダ及びいすゞの意向により廃棄処分となった。尚本船は修理された後運航に復帰し、2020年に除籍されるまで運航されていた。

2019年1月8日（発表日） - 豪華客船「にっぽん丸」が、2018年12月30日午後9時過ぎ、グアムの港で桟橋と接触する事故を起こし、現地当局の検査で男性船長（50代）からアルコールが検知されたと発表した。日本の基準を超える量であった。事故はグアムを出発した直後に発生。男性船長が操船し、船の後部に穴があくなどした。乗員乗客計624名にけがはなく、燃料漏れもなかった[11]。2019年3月8日、国土交通省は、当社に対し海上運送法第19条第2項に基づく輸送の安全の確保に関する命令を出した[12]。

2020年7月26日に、長鋪汽船の関連会社を通じてチャーター（用船契約）した貨物船「WAKASHIO」がインド洋モーリシャス沖にて座礁、大量の重油が流出[13]。モーリシャス政府はサンゴ礁などが被害を受け危機的な状況にあるとして環境上の緊急事態を宣言した[14]。