父島と母島にそれぞれ村営診療所があり医師と歯科医師がそれぞれ常駐している。問診のみならず、一般的な血液検査機器（自動血球計算器、自動生化学測定器など）および、超音波画像診断装置、上部消化管内視鏡、単純X線撮影装置、X線透視装置、ヘリカルスキャンCT装置が両島に配備されている。これは特に母島診療所においてこの規模の離島としては国内に類を見ない設備[73]である。これを補完するために専門医による診療は定期的巡回診療の際に行われる。

診療所で対応困難な急病人が発生した場合は村役場からの連絡を受け、東京都知事が海上自衛隊に出動要請を行って海上自衛隊機で搬送することになる（後述）。
急患搬送

本土から小笠原諸島へは非常にアクセスしにくいため、島内で急を要する重病が発生した場合は自衛隊や海上保安庁による搬送が行われる。海上自衛隊硫黄島航空基地所在の救難ヘリコプターにより一旦硫黄島へ向かい、硫黄島から自衛隊や海上保安庁の航空機によって本土に搬送される方法、または海上自衛隊岩国基地所在の第31航空群第71航空隊が海上自衛隊厚木基地に常時1機待機させている救難飛行艇で本土へ搬送する方法があったが、現在は厚木への前進待機が中止されている為、全て硫黄島経由で搬送されている。以前は小笠原のヘリポートに夜間照明が設置されていなかったため「夜間に発病すると手遅れ」とも言われていた[52]が、現在は夜間でも搬送ができる。
交通父島・二見港（奥におがさわら丸が接岸中）おがさわら丸（父島二見港）ははじま丸（母島沖港）共勝丸（東京港月島ふ頭）待機中の小笠原村営バス

父島と母島以外の島行の公共交通機関又はそれに準ずる一般客向け輸送機関は存在しない。また、父島や母島へ行く場合も交通手段はおがさわら丸、ははじま丸のみ。
父島へのアクセス

小笠原海運「おがさわら丸」

東京港（竹芝桟橋）と父島（二見港）を結ぶ貨客船（所要時間24時間、おおむね観光シーズンは3日に1便、オフシーズンは6日に1便就航）。片道運賃は等級によって異なり、2万2570円 - 5万6490円、夏期 2万5100円 - 6万2790円）。2016年（平成28年）7月、新造船である 3代目おがさわら丸の就航により所要時間が約1時間30分短縮された。

テクノスーパーライナー (TSL)「SUPER LINER OGASAWARA」（最高時速約70km、総トン数1万4500トン、乗客数740人）が2006年春以降に就航する計画があり、実現できれば所要時間は約17時間に短縮される見込みだった。しかし、おがさわら丸に比べ接岸時には悪天候に弱く、また高速航行でエネルギー効率（燃費）が悪く（船は速度が上がるにつれて造波抵抗の影響でエネルギー効率が悪くなる）、原油価格の高騰も理由として、小笠原海運は2005年8月にTSLの就航中止を発表した。


共勝丸「共勝丸」

東京港（月島ふ頭） - 父島（二見港） - 母島（沖港）を結ぶ貨物船で、東京港（月島）と父島間を所要45時間程度で結ぶ。海況が悪い時は何日も余計にかかることもある。

主たる貨物としてガソリンやプロパンガスなどの危険物（旅客船には法令により危険物を積載することができない）や建設資材などの重量物や食料品（アイスクリームなどの冷凍品を含む）・日用雑貨などを島に運搬する。島から月島埠頭までは、空き缶・空き瓶や使用済みペットボトル、廃車などの廃棄物を運搬する。おがさわら丸がドック入りの際は、郵便物の輸送も行う。


母島へのアクセス

伊豆諸島開発「ははじま丸」

父島二見港と母島沖港を結ぶ貨客船。1日0.5 - 1往復就航（所要時間 2時間、休航日あり）。おがさわら丸入出港日は接続するダイヤを組む（片道運賃 1等7,560円、2等3,780円）。


共勝丸「共勝丸」

東京港と母島を乗り換え無しで結ぶ唯一の船便。父島 - 母島間は所要約 3時間（東京 - 母島間の片道運賃 2万円、父島 - 母島間の片道運賃2000円）。現在、旅客輸送は行っていない[74]。


父島内

父島には小笠原村営バスが運行されている（東京都シルバーパス使用可）。他には観光タクシー、レンタカー、レンタルスクーター、レンタサイクルがある。諸島外から自家用車やバイクを持ち込む場合は貨物扱いとなり、125cc以下のバイクはチッキ（受託手荷物）扱いとなる。
母島内

母島には定期公共交通機関がない。レンタカー、レンタルスクーターがある。