1934年（昭和9年）建築の北海道内初となる鉄骨鉄筋コンクリート造（RC造）の駅舎[24]。昭和初期のRC造による現役駅舎として希少であり、岡山駅（1926年）、横浜駅（1928年）、両国駅（1929年）、上野駅（1932年）と続く一連の同形式の近代的駅舎に位置づけられている[25]。エントランスホールやホームに飾られているランプは、当時の駅長が「小樽駅の特色を出したい」と北一硝子に要望し、1987年（昭和62年）に北一硝子がランプ108灯を駅へ寄贈したことに始まり、1999年（平成11年）には改札口上の窓とホームに設置するランプを寄贈して合計が333灯になった[26]。レトロな雰囲気が残る駅長室は2011年（平成23年）に使用停止となった[新聞 5]。

島式ホーム2面4線を有する築堤上の地上駅。ホームは駅舎の2階相当の高さにあり、改札口から連絡通路を経由して階段を上ってホームへ向かう。ホームの付番は駅舎側から5、4、2、1番線で、5番線は行き止まり式のホームであり[注釈 2]、3番線はホームに面さない中線になっている。札幌・新千歳空港方面の快速「エアポート」は主に5番線（一部は4番線）に発着し、余市・倶知安方面の列車は主に4番線に発着する。かつてのホーム番号は駅舎側から0、1、2、3番線となっていたが[27]、1998年（平成10年）の函館本線・宗谷本線（小樽 - 永山間）列車運行管理システム導入に伴って番号が振り直しされ[注釈 3]、現在の番号に変更された。2003年（平成15年）に駅開業100周年を記念し、小樽にゆかりのある石原裕次郎に因んで4番ホームに「裕次郎ホーム」の愛称がつけられた[17]。これは、かつてNHKの番組ロケーション撮影で訪れた際、このホームに降り立ったのが由来である。ホームには等身大パネルが設置され、番号表示灯の数字「4」をヨットに見立ててデザインしているほか、裕次郎の曲も流されている。

終日社員配置駅。みどりの窓口・ジェイアール北海道レンタリース（駅レンタカー）小樽営業所・自動券売機・話せる券売機[1]・自動改札機を設置している。Kitacaは札幌方面のみ利用可能。店舗エリアは2012年（平成24年）にリニューアルし、「ノスタルジック・モダン」をコンセプトに5店舗が展開している[報道 4]。

管理駅として蘭島駅?朝里駅の各駅を管理している。
のりば

番線路線方向行先
1・2・4■函館本線上り倶知安・長万部方面
下り手稲・札幌・岩見沢・新千歳空港方面
5

（出典：JR北海道:駅の情報検索）

改札口

店舗エリア

改札内にある発車時刻案内板

地下連絡通路

ホーム全体

1・2番線ホーム

4・5番線ホーム

5番線ホームの車止め

駅コンコースにあるランプ

むかい鐘

石原裕次郎のパネル

利用状況

北海道によると、JR北海道提供の乗車人員（特定の平日の調査日）平均は下記のとおり。

2013 - 2017年（平成25 - 29年）：7,717.2人[28]