1908年（明治41年）1月1日に施行された皇室令による宮内省官制では、大臣官房、侍従職、式部職、内蔵寮、図書寮、爵位寮、侍医寮、大膳寮、諸陵寮、主殿寮、内匠寮、内苑寮、主馬寮、主猟寮、調度寮が設置された[5]。

内部部局としては、通常の官衙とは異なり、「職・寮」といった律令制度下の部局名を承継したものが用いられた。長の名称は各部局により異なり、侍従職は「侍従長」、式部職は「式部長官」、宗秩寮は「総裁」、総務局・警衛局は「局長」、その他の寮は「○○頭」（ - のかみ）であった。

終戦当時の内部部局は以下の通り[6]。

大臣官房

侍従職（じじゅう - ）：天皇の側近として仕える。

式部職（しきぶ - ）：宮中儀礼を担当。

宗秩寮（そうちつ - ）：皇族・華族に関する事務を担当。1910年（明治43年）8月29日に爵位寮を廃止して設置[5]。

諸陵寮（しょりょう - ）：陵墓管理を担当。

図書寮（ずしょ - ）：皇統譜・宮内省関係文書の管理。

侍医寮（じい - ）：宮中の医療を担当。

大膳寮（だいぜん - ）：食事や饗宴を担当。

内蔵寮（くら - ）：会計・用度を担当。

内匠寮（たくみ - ）：建築・営繕を担当。

主馬寮（しゅめ - ）：馬車・自動車の運転や管理。

総務局：その他庶務を担当。1941年（昭和16年）3月31日設置[5]。

警衛局：皇宮警察を所管し、密偵を用いて独自の情報収集活動を行っていた。1941年（昭和16年）3月31日設置[5]。

外局

内大臣府：御璽・国璽の保管。

掌典職（しょうてん - ）：宮中祭祀を担当。

皇后宮職（こうごうぐう - ）：皇后良子の側近として仕える。

東宮職（とうぐう - ）：皇太子明仁親王の側近として仕える。

皇太后宮職（こうたいごうぐう - ）：皇太后節子の側近として仕える。

帝室会計審査局：宮内省内の会計監査を行う。

御歌所（おうたどころ）：御製御歌の管理。

帝室博物館：御物（皇族女子のティアラやパリュールを含む）の管理。

正倉院管理署：奈良正倉院宝物の管理。

帝室林野局：御料林の管理。

学習院：皇族・華族子弟の教育機関。

女子学習院：皇族・華族子女の教育機関。

李王職：朝鮮王公族の家政を担当。

内部組織の変遷

1883年（明治16年）9月に京都に支庁が設置された[7]。

1884年（明治17年）4月に学習院を宮内省所轄の官立学校とした。

1886年（明治19年）2月に京都支庁が廃され、主殿寮京都出張所が設置された。

1900年（明治33年）6月に帝国京都博物館を京都帝室博物館と改称した。1924年（大正13年）2月に京都帝室博物館を京都市に下賜した（現在の京都国立博物館）。