1993年2月には、主演ドラマ『愛するということ』の主題歌としてリリースされた34枚目シングル「優しい雨」が累計出荷枚数143万枚のオリコン2位を獲得した。
私生活においては、1995年2月22日、俳優・永瀬正敏と結婚したが、9年後の2004年2月22日に離婚[1]。2006年公開の映画『さくらん』が離婚後の初共演となった。
1997年、『 紙のドレスを燃やす夜』で初舞台[19][13]。以来、積極的に舞台で活動[13]。1998年、『踊る大捜査線 THE MOVIE』でシリアルキラー役を怪演し、演技派として認められる[13][20][21]。2001年、相米慎二監督の映画『風花』で主演し、日本アカデミー賞優秀主演女優賞などを受賞した[13]。2004年、蜷川幸雄と岩松了の『シブヤから遠く離れて』、2009年、シス・カンパニーの『楽屋?流れ去るものはやがてなつかしき?』などで高評価を得た[13]。
2005年1月、読売新聞の読書委員に就任し、日曜読書面で書評を執筆[22][5][23]。同年7月より、テレビ朝日系列で放送されていたテレビアニメ『あたしンち』のオープニングテーマ曲が「あたしンちの唄」に変更された。当初のクレジットタイトルには歌手名に「あたし仮面（仮）」と記され正体が隠されていたが、同年8月27日の同番組の放送でその正体が小泉であると発表された。
2005年10月、『空中庭園』主演で、ブルーリボン賞主演女優賞など受賞[13]。2008年、『グーグーだって猫である』[注釈 4]、『トウキョウソナタ』など主演作で、報知映画賞主演女優賞など受賞[13]。2009年 - 2011年、シス・カンパニーの舞台に多数出演[13]。
2011年2月公開の映画『毎日かあさん』にて、離婚後6年の歳月を経て元夫の永瀬正敏と夫婦役で共演して話題を呼んだ[24][13][注釈 5]。永瀬は同映画で『第20回日本映画批評家大賞』の主演男優賞に選ばれ、同年5月28日に行われた授賞式で、小泉を「『主役とは何だ』ということを非常によく分かっている女優さん。現場をすべて背負って走り抜ける覚悟がある大した人だなあと思いました」と絶賛した[25]。
2013年には連続テレビ小説『あまちゃん』にて主人公・天野アキ（のん）の母親・春子役として出演。また同ドラマ劇中歌である宮藤官九郎作詞の「潮騒のメモリー」は、オリコン最高2位・25週チャートインのヒット作となる[1]。
2015年、製作会社『明後日』（あさって）を設立[26][14][9]。
2016年、舞台、映像、音楽、出版などを企画製作するプロジェクト「明後日」を立ち上げ、第1弾作品として舞台『日の本一の大悪党』で初めて演出とプロデュースを手掛ける[27]。また、6月24日には『徹子の部屋』に初出演を果たした。
2016年10月には株式会社明後日主催でフジテレビオンデマンド初のオリジナル音楽番組『PARK』と連携した音楽イベント「GO→TO」を開催。
2017年10月にはTBS系連続ドラマ『監獄のお姫さま』にて主演を務める。小泉にとってTBS系連続ドラマの主演は、2001年の『恋を何年休んでますか』以来16年ぶり[28]。
2018年1月31日付を以てデビュー以来36年間所属していたバーニングプロダクションから独立。今後の活動は先述にもある2015年に小泉自身が立ち上げていた制作会社明後日で舞台の制作やプロデュース業等を行う[26]。
2018年2月1日、かねてより週刊誌などで報じられていた、俳優で妻子ある豊原功補との恋愛関係を公に認め[26]、それ以降は豊原の活動を公私にわたり支えている[29]。
2018年6月15日に、独立以前から決まっていた女優業などの仕事に関しては契約通りに行い、他の女優、歌手業についてはしばらく休養し、舞台の制作などプロデューサー業に力を入れることを発表[30]。独立前の最後の出演作は、映画『食べる女』や舞台『お蘭、登場』などである[31][32]。
2020年8月21日、これまでに発表してきた楽曲の音楽配信が、各サブスクリプションサービスで開始[33]。
2021年4月6日、上田ケンジとユニット「黒猫同盟」を結成[34][35]。Spotifyオリジナル・ポッドキャスト番組『ホントのコイズミさん』のオリジナルテーマ曲を制作[36]。同年9月29日、アルバム「Un chat noir」でデビュー。
2022年1月、TikTokでの配信を開始。デビュー40周年を記念して、1月21日より4週連続金曜日にKOIZUMI FRIDAY with TikTokを配信。
2022年2月4日、公式YouTubeチャンネル「小泉今日子」を開設[37]。
2023年11月から12月に開催された「KYOKO KOIZUMI CLUB PARTY 90's」(KKCP)全国11都市で開催されたLIVEのプロデューサー・演出を自身が担当した[38]。
2024年4月に開催された「小林聡美 NIGHT SPECTACLES チャッピー小林と東京ツタンカーメンズ」を演出[39]。
2024年4月19日に安野ともこ、高木完、きしくり達と、「東京ヴィンテージガールズ」プロジェクトを立ち上げる。
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