1985年の連続テレビドラマ主演作『少女に何が起こったか』は、毎回20%以上を越える高視聴率を獲得し、小泉の代表作のひとつとなる[1]。また当時、小泉の元には主演ドラマのオファーが9本舞い込んでいたという[17]。
同年11月、約30万枚のセールスを記録した17枚目シングル「なんてったってアイドル」においては、当時自らアイドルと自称するアイドル歌手が殆ど存在しなかった中で、「私はアイドル」と堂々と歌い上げた歌詞が話題となる[2][13]。作詞を担当し、また小泉とも親交のあった秋元康は、「"アイドル・小泉今日子"をイメージして作詞をし、アイドルであることを楽しむ、あるいは遊ぶ、新時代のアイドルの形を創り出した」と語っている。また秋元は俳優業としての小泉について、「（小泉主演作よりも）森光子といかりや長介がメインの『おかあさん-たぬき屋の人々』が一番魅力的だった」と語っている[17]。

アーティストとしても前衛的な姿勢で頭角を現し、1989年5月にリリースした14枚目アルバム「KOIZUMI IN THE HOUSE」においては、近田春夫のプロディースで当時邦楽シーンではマイナーであったハウスミュージックを導入した[13][18]。またスタッフに委ねていた楽曲や衣装などの構想においても、次第に自らの意見を積極的に提案するセルフプロデュースを行うようになる[1][12]。同年10月、フジテレビ系列にて放送された『愛しあってるかい!』においては、平均視聴率22.6%、最高視聴率は26.6%を越えるヒット作となり、小泉の代表作のひとつとなった[13]。また、主題歌であり、フィンガー5のカバーソングである28枚目シングル「学園天国」は売上33.5万枚のヒットを博した。

1991年5月リリースの32枚目シングル「あなたに会えてよかった」は、小泉自らが作詞を手がけ、主演ドラマ『パパとなっちゃん』の主題歌としても起用された。同作品はミリオンセラーを記録（累計出荷枚数158万枚）[2]し、自身最大のヒット曲となった（80年代アイドルで初めてのミリオンセラーでもある）[13]。また、『第33回日本レコード大賞』にて、作詞賞とゴールドディスク賞を受賞する。

1993年2月には、主演ドラマ『愛するということ』の主題歌としてリリースされた34枚目シングル「優しい雨」が累計出荷枚数143万枚のオリコン2位を獲得した。

私生活においては、1995年2月22日、俳優・永瀬正敏と結婚したが、9年後の2004年2月22日に離婚[1]。2006年公開の映画『さくらん』が離婚後の初共演となった。

1997年、『 紙のドレスを燃やす夜』で初舞台[19][13]。以来、積極的に舞台で活動[13]。1998年、『踊る大捜査線 THE MOVIE』でシリアルキラー役を怪演し、演技派として認められる[13][20][21]。2001年、相米慎二監督の映画『風花』で主演し、日本アカデミー賞優秀主演女優賞などを受賞した[13]。2004年、蜷川幸雄と岩松了の『シブヤから遠く離れて』、2009年、シス・カンパニーの『楽屋?流れ去るものはやがてなつかしき?』などで高評価を得た[13]。

2005年1月、読売新聞の読書委員に就任し、日曜読書面で書評を執筆[22][5][23]。同年7月より、テレビ朝日系列で放送されていたテレビアニメ『あたしンち』のオープニングテーマ曲が「あたしンちの唄」に変更された。当初のクレジットタイトルには歌手名に「あたし仮面（仮）」と記され正体が隠されていたが、同年8月27日の同番組の放送でその正体が小泉であると発表された。

2005年10月、『空中庭園』主演で、ブルーリボン賞主演女優賞など受賞[13]。2008年、『グーグーだって猫である』[注釈 4]、『トウキョウソナタ』など主演作で、報知映画賞主演女優賞など受賞[13]。2009年 - 2011年、シス・カンパニーの舞台に多数出演[13]。

2011年2月公開の映画『毎日かあさん』にて、離婚後6年の歳月を経て元夫の永瀬正敏と夫婦役で共演して話題を呼んだ[24][13][注釈 5]。永瀬は同映画で『第20回日本映画批評家大賞』の主演男優賞に選ばれ、同年5月28日に行われた授賞式で、小泉を「『主役とは何だ』ということを非常によく分かっている女優さん。現場をすべて背負って走り抜ける覚悟がある大した人だなあと思いました」と絶賛した[25]。

2013年には連続テレビ小説『あまちゃん』にて主人公・天野アキ（のん）の母親・春子役として出演。また同ドラマ劇中歌である宮藤官九郎作詞の「潮騒のメモリー」は、オリコン最高2位・25週チャートインのヒット作となる[1]。

2015年、製作会社『明後日』（あさって）を設立[26][14][9]。

2016年、舞台、映像、音楽、出版などを企画製作するプロジェクト「明後日」を立ち上げ、第1弾作品として舞台『日の本一の大悪党』で初めて演出とプロデュースを手掛ける[27]。また、6月24日には『徹子の部屋』に初出演を果たした。

2016年10月には株式会社明後日主催でフジテレビオンデマンド初のオリジナル音楽番組『PARK』と連携した音楽イベント「GO→TO」を開催。

2017年10月にはTBS系連続ドラマ『監獄のお姫さま』にて主演を務める。