当駅東側の踏切（土堂踏切）は、1999年頃までは踏切小屋があり、踏切番がハンドル操作で通過列車の折合いを見ながら遮断機上げ下げを行っていた。現在は警報機付自動踏切に更新されている。
年表明治・大正期の尾道駅

1891年（明治24年）11月3日：山陽鉄道が福山駅から延伸し、その暫定的な終着として開業[1]。旅客・貨物の取扱を開始[1]。

1892年（明治25年）7月20日：山陽鉄道が三原駅（初代、現在の糸崎駅）まで延伸し、途中駅となる。

1896年（明治29年）12月：当駅を含む山陽鉄道の主要7駅にポーターが配置される。

1902年（明治35年）：尾道駅が公衆電報の取り扱いを開始。

1903年（明治36年）：山陽鉄道が尾道 - 多度津間に航路開設。

1906年（明治39年）12月1日：山陽鉄道国有化[1]、官設鉄道の駅となる。

1909年（明治42年）10月12日：線路名称制定、山陽本線所属となる。

1910年（明治43年）6月12日：宇高連絡船（宇野駅 - 高松駅間）の開設により、尾道駅 - 多度津駅間航路を瀬戸内海汽船に譲渡。

1911年（明治44年）：尾道 ‐ 高浜（松山市）間に航路開設。

1922年（大正11年）：尾道 ‐ 今治直行便が就航。

1928年（昭和3年）7月：駅舎改築、現在の地下道を新設。

1933年（昭和8年）3月23日：尾道鉄道が乗入。

1947年（昭和22年）7月15日：北口新設。

1950年（昭和25年）12月2日：臨港線開通。

1952年（昭和27年）：家畜積み下ろし専用線とホームを新設。

1964年（昭和39年）8月1日：尾道鉄道線が廃止となる。

1965年（昭和40年）9月24日：みどりの窓口営業開始。

1983年（昭和58年）12月25日：貨物の取り扱いを廃止[1]。

1986年（昭和61年）11月1日：（新聞紙を除く）荷物扱いを廃止[1]。

1987年（昭和62年）4月1日：国鉄分割民営化により、西日本旅客鉄道（JR西日本）の駅となる[1]。

2007年（平成19年）9月1日：ICカード「ICOCA」の利用が可能となる。

2016年（平成28年） 10月1日：当駅が始終着となる観光列車La Malle de Boisの車両を用いた「ラ・マルしまなみ」運行開始[9]。

2017年（平成29年）5月16日：現駅舎の使用を終え、仮設駅舎での営業開始[10]。

2019年（平成31年）3月10日：建替えられた南口新駅舎使用開始[5][6][7][8][11]。ツネイシホールディングス傘下の新会社TLB株式会社が駅舎2階部分の商業施設の運営にあたる[12]。

2020年（令和2年）

9月：駅ナンバリング導入、使用開始[13][14]。

10月12日：TLB株式会社が、新型コロナウイルスの感染拡大の影響により収益改善の見通しが立たないため、自社で運営するテナント撤退を発表。ホテルを10月31日までに閉店し、その後残る3店舗を2021年2月28日までに閉店する予定であると発表した[15]。


2021年（令和3年）

1月11日：TLB株式会社が運営する全店舗が撤退[16]。