数千人の従業員を擁した一族が経営する宮崎航空興学の役員を務める一家の4人兄弟の二男として、1941年1月5日に東京市で生まれた。比較的に裕福な暮らしをしていたという。
太平洋戦争が始まり、宮崎航空機製作所が宇都宮に移転したこともあり、幼児期に家族で宇都宮に疎開し、小学校3年生まで暮らしていた[注 2]。1947年、母親が結核を発症し、以後9年間にわたり寝たきりの状態となる[6][7][注 3]。1950年、小学校4年に進級時に東京都杉並区永福町に転居。
幼少時は身体が弱かった[注 4]ので運動は苦手だったが、絵はずば抜けて上手かった。熱心な読書家であり、手塚治虫や杉浦茂の漫画、特に福島鉄次の絵物語『沙漠の魔王』のファンという“漫画少年”でもあった。
進学校である東京都立豊多摩高等学校在学中、中学3年生の時に観た東映動画製作『白蛇伝』に感動し[9]、アニメーションにも関心を持つようになる。学生時代に、中学の恩師・佐藤文雄のアトリエでデッサンを独学で学び、ポール・セザンヌのような印象派に影響されている[10]。 この節は検証可能な参考文献や出典が全く示されていないか、不十分です。出典を追加して記事の信頼性向上にご協力ください。（このテンプレートの使い方）
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出典検索?: "宮崎駿"
学習院大学に進学後、児童文学サークル（児童文化研究会）に所属する。幾つかの人形劇を企画しつつ、漫画家を志し赤旗で『砂漠の民』という漫画を連載していたが[11][注 5]、アニメーションの世界へ進む事を決断する[13]。
学習院大学を卒業し、「米帝ディズニー」[注 6]に対抗するアニメの拠点を日本で作るとして[11]、アニメーターとして東映動画に定期採用で入社し、動画などを手がける。当初は東映動画で制作されていた作品に魅力を感じることが出来ず、漫画家への未練を断ち切れずにいたが、入社1年後に観たソ連製作長編アニメーション映画『雪の女王』に強い感銘を受け[15]、アニメーションを一生の仕事にしようと決意した。