2010年（平成22年）2月まで高学年向けに『小学五年生』と『小学六年生』、2012年（平成24年）2月まで中学年向けに『小学三年生』と『小学四年生』が発行されていた。この内『小学五年生』は1922年の創刊当初「児童の成長を阻害する天井を取り払う」意味を込めて数字の「五」の上部の線を無くした独自の題号を使用していた[7]。また『小学六年生』では2005年（平成17年）以降、表紙において略称の「小六」を強調した題号を使用していた。
『五年生』と『六年生』は部数の低迷から、2009年度いっぱいで廃刊することが2009年（平成21年）10月26日に発表され[8]、『五年生』は2010年（平成22年）2月3日発行の3月号、『六年生』は2009年（平成21年）12月28日発行の2・3月合併号が最終号となった。小学館側は部数低迷の一因を「男女の嗜好の差」と「情報・趣味・嗜好の多様化」としている[9]。
休刊した高学年2誌に代わり、2010年（平成22年）4月15日に小学校高学年と中学生を読者ターゲットとした学習マンガ誌『GAKUMANplus』を隔月刊で創刊したが、2011年（平成23年）10月発売の11/12月号で廃刊した。休刊前の2誌が網羅していた女子向けローティーンファッション関連の情報は『DiaDaisy』（増刊）が年齢層を中学生にまで引き上げる形で引き継いだが、2010年（平成22年）8月までに3号が発売されたのみに留まり、事実上廃刊した。
中学年向けの『小学三年生』と『小学四年生』も2012年（平成24年）2月3日発売の同年3月号を以て廃刊した。
『三年生』と『四年生』の発行に変わる企画として中・高学年向けの『小学館の学習ムック』の発刊が発表され[10]、2012年（平成24年）3月31日に第1号として『コナンをめざせ！謎解きチャレンジ 2012』が発行されたのを皮切りに、以後不定期に発行されている[11]。
さらに、『小学二年生』も「「子どもの環境の大きな変化」と「趣味・嗜好の多様化」で読者のニーズと合致しない」という判断で2016年（平成28年）12月26日発売の17年2・3月合併号で廃刊する事となった[12]。
一方で『ドラゼミ』の小学2年生 - 6年生コースは2019年3月号まで存続していた。 かつては中学生を対象とした学習雑誌である『中学生の友』（1949年（昭和24年） - 1963年（昭和38年））と、女子中学生・高校生を対象とした学習雑誌である『女学生の友』（1950年（昭和25年） - 1977年（昭和52年））、『プチセブン』の前身）も発刊された事があった。『中学生の友』は1957年（昭和32年）から1963年（昭和38年）の休刊まで『中学生の友1年』・『中学生の友2年』・『中学生の友3年』と学年別に分かれていた。 男の子と女の子が向かい合って座るロゴマークは、1927年に同社が発行する学習雑誌や教育関連書籍に印字するマークとして制定され、その後リニューアルを繰り返し行い（1928年、1949年、1957年）、2001年に改変されたものが存続している[13]。2018年元旦の読売新聞に掲載された『小学一年生』の広告では、新1年生に対する「本の世界には想像を超えた冒険が待っている」というメッセージを込めて、ロゴマークの子どもたちが宇宙や空や海底へと冒険して、幻の生き物や未来のロボットなどと遭遇する世界が描かれた[14]。
中高生向け
ロゴマーク
沿革
1922年（大正11年） - 『小學五年生』『小學六年生』創刊。
1924年（大正13年） - 『小學四年生』創刊。
1925年（大正14年） - 『セウガク一年生』『セウガク二年生』『せうがく三年生』創刊。
1927年（昭和2年） - 学習雑誌のシンボルマークである「勉強マーク」（その後児童図書のシンボルマークに格上げ）制定[15]。
1941年（昭和16年） - 小学校が国民学校と改称。これに伴い誌名を『國民一年生』 - 『國民六年生』に変更。
1942年（昭和17年） - 戦時統制により、『良い子の友』と『少國民の友』に統合。
1946年（昭和21年） - 『コクミン一年生』『こくみん二年生』が復刊。
1947年（昭和22年） - 学校教育法に基づき国民学校が小学校と改称。これに伴い『小學一年生』に変更。12月に『小学四年生』復刊。
1948年（昭和23年） - 3月から『小学五年生』『小学六年生』が復刊し全学年誌が復刊。
1957年（昭和32年） - 1月号より『小学一年生』『小学二年生』『小学三年生』 をB5判サイズに拡大。
1980年（昭和55年） - 1994年（平成6年） - 流行語にもなったキャッチコピー『ピッカピカの一年生』（電通の杉山恒太郎の発案）を使った『小学一年生』のテレビCMシリーズが放映される（その後も一時期復活した）。