文治2年（1186年）後白河院は大田庄を高野山（金剛峯寺）に寄進、尾道も高野山領となる[17][25]。大田庄の年貢である米やゴマは、倉敷地である尾道で一旦保管され良い天候まで待ち、そこから船で高野山の港である紀伊湊まで運ばれていった[33]。また建久5年（1194年）高野山は大田庄へ半畳12帖貢納を命じており[35]、この頃から筵・畳（備後表）が作られていたことになる。これらの運搬は荘官の下で任務にあたっていた“問”“問丸”“舵取り”等呼ばれた海運業者が行っていた[33][31]。文永7年（1270年）から尾道の港で独自に津料（関税）を徴収している[31]。海龍寺。かつては曼荼羅堂と呼ばれ定證が浄土寺中興の際に安居していた。寛元3年（1245）渕信は定證に寄進、徳治2年（1307）浄土寺塔頭となった[36]。

寛元3年（1245年）高野山は尾道に和泉法眼淵信を預所として派遣し、年貢米の輸送と管理にあたらせた[17][31]。淵信はここから30年近く尾道を管理し、弘安9年（1286年）浄土寺別当となっている[31][37]。この頃になると淵信は尾道で権力を持つとともに高野山の意思とは別に独自に動き出して莫大な富を得ていた[33][17][37]。ただ淵信は正安2年（1300年）公文百姓から訴えられ預所から退いている[37]。荒れ果てた浄土寺が西大寺の定証によって中興されるのはこの時期である[37][38]。

中世の尾道は、現在の尾道本通りあたりが海岸線だった[39]。長江・十四日と久保の2つに入江があり、入江を中心に港町が形成された[39]。遺物の出土状況から、13世紀から14世紀初頭の尾道の中心地は、浄土寺や西國寺を後背に持つ坊地口周辺であったと考えられている[17]。入江の集落から傾斜地の寺社に向けて小路が繋がっていた[39]。この頃から尾道は港町として大きく発展し、有力な海運業者や商人が出現した[17]。そして海賊（交易品を強奪する盗賊ではなく水先人として通行料を得ようとするもの）が現れ、中には地元有力者と結びつくものも現れた[33][37][40]。

備後守護所は鎌倉時代初期には瀬戸長和庄（福山市）にあり、長井貞重が治めていた[37]。文保2年（1318年）西国悪党を鎮圧する目的で京都（六波羅探題）から使節が尾道に派遣されたが、雑掌はそれを拒否した[37]。使節は翌文保3年（1319年）に帰洛するが、その1ヶ月後に悪党がいるとして守護貞重は尾道に代官円清高を派遣した[37]。このときの尾道の人口は5,000人を超えており[34]、代官清高らは数々の悪行をし、仏閣社殿数カ所と政所・民家1,000戸あまりを焼き払った[37]。高野山が院に守護貞重の狼藉を訴えたことで収まった[37]。のちに長井氏は守護所を尾道に置いた[37]。
中世の繁栄持光寺山門。この寺は承和年間（834年 - 848年）慈覚大師により草創。この山門の建立年度は不明で元々は鐘楼が乗っていたと考えられている。36枚の花崗岩からなり、尾道の石工を代表するものである[41][42][43]。