15世紀以降、世界各地に盛んに宣教師を派遣した修道会としてはフランシスコ会、ドミニコ会があり、16世紀に入ると新しく生まれたイエズス会が際立った働きを見せるようになった。イエズス会士たちが中国やインド、アジアの宣教において実践した「適応政策」は、ヨーロッパのスタイルを押し付けるのではなく、当地の文化に自分たちを合わせるという当時のヨーロッパ人にとっては想像もできないほど画期的な方法論であり、大きな成功を収めたが、やがて貿易事業に利権を持つ各国政府の介入やイエズス会の急進を危険視したカトリック教会内での対抗勢力との争いがおこったために頓挫することになった。19世紀後半になると再び宣教熱が高まり、従来の修道会に加えてサレジオ会などの新修道会も盛んに宣教師を派遣するようになった。
正教会の宣教師

正教会においても特にロシア正教会では熱心な東方宣教活動が見られた。正教会の宣教師たちは、シベリア・アラスカ等に宣教し、現地語を学び聖書を翻訳し現地語典礼を行いながら改宗者を獲得していった。日本に対してはニコライ・カサートキンが正教を伝道し、日本正教会の礎を築いた。
プロテスタント・キリスト教系新宗教の宣教師

キリスト教の歴史の中では、プロテスタントの諸教派も盛んに宣教師を送り出して教勢の拡大につとめている。特に宗教改革の時代、多くのプロテスタントの宣教師がヨーロッパ各地で活躍し、新たな信徒を獲得することになった。他にもキリスト教系の新興教団であるエホバの証人の信徒たちが盛んに宣教活動を行うことはよく知られている。末日聖徒イエス・キリスト教会（モルモン教）も信徒を派遣して宣教活動を行っている。
日本とキリスト教宣教師「日本のキリスト教史」も参照

現在までに、文献などではっきりと分かっている史料から、日本に到達した最初のキリスト教宣教師はザビエルであるとされる。

彼はイエズス会の創立メンバーの一人であり、すでにインドでの宣教活動で大きな成功を収めていた。しかし、彼はインドでは宣教活動において植民活動をすすめていたポルトガル政府の干渉を受けることに不満を持っていた。そのころ、倫理意識が強く教育水準の高い国民が多いという日本の噂を聞き、実際にヤジロウという日本人と出会った。そして、ポルトガル政府に干渉されない日本で自由に宣教してみたいと思うようになった。こうしてザビエルはインドを離れ、1549年に念願の日本に到着した。

ザビエル自身は、2年ほどで日本を離れ、さらに中国への布教を目指すこととなったが、ザビエルに続き、多くのイエズス会員が日本を訪れた。彼らの戦略は適応主義とよばれ、ヨーロッパ本国における価値観や方針を守ることよりも、現地の文化を尊重して、教勢を拡大することを優先した。なお、彼らがリキュールや鉄砲を日本に最初に持ち込んだとする説もある。ザビエル達の来日がきっかけとなり、南蛮貿易が活発となり、多くのヨーロッパ由来の製品や文化が、ヨーロッパの植民地化が進んでいた東南アジアから日本に渡ってきた。戦国時代の只中にあった当時の大名たちは、鉄砲や大砲に代表される、最新の科学技術を貪欲に欲していた。

これらの宣教師の活動により、短期間に多くの日本人がキリスト教徒（キリシタン）になったが、宣教がスペインやポルトガルの植民地主義と密接な関係を持っていると見なされたこと、非カトリック国のイングランドやオランダが反スペインの立場から盛んにカトリック教会の危険性を喧伝したこと、カトリック教会の修道会の中でもイエズス会とフランシスコ会やドミニコ会との間で内紛があったこと、国外の巨大組織にコントロールされた信者が国家の安定を脅かす不安定要素であると見なされたことなど、さまざまな要因が複合してキリスト教は禁止されるにいたり、カトリック教会の宣教師たちもあるものは追放され、あるいは棄教をせまられ、あるものは処刑された。

1587年のバテレン追放令によってキリスト教への締め付けを初めて行ったのは豊臣秀吉であったが、その時代には一度宣教師の処刑（日本二十六聖人の殉教）が行われたものの、大規模な迫害は行われなかった。